2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 비상장법인으로서 반도체 장비제조업 등을 영위하던 aaa 주식회사는 2007. 10. 15. 코스닥상장법인으로서 농・수・축산물 가공업 등을 영위하는 주식회사 bbb과의 합병을 결의한 후 2008. 1. 7.경 합병하고 해산하였다. 합병 결의 당시 주식회사 bbb의 대표이사는 원고의 형인 노cc이었고, aaa 주식회사의 대표이사는 장dd였으며, 합병 결의 이후인 2007. 11. 24. 장dd는 주식회사 bbb의 대표이사로 취임하였다.

나. 1) 주식회사 bbb은 2008. 4. 10. 식품가공사업 부문을 물적분할하여 새로운 회사를 설립하기로 하는 분할계획서를 작성하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

제3조(분할의 방법)

(2) 분할회사(주식회사 bbb을 지칭한다. 이하 분할계획서에서는 '분할회사'라 한다)는 분할 이후 식품가공사업을 제외한 기존의 사업을 계속 영위하며 한국증권선물거래소의 주권상장법인으로 존속한다. 신설회사는 식품가공사업을 영위하며, 비상장법인으로 한다.

(3) 분할기일은 2008. 7. 1.로 한다.

제4조(분할일정)

No. 일자 내용

1 2008. 4. 10. 이사회 결의일

2 2008. 5. 29. 분할계획서 승인을 위한 주주총회일

3 2008. 7. 1. 분할기일

제6조(상호변경)

AAA 주식회사로 변경예정

제10조(신설회사의 상호, 목적, 본점 소재지, 공고방법 등)

(11) 회사가 분할 설립시에 발행하는 주식의 총수, 종류 및 종류별 주식의 수

회사가 분할 설립시에 발행하는 주식의 총수는 기명식 보통주식 200,000주로 한다.

(12) 분할 신주의 배정

회사가 설립시에 발행하는 주식은 분할회사의 주주에게는 배정하지 않고, 분할회사에 전부 배정한다.

(14) 회사의 이사와 감사의 성명 및 주민등록번호

직명 등기여부 성명 약력 담당업무

대표이사 등기 노cc 주식회사 bbb 대표이사 경영총괄

이사 등기 전ee 주식회사 fff 대표이사 경영총괄

이사 등기 배gg 데일리hh서비스 주식회사 대표이사 경영총괄

감사 등기 방ii 변호사 내부감사

2) 주식회사 bbb은 2008. 5. 29.경 상호를 AAA 주식회사(이하 'aaa'이라 한다)로 변경하였고, aaa는 2008. 7. 3. '주식회사 bbb'(이하'bbb'이라 한다)이라는 상호로 식품가공사업 부문을 분할하는 분할등기를 마쳤다.

3) 노cc은 2008. 7. 3., 장dd는 2008. 7. 23. aaa의 대표이사직에서 사임하였고, 이jj이 2008. 7. 23. 대표이사로 취임하였다.

다. aaa은 2008. 9. 10. bbb의 발행주식 전부(200,000주, 이하 '이 사건주식'이라 한다)를 원고(20,000주), 노cc(52,308주), 노kk(40,000주), 데일리hh서비스 주식회사(87,692주)에 총 OOOO원(1주당 OOOO원)에 양도하였다.

라. 중부지방국세청장은 2011. 7. 19.부터 2011. 9. 11.까지 aaa에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, bbb이 사업개시 후 3년 미만의 법인에 해당한다는 이유로 구 「상속세 및 증여세법」(이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 시행령(2010. 2. 18. 대통령령제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제4항 제2호에서 정한 보충적 평가방법에 따라 순자산가치로 평가한 1주당 가액인 OOOO원(= 순자산가액 OOOO원 ÷ 200,000주)을 이 사건 주식의 시가로 평가한 후, aaa이 특수관계자인 원고 등 양수인들에게 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하였다고 판단하여 소득처분(원고, 노nn : 기타소득, 노cc : 인정상여, 데일리hh서비스 주식회사 : 기타사외유출)한 과세자료를 피고 등에게 통보하였다. 이에 따라 피고는 2013. 5. 1. 원고에 대하여 2008년 귀속 종합소득세 OOOO원을 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2013. 7. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 10. 28. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 6호증, 을 제3, 4, 6, 9 내지 13호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 첫 번째 주장

