청구법인은 소형모타 및 정밀모타 등을 제조·판매하는 비상장법인으로 2000.12.31현재 청구외 (주)OO(이하 “관계회사”라 한다)의 발행주식의 27.22%(326,666주/1,200,000주)를 보유하고 있으므로 이를 지분법으로 평가하여 투자자산으로 계상하고, 2000사업연도 중 지분법평가이익 1,659,345,236원을 영업외수익으로 계상하여 2001.3.27 적법한 절차에 따라 결산을 확정하였으나, 이익처분에 의한 기업발전적립금을 적립하지 아니하였으며, 당해사업연도 법인세과세표준신고시 적정유보초과소득에대한 법인세신고를 누락하였다가, 2001.5.27 주주총회에서 이익처분에 의하여 기업발전적립금을 적립하고 이익잉여금처분계산서와 대차대조표를 정정하여 2001년 6월초 “법인세과세표준 및 추가자진납부계산서”에 첨부하여 제출하였다.

처분청은 청구법인의 2000.1.1～2000.12.31사업연도 종료일 현재 자기자본이 10,884백만원으로 법인세법 제56조 규정에 의하여 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세요건에 해당된다하여 적정유보초과소득 1,176,683,676원에 대하여 2001.6.29 청구법인에게 2000사업연도 법인세 152,937,430원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.8.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 2000사업연도말 현재 자기자본은 10,884백만원이나, 이에는 1998.12.11 개정된 회계기준에 따라 관계회사 주식을 지분법으로 평가함으로 인한 평가이익이 3,110백만원이 포함되어 있어 실제 영업에 따른 순수한 자기자본은 6,940백만원 밖에 되지 아니하므로 청구법인의 영업이익과 무관한 투자회사의 손익의 영향으로 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상에 포함되는 것은 부당하며,

적정유보초과소득에 대한 법인세 과세제도의 취지는 비상장법인의 배당하지 아니하는 과도한 유보에 대한 과세에 있으며, 동 제도는 재무구조의 악화요인이 되는 부작용이 있어 이를 보완하기 위하여 이익처분시 이월결손금의 보전 및 자본금에 적립하는 경우에만 사용할 수 있는 “기업발전적립금”으로 처분한 금액은 적정유보초과소득계산시 제외토록하는 것인 바, 현실적으로 이익처분이 가능한 실현수익도 아니며, 세무상 과세표준에서도 제외되고 있는 투자자산의 평가손익은 그 입법취지의 대상에 포함되는 것으로 볼 수 없으므로 자기자본계산에서 제외하는 것이 타당하다.

또한, 청구법인은 2001.3.27 정기주주총회에서 이익처분을 결의한 임의적립금 24억원을 2001.5.27 주주총회에서 기업발전적립금 15억원과 임의적립금 9억원으로 수정결의하고, 수정된 이익잉여금처분계산서와 대차대조표를 2001년 6월초 처분청에 제출하였는 바, 수정된 이익처분에 의하여 적정유보초과소득에 대한 법인세가 산출되지 아니함에도 처분청이 이를 인정하지 아니하는 것은 기업발전적립금을 유보소득에서 제외하는 취지가 재무구조의 악화요인이 되는 부작용을 보완하는 데 있다는 점에 비추어 청구법인에게 스스로 시정할 수 있는 기회를 부여하지 아니하는 것은 타당하지 아니하며, 배당금에 대한 수정결의는 인정하면서 이익처분에 대한 수정결의를 인정하지 아니하는 것은 형평에 어긋나는 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상법인은 법인세법 제56조 제1항 제1호에서 자기자본이 100억원을 초과하는 법인으로 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제93조 제4항과 제54조 제1항 제1호에서 사업연도종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계에서 부채의 합계를 공제한 금액을 자기자본으로 계산하도록 규정되어 있는 바, 지분법이 적용되는 투자유가증권의 평가이익으로 인한 자기자본 증가분을 제외한다는 명문규정이 없으므로 당초 자기자본계산은 정당하며, 적정유보초과소득에 대한 법인세 부과처분은 정당하다.

또한, 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 법인세과세표준을 신고한 후에 당초의 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고를 하거나 경정청구를 할 수 없으며(같은 뜻, 국세청 징세46101-204, 2001.2.28), 따라서 사실상 적정유보초과소득에 대한 법인세 및 그 과세표준을 감액시키는 경정청구로 보이는 이 건의 경우 법인세 신고기한이 지난 후 추가 적립한 기업발전적립금은 적정유보초과소득계산시에 공제할 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 적법한 결산확정 및 법인세과세표준신고후 주주총회에서 기업발전적립금을 적립하고 당초의 재무제표를 정정하여 제출한 경우 동 기업발전적립금을 적정유보초과소득에 대한 법인세 계산시 유보소득에서 공제할 수 있는지 여부 및

2) 지분법이 적용되는 투자유가증권의 평가이익으로 인한 자기자본증가액을 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상 판정시 자기자본계산에서 제외할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다.

