2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1971. 3. 5.부터 택시여객 운송사업을 영위하는 회사(원고는 2005년 당시 116대의 택시를 보유하고 있었다)로서, 2005년 초 부천시 원미구 C동 613-2에서 'BB테크노'라는 상호로 자동차용품 도매업을 운영하던 정AA으로부터 공급가액 합계 30,101,100원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부받아 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 매입금액을 손금으로 산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나. 부천세무서장은 2007. 12. 위 정AA에 대한 자료상 조사결과, 자료상으로 확정하여 관할 관청에 고발하고 이 사건 세금계산서를 허위의 세금계산서로 보아 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공의 세금계산서에 해당함을 전제로 매입세액을 불공제하고 매입금액을 손금에 불산입하여 2008. 10. 1. 원고에 대하여 2005년 제1기분 부가가치세 4,672,360원 및 2005 사업연도 법인세 9,853,710원을 각 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1, 2호증, 을제1, 2, 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

정AA이 설령 자료상이라고 하더라도 실물을 실제 다른 곳에서 매입하거나 판매할 재고상품이 있는 경우 정상거래를 할 수도 있는 것이므로 원고와의 거래를 가공거래라 고 단정할 수 없는 점, 정AA에 대한 조세범처벌법위반 혐의의 수사결과 무혐의로 처리된 점, 그밖에 원고의 월별 자동차부품비 규모와 주로 현금으로 부품대금 결제를 하는 업종의 특성 등을 종합하여 보면, 원고는 정상거래를 통하여 이 사건 세금계산서를 수취한 것이라고 봄이 상당하다.

그러므로 이 사건 세금계산서를 실물거래 없는 허위의 세금계산서로 본 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 세금계산서의 구체적인 수취내역은 다음과 같다.

(2) 정AA은 2001. 12. 20. 'BB테크노'라는 상호로 자동차용품 도매점을 개업하여 2006. 7. 28. 폐업하였는데, 2007. 12. 세무조사 결과 이 사건 세금계산서를 포함하여 공급가액 합계 1,026,105,000원 상당의 허위세금계산서 106매를 원고 회사 등에 교부 하였다는 혐의로 고발되었다.

그러나 위와 같은 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 검찰은 2008. 11. 26. "정AA의 처인 편DD가 BB테크노의 세금계산서 발행 등 경리업무를 담당하였는데, 2004. 7. 1.부터 2005. 12. 31.까지 사이에 원고를 비롯한 29개 업체에 공급가액 합계 995,624,000원 상당의 허위세금계산서 94매를 교부하였다는 혐의에 있어서, 참고인 조사를 받은 원고의 대표이사를 비롯한 거래 업체 대표들의 각 진술 및 일부 매입처 장부의 기재 내용이 자동차부품을 해당 업체에 실제로 공급하였다는 피의자 편DD의 주장에 부합하고 달리 피의사실을 인정할 증거가 없다"고 판단하고 증거불충분을 이유로 '혐의없음' 결정을 하였다.

(3) 이에 원고가 2008. 12. 30. 피고에게 이 사건 처분에 대한 이의신청을 제기하면서 정상거래의 소명자료로써 거래사실확인서, 부품거래내역서, 거래명세표, 입금표, 지출품의서, 출금전표, 수기로 작성된 해당거래일의 현금출납부 사본 등을 제출하였다.

(4) 피고는 2009. 1. 16. 원고가 제출한 위 자료 중 객관적인 대금지급을 입증할 수 있는 증빙자료는 없으나 그 내용이 이 사건 세금계산서의 거래일자 및 금액과 일치하는 등 상당히 구체적이며, 이 사건 세금계산서를 가공거래로 보아 매입세액을 부인하는 경우 2005년 1~3월의 평균 부품매입액이 원고 회사의 월평균 부품매입액(차량 1대 당 100,000원~110,000원) 및 동종 업종의 월평균 부품매입액(차량 1대당 90,000원~100,000원)에 비해 크게 미달하는 것으로 확인하여 재조사를 결정하고, 원고에 대하여 3개월분 현금출납부 원본 계좌거래내역, 부품재고수불대장 및 차량출입통제대장 을 추가로 제출할 것을 요구하였다.