어떠한 행위가 부당행위에 해당하는지 여부는 거래당시를 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 원고의 형인 노cc이 2008. 7. 3. aaa의 대표이사직에서 사임하였으므로, 이 사건 주식의 양도일인 2008. 9. 10. 노cc은 aaa과 특수관계에 있지 않고, 따라서 원고는 aaa과 특수관계에 있지 않다.

2) 두 번째 주장

aaa, 원고를 포함한 이 사건 주식의 양수인들은 bbb의 자산평가액이 OOOO원이라는 mm회계법인의 의견을 참고하여 OOOO원을 이 사건 주식의 양수도 가격으로 결정하였으므로, 원고가 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양 수하였다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

피고는 bbb이 소유하는 건물에 대하여 aaa이 2008. 9. 23. 금융감독원에 제출한 자산양수도 신고서에 첨부된 장부가액(OOOO원)과 기준시가(OOOO원)를 비교하여 기준시가가 장부가액보다 적다는 이유로 장부가액으로 평가하였는바, 위 장부가액은 mm회계법인이 2008. 7. 31.을 기준으로 작성한 자산・ 부채의 평가결과표에 기재된 회사제시가격(OOOO원)에서 감가상각누계액(OOOO원)을 공제한 가격이다. 그런데 위 회사제시가격은 분할등기가 마쳐지기 전인 2008. 6. 30.을 기준으로 한 aaa의 재무제표에 기재된 가격인바, 분할 이후 신설법인인 bbb의 주식이 양도된 이 사건에 있어서는 bbb의 장부가격을 기준으로 평가되어야 할 것이므로, 피고가 이 사건 처분의 근거로 삼은 위 장부가액은 건물의 가액이 될 수 없다. 한편, bbb은 부동산의 장부가액을 산정하기 위해 vvv감정평가법인에 평가를 의뢰한 후 OO시 OO읍 OO리 537, 624-83 지상의 건물에 대한 감정평가금액인 OOOO원과 평가의뢰대상에서 제외되었던 안00 미00 양00 240-19 00마을 103동 301호의 장부가액인 OOOO원을 합한 OOOO원을 건물의 장부가액으로 결정하고 개시대차대조표(갑 제8호증)를 작성하였는바, bbb이 소유하는 건물의 장부가액은 aaa의 장부상 가액이 아니라 bbb의 장부상 가액인 OOOO원이 되어야 한다. 설령 vvv감정평가법인의 감정평가금액을 인정할 수 없다고 하더라도 aaa텍의 장부가액을bbb의 장부가액으로 보아 이를 기준으로 건물을 평가할 수는 없으므로 결국 기준시가로 평가해야 한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) aaa(그 당시 상호는 주식회사 bbb이었다)은 2008. 1. 15.경 법무법인 00과 물적분할 절차 및 일정 등에 관하여 논의하고 있었다.

2) aaa은 2008. 7. 2. 원고, 노cc, 노01, 노02, 노03, 노04, 노05, 정06, 데일리hh서비스 주식회사(이하 '노cc 외 8인'이라 한다)와 이 사건 주식을 OOOO원에 매도하기로 하는 내용의 주식선도거래계약을 체결하였는데, 그 주된 내용은 아래와 같다.

제3조(주식매매계약서 등의 변경)

합의서2의 제6.2조를 '노cc 외 8인은 bbb 등기일 익일에 매매대금 중 OOOO원을 aaa이 지정하는 금융기관에 예금으로 예치하고 aaa을 질권자로 하는 질권을 설정하여야 하며, 같은 날 aaa은 bbb 주식 전량에 대하여 노cc 외 8인을 질권자로 하는 질권을 설정하고 노cc 외 8인에게 주식 전량에 관한 주권을 교부하여야 한다.(이하 중략)'로 변경한다.