법인세법 제56조【적정유보초과소득에 대한 법인세】

① 내국법인(주권상장법인, 협회등록법인 및 비영리내국법인을 제외한다) 으로서 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 있어서 대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득이 적정유보소득을 초과하는 경우에는 그 초 과하는 금액(이하 “적정유보초과소득”이라 한다)에 100분의 15를 곱 하여 산출한 세액을 적정유보초과소득에 대한 법인세로 하여 산출세 액에 이를 가산한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재의 대통령령이 정하는 자기자본(이하 이조 에서 “자기자본”이라 한다)이 100억원을 초과하는 법인

② 제1항의 규정에 의한 적정유보소득은 각 사업연도의 소득금액(제18조 제4호 및 제6호의 규정에 의한 금액을 포함하며, 제57조 제4항의 규 정에 의한 수입배당금액을 제외한다)에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액과 당해 법인의 자기자본의 100분 의 10에 상당하는 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 당해 사업연도의 법인세액, 법인세의 감면액 또는 과세표준에 부과 되는 농어촌특별세액 및 소득할주민세액

2. 상법 제458조의 규정에 의하여 적립하는 이익준비금

3. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 의무적으로 적립하는 적립금

4. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 기업발전적립금으로 적립한 금 액

같은 법 시행령 제93조【적정유보초과소득의 계산】

① 법 제56조 제1항에서 “대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득”이 라 함은 법 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득(법 제18조 제4 호 및 제6호의 규정에 의한 금액을 포함하고, 법 제57조 제4항의 규정 에 의한 수입배당금액을 제외하며, 이하 이 조에서 “당해 사업연도의 소득금액”이라 한다)에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액을 말한다.

1. 제18조의 규정에 의한 이월결손금

2. 법 제56조 제2항 각호의 금액

3. 잉여금처분에 의한 배당·상여 및 퇴직급여

4. 제106조의 규정에 의하여 배당·상여·기타 소득 및 기타 사외유출로 처분된 금액.(단서 생략)

④ 법 제56조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 자기자본”이라 함은 제54조 제1항 제1호 본문의 규정에 의한 금액을 말한다.

같은 법 시행령 제54조【기준초과차입금이자의 손금불산입】

① 법 제28조 제2항에서 “대통령령이 정하는 자기자본”이라 함은 다음 각호의 금액 중 큰 금액을 말한다

1. 당해 사업연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하며, 미지급법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 2001.3.27 정기주주총회에서 2000사업연도 이익처분시 임의적립금 24억원 적립을 결의하였다가, 2001.5.27 주주총회에서 기업발전적립금 15억원과 임의적립금 9억원으로 수정결의하고, 2001년 6월 초 이 건 처분전에 기업발전적립금의 적립에 따라 적정유보초과소득을 재계산하여 수정신고한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없으며 이는 그 신고취지가 적정유보초과소득에 대한 법인세 및 그 과세표준의 경정을 구하는 경정청구로 보인다.

이러한 사실에 기초하여 청구법인이 적법한 결산확정 및 법인세과세표준을 신고한 후 주주총회에서 기업발전적립금을 적립하고, 당초의 재무제표를 정정하여 경정청구하는 경우 동 기업발전적립금을 적정유보초과소득에 대한 법인세 계산시 유보소득에서 공제할 수 있는지 여부를 살펴본다.

적정유보소득에 대한 법인세의 과세취지는 폐쇄적 비상장법인이 세부담 축소를 위하여 배당을 기피하고 잉여금을 과다보유하는 경향을 규제하는 데 있으며, 동 제도는 재무구조의 악화요인이 되는 부작용이 있어 이를 보완하기 위하여 이익처분시 이월결손금의 보전 및 자본금에 적립하는 경우에만 사용할 수 있는 “기업발전적립금”으로 처분한 금액은 적정유보초과소득계산시 제외토록 하는 것인 바,

청구법인이 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상에 해당되게 된 사유가 청구법인의 당해사업연도의 영업이익과 무관한 투자회사의 손익의 영향으로 인한 것이라는 점에 비추어 결산과정에서 회계담당자의 착오로 보이는 측면이 있으며, 이 건 처분전에 적법한 절차에 따라 주주총회의 결의를 거쳐 기업발전적립금을 적립하고 경정청구한 점에 비추어 볼 때 추가로 적립된 기업발전적립금을 적정유보초과소득에 대한 법인세계산시 유보소득에서 공제하지 아니하는 것은 입법취지에도 어긋나는 것으로 보인다.

그러므로, 청구법인이 당초신고시 미적립한 기업발전적립금을 처분청의 과세처분전에 적립한 사실이 인정되고, 국세기본법상 경정청구기한내에 경정청구한 사실이 인정된다 할 것이므로 청구법인이 기업발전적립금을 과세처분 이전에 적법하게 적립한 것으로 보아 기업발전적립금을 유보소득에서 공제하는 것이 타당한 것(같은 뜻, 국심2000중138, 2000.10.4)으로 판단되며, 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들이지 아니하고 청구법인에게 적정유보초과소득에 대한 법인세를 부과한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다.

따라서 지분법이 적용되는 투자유가증권의 평가이익으로 인한 자기자본증가액을 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상 판정시의 자기자본계산에서 제외할 수 있는지 여부에 대하여는 심리를 생략한다.

4. 결론

그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.