가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점토지①”이라 한다)에서 OOO라는 상호로 건설업/건축토목을 영위하기 위하여 개업일을 2008.5.10.로 하여 2009.10.21. 사업자등록을 신청하였으며, 쟁점토지①에 주택 등을 건설하기 위하여 토지 성토작업 중 덤프트럭 및 굴삭기 등 건설장비 임대료로 2009.10.30. (주)OOO들로부터 465,600천원 상당의 매입세금계산서와 2009.12.9. (주)OOO로부터 38,000천원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서①”이라 한다)를 교부받았고, 2007.1.3. (주)OOO“쟁점토지②”라 한다)에 OOO(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 3,000,000천원에 건축하기로 공사계약한 후 2009.9.30. 3,000,000천원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서②”라 한다)를 교부받아 2010.1.22. 2009년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서①, ②의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 환급신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인의 매입세액 환급신청에 대하여 현지 확인을 실시한 후, 쟁점세금계산서①의 매입세액은 쟁점건물과 관련없는 토지관련 매입세액이고, 쟁점세금계산서②의 매입세액은 용역의 공급시기가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 2010.3.18. 청구인에게 관련 매입세액을 불공제한다는 통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.26. 이의신청을 거쳐 2010.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지①에 단독주택 및 부대시설을 설치할 목적으로 산지전용 허가를 득하여 공사를 한 것이며, 쟁점세금계산서①은 쟁점토지①에 대한 토지 성토작업 중 덤프트럭 및 굴삭기 등 건설장비 임대료로 지급한 것으로서 토지관련 매입세액이 아니므로 매입세액 공제가 이루어져야 한다.

(2) 청구인은 2006.9.12. 토지소유주인 OOO와 쟁점토지②에 대하여 매매계약을 작성하면서 매수자는 (주)OOO 대표이사인 청구인으로 하였으나, 법인의 경우 취‧등록세 등이 2배 이상 소요된다는 회계사무실의 권고에 따라 청구인 개인으로 이전하기로 하고 쟁점건물에 대하여는 완공 후 이전 절차를 진행하기로 하였으며, 쟁점건물 공사와 관련하여 매도자인 OOO가 신축허가를 득하였으나 건축하지 못하였고, 2006.11.21. (주)OOO과 공사금액 3,690,000천원에 시공계약하였으나 공사를 진행할 수 없어 청구인이 2007.1.3. (주)OOO과 공사금액 3,000,000천원에 시공계약을 하였으며, (주)OOO은 건설업 면허가 없는 관계로 OOO의 면허를 대여하여 건축허가권자인 OOO에 1,813,000천원에 공사계약서를 2007.1.15. 작성하여 OOO에 제출하여 착공허가를 득한 후 공사를 진행하다가 (주)OOO이 부도가 나자 2007.10.5. (주)OOO이 실질적인 공사업자인 OOO에게 채권양도 양수를 실시하였고, (주)OOO이 하도급계약서를 작성한 현황은 2007.1.15.～2009.7.1.까지 총 3,283,215천원이고, 2008.3.27. 건축주를 OOO에서 청구인으로 변경하였으며, 쟁점건물은 2004.8.19. 건축허가가 난 후 2007.2.2. 착공하여 2008.4.14. 사용승인되었고, 사용승인 당시 공사진척율은 70%선으로 사용승인 조건인 철골구조, 전기, 수도, 하수시설, 창호시설이 완공되면 되는 것이고, 이후 잡공사, 인테리어, 방수, 도장, 타일, 도배, 목공, 정원석, 주차장시설 등의 공사를 진행하게 된 것이다.

청구인은 쟁점건물 외에 경기도OOO 외 4필지에 전원주택 신축공사를 하던 중 2006.10.20. 골조공사를 제외한 마감공사를 OOO에게 공사대금 600,000천원에 하도급계약하였고, OOO는 자금이 없어 사채업을 하는 OOO으로부터 자금을 빌려 건물을 준공한 후 매매하여 공사대금을 지불하기로 하였으나 부동산 매매가 이루어지지 아니하자, OOO이 쟁점건물에 대하여 근저당설정 및 가등기를 요구하는 등 협박하였고, 당초 (주)OOO이 이미 가등기하였다고 하자 가등기를 이전하여 달라고 하여 OOO 명의로 이전해 주었으며, OOO이 청구인을 속여 받은 서류를 가지고 쟁점건물 공사현장에서 공사를 못하도록 협박하여 공사를 중단할 수 밖에 없었고, OOO은 2008.12.5. 쟁점건물에 대한 가등기를 본등기로 이전하고 출입을 막아 청구인의 건물을 강탈하였으며, 이에 청구인은 서울북부지방법원에 부동산 소유권이전등기 말소등기절차 이행 등 청구소송을 하고 있다.