제4조(선도거래계약의 대상)

본 선도거래계약에 따라 aaa은 주식매매본계약을 체결하여 bbb의 발행주식 전량인 보통주 200,000주를 노cc 외 8인에게 매도한다.

제5조(주식매매대금)

본 선도거래계약 후 체결될 주식매매본계약의 주식매매대금은 OOOO원으로 한다.

제9조(주식매매본계약의 체결)

(1) aaa과 노cc 외 8인은 2008. 9. 10.까지 주식매매본계약을 체결하여야 하고, aaa은 2008. 9. 10.까지 bbb의 주식 전량이 노cc 외 8인의 명의로 법률적으로 유효하게 이전되도록 하여야 한다.

(4) aaa과 노cc 외 8인은 (1)항에서 정한 날까지 주식매매본계약이 체결되지 않거나 bbb의 주식 전량이 법률적으로 유효하게 이전되지 아니할 경우에는 그 익일부터 각 상대방에 대한 서면통지를 발송함으로써 매매예약완결권을 행사할 수 있다.

3) bbb으로부터 00시 00읍 00리 537, 624-83 토지 및 그 지상 건물에 대한 평가를 의뢰받은 vvv감정평가법인은 2008. 8. 6.을 가격시점으로 하여 위 토지를 OOOO원, 위 건물을 OOOO원으로 평가하였다.

4) aaa으로부터 도bbb의 자산가액 평가업무를 의뢰받은 00회계법인 aaa이 제시한 자료를 기준으로 하되 위 00시 00읍 00리 537, 624-83 토지 및 그 지상 건물의 경우에는 vvv감정평가법인의 감정평가금액을 이용하여 평가기준일을 2008. 7. 31.로 한 '자산양수・도가액 평가의견서'를 작성하였다. 위 평가의견서에 의하면 aaa이 제시한 건물의 장부가액은 00시 00읍 00리 537, 624-83 지상 건물의 장부가액 OOOO원과 00시 00면 00리 240-19 00마을 103동 301호의 장부가액인 OOOO원을 합한 OOOO원(= 취득가액 OOOO원 - 감가상각누계액 OOOO원)인데, 이에 대해 00시 00읍 00리 537, 624-83 지상 건물에 대한 위 장부가액과 감정평가금액과의 차액인 OOOO원(= OOOO원 - OOOO원)의 평가조정을 거친 OOOO원 (= OOOO원 - OOOO원)이 건물의 최종적인 평가가액으로 기재되어 있는 등 aaa이제시한 자산, 부채의 가액에서 평가조정을 거친 후의 순자산가액이 OOOO원으로 기재되어 있다. aaa은 2008. 9.경 금융감독원에 이러한 내용이 기재된 자산양수도 신고서를 제출하였다.

5) 피고는 bbb의 순자산가치를 평가하기 위해 순자산가액을 계산함에 있어 aaa이 2008. 9.경 금융감독원에 제출한 위 자산양수도 신고서에 기재된 2008. 7. 31.자 건물의 장부가액인 OOOO원과 기준시가 총 합계 OOOO원을 비교한 후 기준시가가 장부가액보다 적다는 이유로 구 상속세및증여세법 시행령 제55조 제1항에 따라 장부가액으로 하였다.

6)aaa이 2008. 11. 6. 금융위원회 공시심사실에 경위서를 제출하였는데 그 주된 내용은 아래와 같다.

전 대표이사인 장00가 설립한 aaa이 상장사인 bbbf을 인수한 후 합병을 통해 우회상장한 후 사명을 bbb에서 aaa으로 변경하고, 이후 기존사업인 식품가공부분을 물적분할한 후 bbb을 신설 창립하여 노cc 외 8인에게 매각한 과정을 아래와 같습니다.

