가. 청구인은 2002.11.7. OOO OOO OO OOOOOO 대지 300.9㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 동 지상의 여관건물 772.62㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 청구인 명의로 소유권이전 등기하지 아니하고 양도한 같은 곳 782-4 대지 128.95㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 위 토지 및 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO에게 양도하였으나, 쟁점①토지에 대해서만 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 중부지방국세청장으로부터 청구인이 쟁점건물의 사용승인전에 건축주를 명의변경하여 쟁점건물과 미등기토지에 대한 양도소득세를 탈루한 혐의가 있다는 과세자료를 통보 받고, 2009년 11월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점부동산의 양도가액을 1,350,000천원, 취득가액을 556,821천원, 필요경비를 9,919천원으로 하여 2010.2.12. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 649,387,690원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2010.4.27. 이의신청을 거쳐, 2010.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 당초 여관건물을 신축하여 임대할 목적으로 2002.4.2. 쟁점①토지를 취득하였고, 2002.4.17. 건축허가를 득하여 착공하였으며, 건축공사중 연접 필지의 토지 소유주와 다툼이 발생하여 쟁점②토지를 매수하였으나 미등기 상태에서 쟁점건물과 함께 OOO에게 양도하였다.

쟁점부동산은 임차인 OOO에게 보증금 5억원에 쟁점건물의 운영에 필요한 모든 집기비품을 구비하여 임차인이 추가 시설투자 없이 영업만 할 수 있도록 한다는 조건으로 임대차계약을 체결한 상태에서 매매계약을 하였고, 동 계약내용대로 청구인이 여관건물을 준공하여 OOO에게 양도하였음에도, 처분청이 쟁점건물을 시공중인 건물로 보고 양도가액 전액을 토지에 대한 대가로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점건물의 신축공사에 대한 공사도급계약서나 대금지급 등 실제 건설에 소요된 비용을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출하지 아니하고 있고, 쟁점건물의 매매계약일은 2002.8.28.이며, 쟁점건물에 대한 사용승인일은 2002.11.4.인 바, 양도당시 쟁점건물은 시공중인 건물로 판단되므로 일괄양도가액을 토지에 대한 양도가액으로 하고, 확인되지 아니하는 건설비용은 필요경비에 산입하지 아니하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

양도당시 쟁점건물을 건축중인 건물로 보고 필요경비 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)소득세법

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】①납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

②납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

제97조【양도소득의 필요경비계산】①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

③제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 청구인이 시공중인 건물을 양도한 것으로 보아 쟁점부동산 및 쟁점②토지의 일괄양도가액 1,350,000천원 전액을 토지에 대한 양도가액으로 하고, 취득가액은 556,821천원으로 하여 양도소득세를 경정·고지하였다.

(2) 청구인은 쟁점건물을 준공하여 양도하였으므로 양도가액은 토지와 건축물로 안분계산하여야 하는 것으로 주장하며, 쟁점부동산의 매매계약서, 등기부등본, 계좌거래내역서, 사진 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 2002.8.28. 청구인과 양수인 OOO의 배우자인 OOO는 경OO OOO OO OOOOOO, OOOOO 소재 토지와 철근콘크리트조 숙박건물을 1,350,000천원(계약금 70,000천원, 중도금 330,000천원, 잔금 950,000천원)에 양도하기로 하고, 특약사항에 잔금 지불일자는 준공 후 은행융자 및 임대차보증금 5억원으로 충당한다. 기타 여관에 필요한 물건 및 비품과 본 건물 시공에서 준공까지 매도인이 책임지고 건축시방서 및 임차계약서의 특약상에 준한다. 주차장 바닥 및 아치를 설치하여 주기로 하며(건축주), 임차계약서 대로 포괄승계토록 한다. 라고 기재되어 있다.

(나) 청구인의 계좌거래내역서에 의하면, 2002.5.21.～2002.11.4. 기간동안 쟁점건물 임차인인 OOO로부터 임대보증금 5억원이 입금되었고, 2002.11.15. 자기앞수표 3억원이 입금되었으며, 사업자등록증에 의하면 쟁점건물을 소재지로 하여 OOO는 2002.11.7.부터 2004.7.27.까지 OOOOO이라는 상호로 사업자등록을 하였으며, 국세통합정보 기본사항에는 임대보증금은 5억원, 임대인은 OOO으로 나타난다.

(다) 등기부등본에 의하면, 2002.11.14. 전세권자 OOO는 전세금을 5억원으로 하고, (주)OO은행은 채무자를 OOO, 채권최고액은 650백만원으로 하여 전세권 및 근저당권을 설정한 것으로 나타난다.

(라) 청구인은 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결할 시점에도 쟁점건물은 건축물로서 형태를 갖춘 건물이라고 주장하며 2002.8.20. 촬영한 사진 3매를 제출하였고, 종합건축사무소 OOOO OOO은 2002.8.30. 건축주 명의가 청구인에서 OOO으로 변경될 당시 공정율은 외벽마감공사를 완료한 상태였고, 내부공사는 조적공사, 미장, 방수공사가 완료되었으며, 타일, 벽지, 장판 등의 마감공사만 남아 있는 상태였고, 건축비용은 총 797백만원으로 추정된다는 내용의 확인서를 제출하였다.

(3) 처분청의 양도소득세 조사자료 등 심리자료에 의하면, 청구인은 2002.4.2. 쟁점①토지를 취득하고 2002.4.17. 건축허가를 득하여 지하1층, 지상5층의 건물을 신축하던 중 OOO에게 쟁점부동산을 양도하였으며, 양수인 OOO은 쟁점건물과 관련하여 2002.9.3.을 개업일로 하여 2002.10.7. 사업자등록을 신청하였고, 2002년 2기에 쟁점건물 시공사인 OOOOOO(주)로부터매입세금계산서를 수취하여 고정자산매입으로 380,000천원의 조기환급을 신청하여 37,634천원을 환급받은 것으로 나타난다.

이 건 과세전적부심사시 청구인은 OOO의 사업자등록 신청 및 쟁점건물 공사비가 환급된 사실을 모르고 있었고, OOO에게 쟁점건물을 토지와 일괄양도하면서 공사와 관련한 모든 증빙서류를 넘겨준 것으로 진술하였다.

(4) 살피건대, 청구인은 쟁점건물 사용승인일로부터 3월 이전에 매매계약을 한 점, 양수인은 쟁점건물 시공사로부터 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 환급을 받은 점,청구인은 공사도급계약서, 대금지급 내역 등 쟁점건물 공사와 관련된 증빙서류를 제시하지아니한 점 등으로 볼 때, 양도 당시 쟁점건물은 시공중인 건물 상태로 양도된 것으로 보이므로 처분청이 쟁점부동산 양도가액 전액을 토지에 대한 양도가액으로 하고, 건설비용을 필요경비에 산입하지 아니하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.