쟁점세금계산서②와 관련, 청구인이 쟁점건물 공사와 관련하여 세금계산서를 교부받고 신고를 하기 위하여 2008.3.2. OOO의 주소로 개인사업자등록을 하고 2008.3.10. 사업자등록을 교부받았으나 이미 같은 장소에서 OOO가 대명모텔로 사업자등록을 하였으며, 2009.5.27. 사업장 주소를 같은 리OOO로 변경하였으나 이 또한 (주)OOO과 주소가 겹치는 문제로 인하여 개인사업자등록을 2008.9.29. 폐업하였고, 하도급업체들은 대금결제가 완료되는 시점에 세금계산서를 교부하겠다고 하며 세금계산서를 교부하지 아니하는 과정에서 (주)OOO은 2009.3.23. 직권폐업되어 세금계산서를 발급하지 못하고 있다가 2009.5.21. (주)OOO이 처분청을 방문하여 미납된 부가가치세 납부를 약속하고 등기부상 소유자인 OOO의 확인서를 받아 사업자등록 직권말소 해제를 신청하여 2009.5.27.자로 직권폐업이 철회되면서 (주)OOO의 사업자등록이 정상화되었으며, (주)OOO이 하도급업체에게 세금계산서 교부를 요청하였고, (주)비치건설은 청구인에게 공사계약금 3,000,000천원에 대한 쟁점세금계산서②를 교부한 것이다.

쟁점건물에 대한 용역의 공급시기와 세금계산서 교부시기가 다른 것은 쟁점건물에 대한 공사가 아직 계속 중에 있었으며, 청구인은 2009.10.21. 처분청에 쟁점토지①을 사업장으로 하여 사업자등록한 후 (주)OOO에게 쟁점세금계산서②의 발급을 요청하였고, (주)OOO은 청구인에게 2009.9.30.자로 하여 쟁점세금계산서②를 교부하였는 바, 청구인의 사업자등록 신청일이 2009.10.21. 임에도 불구하고 (주)OOO이 쟁점세금계산서②를 2009.9.30.자로 발행한 것은 (주)OOO 직원이 부가가치세 신고기간인 2009.10.25.에 2009.9.30. 발행분까지 신고하기 위하여 소급하여 발행한 것에 불과하므로 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점① 관련, 청구인은 쟁점토지①에 건축허가를 내지도 아니하였고 단지 임야 절토 및 토지 성토작업을 하였을 뿐이며, 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항에 의거 매출세액에서 공제되지 아니하므로 쟁점세금계산서①의 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

쟁점② 관련, 쟁점건물은 2007.2.20. 착공하여 2008.4.14. 사용승인되었으며, 2008.7.10. 청구인 외 1명으로 소유권보존등기 되었고, 2008.12.5. 청구인 지분은OOO에게 소유권이전등기 되었는 바, 쟁점건물의 공사가 진행되고 있다는 청구인의 주장은 설득력이 없고, 또한 쟁점건물을 임차한 OOO는 2009.4.17. 개업하였으며, OOO은 2009.5.29. 개업하였고, 청구인과 쟁점건물의 소유권 문제로 쟁송중인 OOO 및 그 배우자 OOO이 쟁점건물을 실질적으로 점유하고 있으면서 2009.4.9. 부동산임대 및 2009.3.31. OOO 모텔의 사업자등록 내역으로 볼 때, 2009.9.30.을 쟁점세금계산서②와 관련한 용역의 공급시기인 용역의 공급이 완료된 때로 볼 수 없다.

설령, 쟁점세금계산서②와 관련한 용역의 공급시기를 2009.9.30.로 보더라도, 청구인은 2008.5.10. 개업일자로 하여 2009.10.21. 사업자등록신청한 것으로 나타나고 있어 사업자등록신청일로부터 소급하여 20일이 경과한 쟁점세금계산서②는 「부가가치세법」 제17조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제60조 제8항과 제9항에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액이므로 처분은 정당하다.