(5) 그 후 원고는 수기작성된 현금출납부 원본은 폐기되었다는 이유로 전산으로 작성된 현금출납장을 제출하였고, 자동차부품 매입대금을 현금으로 지급하여 제출할 수 있는 해당 계좌거래내역이 없으며, 부품재고수불대장 및 차량출입통제대장은 미작성을 이유로 제출하지 않았다. 이에 피고는 수기로 작성된 현금출납부는 사후에 증빙자료로 작성한 것으로 보이고, 지출품의서와 출금전표상의 금액은 동일하지만 그 작성일자가 상이하여 정상거래를 뒷받침할 만한 객관적인 증빙이 될 수 없다고 보아 이 사건 처분 을 정당한 것으로 판단하였다.

(6) 한편, 원고 회사의 2004년, 2005년 및 2006년의 1-3월별 자동차부품비 지출내역 (2005년의 경우 이 사건 세금계산서의 금액을 포함한 것임)은 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제2, 3, 7, 8호증, 을제3 내지 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

(2) 그런데 이 사건의 경우에는, 앞서 본 사실들 및 갑제2, 3, 7, 8호증, 을제3 내지 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위 로 작성된 것이라는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수는 없으므로, 위와 같은 사정이 증명되었음을 전제로 하여 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구가 기각 되어야 한다는 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

(가) 원고가 이 사건 처분에 대한 이의신청 당시 제출한 부품거래내역서, 거래명세표, 입금표, 지출품의서, 현금출납부, 거래사실확인서 등의 내용은 이 사건 세금계산서상의 거래일자 및 금액과 일치한다. 지출품의서와 출금전표의 작성일자가 비록 상이하지만 그 금액이 동일한 점에 비추어 보면, 지출품의서의 결재 이후 매월 말일 또는 비용 집행 후에 출금전표를 작성하게 되어 그 작성일자가 상이하다는 원고의 주장은 대체로 수긍이 간다.

(나) 수기로 작성된 현금출납부와 전산으로 작성된 현금출납장의 내용 역시 사실상 동일하고, 설령 원고가 해당 일자 현금출납부를 수기로 사후에 작성하였다고 하더라도 이는 전산으로 작성된 현금출납장 또는 출금전표 등에 근거하여 작성한 것으로 볼 여지가 있다. 또한 2005년의 경우 택시요금의 카드결제가 보편화되기 이전이어서 현금을 주로 보유한 원고가 현금으로 자동차부품대금을 결제하여 해당 계좌거래내역이 존재하지 아니한다는 원고의 주장 역시 일응 타당한 것으로 보이고, 피고가 추가로 제출을 요구한 수기 작성의 현금출납부 원본, 부품재고수불대장 및 차량출입통제대장을 원고가 제출하지 못하였다는 사정만으로 매입과 관련한 지출증빙서류를 제대로 보관하지 아니하였다거나 나아가 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라고 쉽게 단정할 수 없다.

(다) 이 사건 세금계산서 등과 관련하여 자료상으로 고발된 정AA은 검찰 수사결과, 경리담당자인 그의 처와 함께 증거불충분으로 '혐의없읍' 결정을 받았다.

(라) 이 사건 세금계산서를 가공거래로 보아 매입세액을 부인하는 경우 원고 회사의 2005년 1~3월간 자동차부품비 지출이 37,856,600원에서 7,755,500원(37,856,600원 - 30,101,100원)으로 대폭 줄어들게 되어 2004년 및 2006년의 해당 월간 자동차부품비 지출내역에 비하여 지나치게 적고, 이 경우 월평균 부품매입액은 22,285원(= 7,755,500원 ~ 116대 ~ 3월, 원미만 버림)이 되어 원고 회사의 월평균 부품매입액(차 량 1대당 100,000원~110,000원) 및 동종 업종의 월평균 부품매입액(차량 1대당 90,000 원~ 100,000원)에 비하여서도 크게 미달된다.

(마) 원고가 30년 가까이 택시여객 운송사업을 영위하여 오면서 허위의 세금계산서를 교부받는 등의 방법으로 탈세를 한 전력이 특별히 발견되지 아니한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.