가. 원고는 2007. 5. 16. 개업하여 철강제품 도매업을 영위하고 있는 회사로서 2008. 5.부터 2011. 4.까지 기간 중에 고철 매입처인 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)으로부터 공급가액 합계 7,218,281,000원의 매입세금계산서 57매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하고 이에 따른 부가가치세 신고를 하였다.

나. 서울지방국세청장은 2012년 중 B에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 B으로부터 수취한 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 피고에게 과세자료 통보를 하였고, 이에 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고가 고철의 실질 매입처인 C 주식회사(이하 ‘C’이라 한다) 및 C의 관계사인 D 주식회사(이하 ‘D’라 하고, C과 D를 통칭하여 ‘C 등’이라 한다)로부터 수취하여야 할 매입세금계산서를 B으로부터 수취하였다고 판단하고 이를 위장세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 2012. 8. 21. 원고에게 아래와 같이 2008년 제1기분부터 2011년 제1기분까지 부가가치세 합계 1,294,438,260원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 세 목 기 분 고지일자 납부기한 고지세액 (원) 부가가치세 2008년 제1기 2012. 8. 27. 2012. 9. 15. 164,724,200 2008년 제2기 258,782,700 2009년 제1기 176,146,400 2009년 제2기 189,729,260 2010년 제1기 263,134,770 2010년 제2기 163,020,810 2011년 제1기 78,900,120 합 계 1,294,438,260

라. 원고는 이에 불복하여 2013. 4. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2013. 6. 27. 조세심판원으로부터 재조사 결정을 받았다.

마. 피고는 이 사건 세금계산서가 위장세금계산서인지 여부를 재조사하였으나 원고가 B으로부터 받은 이 사건 세금계산서는 위장세금계산서에 해당되어 이 사건 처분은 정당한 것으로...