또한 청구인은 쟁점건물 신축공사와 관련하여 계약한 (주)OOO의 하도급계약서상 100% 하도급으로 이루어진 점, 일반건축물대장에 시공자가 OOO(주)로 되어 있는 점 등에 비추어 (주)OOO이 쟁점건물을 실지 공사하였는지도 불분명하고, 처분청 조사계에서 2010.10.14. (주)OOO과 대표이사인 청구인을 재화 및 용역의 수수없이 세금계산서를 수수한 혐의로 고발한 상태이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서①상 매입세액 50,360천원이 매출세액에서 불공제되는 토지관련 매입세액인지 여부

② 쟁점세금계산서②와 관련하여 용역의 공급시기인 역무의 제공이 완료되는 때를 건물 사용승인일(2008.4.14.)로 볼 것인지, 주차장공사, 잡공사가 실질적으로 완료된 때(2009.10.30.)로 보아야 할 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제9조 【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제22조 【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

제60조 【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경，공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것" 이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 당초 2008.3.2. 쟁점토지②에 건설/건축을 영위하기 위하여OOO라는 상호로 개업하였다가 2008.9.29. 폐업하였고, 2009.10.21. 쟁점토지①에 업종을 건설/건축‧토목으로 하고 개업일자를 2008.5.10.로 하여 사업자등록신청을 한 것으로 나타나며, 등기부등본에 의하면, (주)OOO은 당초 상호를 (주)OOO에서 2008.2.29. 사업장을 쟁점토지②로 하여 현재의 상호로 변경한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점토지①에 토지 성토작업 중 덤프트럭 및 굴삭기 등 건설장비 임대료에 대하여 쟁점세금계산서①을 교부받았고, 2007.1.3. (주)OOO과 쟁점건물을 3,000,000천원에 건축하기로 공사계약한 후, 2009.9.30. 쟁점세금계산서②를 교부받아 2010.1.25. 매입세액 환급신청을 하였으나, 처분청은 청구인의 매입세액 환급신청에 대한 현지 확인을 실시하여 쟁점세금계산서①의 매입세액은 쟁점건물과 관련없는 토지관련 매입세액이고, 쟁점세금계산서②의 매입세액은 용역의 공급시기가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 2010.3.15. 청구인에게 관련 매입세액을 불공제한다고 통지한 사실이 심리자료 등에 나타난다.

(3) OOO 표준도급계약서에 의하면, 청구인이 2007.1.3. (주)OOO과 공사기간을 2007.1.5.～2007.10.30.로 하고 계약금액은 3,000,000천원으로 하며, 잔금은 준공 후 은행대출 또는 매각대금으로 지급하는 것으로 되어 있는 것으로 나타난다.

(4) 쟁점건물의 일반건축물대장에 의하면, OOO으로부터 2004.8.19. 건축허가를 받아 2007.2.2. 착공을 한 후 2008.4.14. 사용승인되었고, 건축주는 청구인 외 1명, 공사시공자는 OOO(주)로 되어 있는 것으로 나타난다.

(5) 건물등기부등본에 의하면, 쟁점건물은 2008.7.10. 청구인(9/10지분) 명의로 소유권보존등기되어 있고, 2008.7.14. 청구인의 지분이 OOO 명의로 가등기되어 있다가 2008.9.5.OOO 명의로 이전되었으며, 2008.12.5. OOO 명의로 소유권이전등기된 것으로 나타나고, 토지등기부등본에 의하면, 쟁점건물이 있는 토지는 2006.6.18. OOO가 소유권이전등기한 것으로 나타난다.

(6) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점세금계산서①은 쟁점토지①의 토지 성토작업 중 덤프트럭 및 굴삭기 등 건설장비 임대료에 대하여 교부받은 것으로서 토지관련 매입세액이 아니므로 매출세액에서 공제되어야 한다는 주장이다.

(나) 청구인은 아래 <표>와 같이 쟁점토지①에 대한 공사계약을 하였고, 2009.10.30. (주)OOO들로부터 465,600천원의 세금계산서와 2009.12.8. (주)OOO로부터 38,000천원의 세금계산서를 교부받은 것으로 나타난다.

OOO

민간건설공사 표준도급계약서(2008.9.17.)에 의하면, 청구인은 (주)OOO들과 쟁점토지①에 벌목 및 토목(대지조성) 공사를 공사대금 465,600천원에 계약한 것으로 나타나며, 토사운반계약서(2009.11.1.)에 의하면, 청구인이 (주)OOO와 쟁점토지①에 대지조성공사를 위하여 덤프트럭 및 굴삭기 장비임대료에 대하여 계약하고 토사반출 및 벌목비용은 별도로 산정하여 일괄 청구하는 것으로 계약한 것으로 나타난다.