(중략)

이와 관련하여 현 경영진이 파악하고 있는 사실은 다음과 같습니다.

이미 2008. 4. 10. 회사분할 결정시 물적분할하는 회사를 회사의 전 최대주주 겸 대표이사였던 노cc 외 8인에게 매각하기로 결정되었던 것으로 파악하고 있습니다. 이는 4. 10. 제출한 분할신고서상 분할회사의 대표이사로 노cc이 예정되어 있었던 것으로 미루어 알 수 있습니다.

이는 전 최대주주 및 대표이사인 노cc이 2007. 5. 22. 최대주주 지분 및 경영권을 씨0000스와 카000스에 매각하는 계약을 체결하여 경영권 및 지분을 넘겨준 이후에도 2008. 7. 2. 물적분할 후 설립한 신설회사인 bbb의 대표이사로 취임하기 직전까지 각자 대표이사로 재직하는 동 회사의 경영에 계속 참여하였으며, 매각 2개월 전인 7. 2. 이미 bbb의 이사진을 노cc의 주변인물로 구성하고 자신은 대표이사로 취임하여 실질경영을 한 점 등으로도 미루어 알 수 있습니다.

또한 현 경영진이 전 경영진으로부터 넘겨받은 자료인 주식선도거래계약서 및 주식선도거래변경합의서에 의하면 분할이 이루어지기 전인 2008. 7. 2. aaa과 노cc 외 8인은 주식선도거래계약서에 합의하여 분할법인을 2008. 9. 10.까지 노cc 외 8인에게 매각하기로 합의하였습니다. 또한 분할법인의 매각가도 OOOO원으로 한다고 명시하였으며, 이를 위반할 시에는 매매계약완결권을 행사할 수 있게 명시함으로써 이후 경영권을 물려받은 신규 경영진이 이 계약을 위배하지 못하도록 법적 장치를 하고 있었습니다. 또한, 장00 전 대표이사는 노cc 등에게 bbb 주식 전량을 노cc 외 8인이 선도거래계약에 의거 보관하고 있다는 주권보관증을 발급하여 주었습니다.

이와 같이 bbb은 현 경영진이 취임하기 전 이미 매각대상자 선정이 끝나 있었고, 매각대금과 관련하여서도 매도인과 매수인간에 계약이 되어 있었으며, 이00 대표이사는 전임 장00 대표이사가 결정한 사항을 실행하였을 뿐입니다.

7) aaa의 대표이사인 장00는 2011. 9.경 'aaa이 이 사건 주식을 특수관계자인 원고, 노cc, 노dd, 데일리hh서비스 주식회사에 시가(1주당 OOOO원)보다 낮은 가액(1주당 OOOO원)으로 양도하였음을 인정합니다'라는 내용의 확인서에 서명・날인하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 7호증, 을 제1, 5 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 이에 따라 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항 제1호는 특수관계자의 하나로 '임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족'을 규정하고 있다.

나) 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 반도체 장비제조업 등을 영위하던 aaa은 코스닥상장법인으로서 농・수・축산물 가공업 등을 영위하는 주식회사 bbb과 합병한 후 주식회사 bbb이 영위하던 식품가공사업부문을 물적분할하여 회사를 신설하고 그 신설회사는 노cc에게 양도함으로써 우회상장하기로 예정하고 있었던 것으로 보이는 점, ② 이에 따라 aaa은 2008. 1. 15.경 이미 법무법인과 물적분할 절차 및 일정 등에 관하여 논의하는 등 물적분할을 준비하고 있었던 점, ③ aaa은 2008. 7.2. 노cc 외 8인과 이 사건 주식을 OOOO원에 매도하기로 하는 내용의 주식선도거래계약을 체결하면서 본계약체결일을 2008. 9. 10.로 정하였고, 2008. 9. 10.까지 본계약이 체결되지 않거나 이 사건 주식이유효하게 이전되지 않을 경우에는 그 다음날부터 서면통지로써 매매예약완결권을 행사할 수 있다고 약정한 점, ④ 노cc은 위와 같이 물적분할을 준비하고 주식선도거래계약을 체결할 당시 aaa의 대표이사로 재직하고 있었고, 주식선도거래계약 체결 이후인 2008. 7. 3. aaa의 대표이사직에서 사임한 점 등에 비추어 보면, 노cc은 주식선도거래계약 체결 등 이 사건 주식의 양도에 필요한 절차를 주도하였다고 할 것이고, aaa이 2008. 9. 10. 원고,노cc, 노dd, 데일리hh서비스 주식회사에 이 사건 주식을 양도하였을 당시 노cc이 aaa의 대표이사직에서 사임한 상태였다고 하더라도 2008. 9. 10.자 주식양도는 그 이전에 체결된 주식선도거래계약의 후속절차로써 주식선도거래계약에서 정한 사항을 이행한 것에 불과하므로, 노cc은 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에서 정한 '임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자'에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 노cc의 동생인 원고는 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호에서 정한 '임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자의 친족'으로서 특수관계자에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

가) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호는 구 법인세법 제52조 제1항의 '조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우'의 하나로 '자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우'를 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 시가로 하되(제1항), 시가가 불분명한 때에는 주식의 경우 상속세및증여세법 제38조 내지 제39조의2, 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 한다고 규정하고 있다. 한편, 구 상속세및증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세및증여세법 시행령 제54조 제2항, 제4항 제2호, 제55조 제1항에 의하면, 사업개시 후 3년 미만의 법인의 주식의 경우에는 순자산가액을 발행주식총수로 나눈 순자산가치로 평가해야 하는데, 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 상속세및증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하되, 상속세및증여세법 제60조 제3항 및 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다)보다 적은 경우에는 정당한 사유가 없는 한 장부가액으로 하며, 구 상속세및증여세법 제60조 제3항, 제61조 제1항 제2호는 건물의 시가를 산정하기 어려운 경우에는 신축가격・구조・용도・위치・신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정・고시하는 가액으로 평가한다고 규정하고 있다.

나) 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고는 aaa이 2008. 9.경 금융감독원에 제출한 자산양수도 신고서에 기재된 2008. 7. 31.자 건물의 기준시가가 장부가액보다 적다는 이유로 장부가액인 OOOO원을 시가로 하였는데, 2008. 7. 31.은 분할등기가 마쳐진 이후로서 이 사건 주식의 양도일인 2008. 9. 10.과 불과 1개월밖에 차이가 나지 않으므로, 피고가 위 OOOO원을 이 사건 주식이 양도된 2008. 9. 10.의 건물의 시가로 판단한 것은 정당한 것으로 보이는 점, ② 원고는 bbb의 자산평가액이 OOOO원이라는 mm회계법인의 의견을 참고하여 OOOO원을 이 사건 주식의 양수도 가격으로 결정하였다고 주장하고 있고, mm회계법인이 vvv감정평가법인의 감정평가결과에 따라 bbb의 2008. 7. 31.자 순자산가치를 OOOO원으로 평가한 사실은 앞서 본 바와 같으나, aaa과 원고, 노cc 등은 그 이전인 2008. 7. 2. 이미 이 사건 주식의 매매대금을 OOOO원으로 확정하였을 뿐만 아니라 00산시 00읍 00리 537, 624-83 지상 건물의 2008. 8. 6.자 감정평가금액(OOOO원)이 2008.7. 31.자 장부가액(OOOO원)과 무려 OOOO원의 차이가 있는 것에 비추어, vvv감정평가법인의 감정평가와 mm회계법인의 평가는 aaa과 노cc 등이 그 이전에 미리 확정해 놓은 이 사건 주식의 매매대금에 맞추어 형식적으로 이루어진 것으로 보여 그대로 믿기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 건물의 시가를 OOOO원으로 평가하고 이 사건 주식의 1주당 시가를 상속세및증여세법상 보충적 평가방법에 따라 OOOO원으로 평가한 것은 정당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.