(다) 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호는 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제6항은 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경，공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등을 말한다고 규정하고 있다.

(라) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면, 청구인은 쟁점토지①의 부지조성공사를 위하여 건설중장비를 임대한 것이므로 토지관련 매입세액이 아니라는 주장이나, 청구인은 (주)OOO과 쟁점토지①에 벌목 및 토목(대지조성) 공사 계약을 체결한 점, (주OOO와는 쟁점토지①에 대지조성공사를 위하여 덤프트럭 및 굴삭기 장비임대 계약을 체결하고 토사반출 및 벌목비용은 별도로 산정하여 일괄 청구하는 것으로 계약한 점, 청구인이 제출한 현장 사진에 의하면 임야인 쟁점토지①을 절토 및 성토하여 부지 조성공사를 한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 쟁점세금계산서①의 매입세액은 쟁점토지①의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로서 토지조성을 위한 자본적지출에 해당한다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서①의 공사대금을 토지조성을 위한 자본적지출로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점건물의 사용승인일인 2008.4.14.은 쟁점건물의 공사가 완료되지 아니하였고, 쟁점건물의 주차장공사, 잡공사가 실질적으로 완료된 때를 용역의 공급시기가 도래한 때로 보아 2009.9.30.자로 교부된 쟁점세금계산서②는 2009.10.30.이 실지 용역의 공급이 완료된 때인데 거래상대방의 부가가치세 신고(2009.9.30.분까지 신고)때문에 소급 발행한 것일 뿐이라는 주장이다.

(나) (주)OOO](대표이사 청구인)은 2006.9.12. 토지소유주 OOO와 쟁점토지②상에 쟁점건물을 건축하기 위하여 토지 매매계약을 작성하였으며, 청구인 등은 쟁점건물 공사를 위하여 아래 <표>와 같이 공사계약을 체결한 것으로 나타난다.

OOO(다) (주)OOO] 등이 쟁점토지②상에 건물 신축공사를 위한 하도급계약서를 작성한 현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.

OOO

(라) 쟁점건물에 위치한 사업자 현황을 보면, OOO라는 상호로 2009.4.17. 개업한 것으로 나타나고,OOO 노래연습장이라는 상호로 2009.5.29. 개업하여 2009.12.31. 폐업한 것으로 나타난다.

(마) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면, 건설용역을 공급함에 있어 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우의 공급시기는 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때이고, 당해 건설용역의 완료가 불분명한 경우에는 준공검사일이며, 당해 건설공사의 일부분을 완성하여 사용하는 경우에는 당해 부분에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때이고, 당해 건설용역 제공의 완료 여부가 불분명한 경우에는 그 부분에 대한 준공검사일이다(부가가치세법 기본통칙 9-22...3 참조).

청구인은 쟁점건물의 사용승인일인 2008.4.14.은 쟁점건물의 공사가 완료되지 아니하였고, 쟁점건물의 주차장공사, 잡공사가 실질적으로 완료된 때를 용역의 공급시기로 보아야 한다고 주장하나, 청구인은 시공사인 (주)OOO]과 건설공사기간 및 계약금액에 대한 약정을 체결하였으나 잔금에 대하여 준공 후 은행대출 또는 매각대금으로 지급하는 것으로 계약을 체결하여 대금지급기일이 명확히 나타나지 아니한 점, 쟁점건물은 2008.4.14. 사용승인 된 점, 쟁점건물의 시공사인 (주)OOO이 2009.1.10. 최종적으로 하도급계약을 체결한 것으로 나타나는 점, 쟁점건물의 주차장공사 및 잡공사는 시공사인 (주)비치건설이 아닌 청구인이 별도로 계약한 것으로 보아 쟁점세금계산서②상의 계약금액에 포함된 것으로 보기 어려운 점, 쟁점건물에 OOO가 2009.4.17.에 입주하여 영업을 한 것으로 나타나는 점 등으로 보아 시공사인 (주)OOO이 쟁점세금계산서②와 관련한 쟁점건물에 대한 용역 제공은 2009년 제1기에 완료된 것으로 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서②를 쟁점건물에 대한 용역의 공급시기와 쟁점세금계산서②의 교부시기가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.