가. 청구법인은 건물신축판매업을 영위하는 법인으로서 OOO에 소재한 토지 및 건물

중 상가 4개(6층 3호, 7층 1호, 7층 2호, 지하 70호이며, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 OOO(이하 “청구외 법인”이라 한다)으로부터 취득하여 2004.6.9. 소유권이전등기를 하고 2004.6.17. 분양사업을 위한 신탁등기를 경료하였으며, 2004.7.30. 잔금을 지급하고 청구외 법인으로부터 쟁점부동산의 건물분에 대하여 공급일을 2004.7.31. 공급가액을 OOO의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2004년 제2기분 부가가치세확정신고시 매입세액으로 환급신고하였다.

나. 이에 처분청은 2005.5.24. 청구법인에게 쟁점부동산의 공급시기를 신탁등기일인 2004.6.15.로 보아 쟁점세금계산서가 공급시기 및 과세기간을 경과한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 위 OOO에 대한 매입세액OOO을 불공제하고 신고불성실가산세 등 가산세 OOO을 부과한 후 OOO을 환급결정하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.2. 이의신청을 거쳐 2005.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부동산은 당초 1998년에 일반분양되어 OOO의 중심상가 역할을 할 계획이었으나, 시행사의 부도로 정상적인 영업이 불가능한 상태로 2004년까지 지속된 문제의 상가이었다. 당해 건물 준공당시 200여명의 일반분양자는 시행사의 부도로 인하여 집합건물에 대하여 토지소유권을 제외한 건물분에 대하여만 소유권을 확보할 수밖에 없었고, 건축비를 변제 받지 못한 시공사인 주식회사 OOO은 토지를 제외한 미분양 건물의 일부(169개)를 대물변제 형식으로 소유하고 또한, 건물의 부속토지 및 일부 건물에 대하여 청구외 법인이 임의경매 등을 통하여 소유하고 있는 상태이었다.

이에 청구법인은 쟁점부동산을 리모델링한 후 분양하기 위하여 200여명의 일반분양자로부터 대부분(전체 378개 중 16개 제외)의 건물의 소유권을 개별적으로 인수하고 시공사이었던 주식회사 OOO 소유 건물과 청구외 법인의 대지 및 건물을 인수하여 대부분의 대지 및 건물의 소유권을 확보하고 리모델링공사를 진행하고자 하였으나, 복잡한 소유 및 법률관계로 인하여 8년 동안 방치된 건물을 리모델링 하는 과정에서 청구외 법인이 선의로 잔금청산 시기를 연기해 주었고 그러한 대의의 관점에서 실제 사용·수익하기 전에 부동산 소유권이전등기가 이루어진 것이다.

그런데 이 사실을 알게 된 부도가 난 시행사의 관련자인 김OOO외 11인이 소유권이전등기일(2004.6.9.)과 부동산담보신탁등기일(2004.6.15.)후 잔금청산일(2004.7.30.)을 통해 실질적으로 소유권이 이전된 2004.7.30.직후인 2004.8.5. 사해행위취소를 원인으로 한 소유권이전등기말소청구 가처분을 하여 현재까지 본소송에 계류 중에 있어 당초 계획하던 2005년 2월 준공 및 분양은 이루어지지 아니하고 있는 상태로서 이처럼 정상궤도를 이탈한 상가는 정상화되지 못하고 현재까지 피해자만을 양산하고 있다.

이와 같이, 청구법인은 청구외 법인과 쟁점부동산을 거래하면서 점유·사용수익은 잔금청산일 이후에 가능하며 잔금을 청산할 때까지는 소유권이 청구외 법인에게 있다는 계약서를 작성하고 잔금청산 전에 소유권을 이전한 것은 복잡한 법률관계를 해소하고 부동산담보대출을 위한 형식적인 소유권이전이었을 뿐, 실질적으로 소유권이 이전되어 이용가능하게 되고 목적사업에 사용한 것은 잔금을 청산한 2004.7.30. 이후인데도 처분청이 소유권이전등기일 또는 신탁등기일을 쟁점부동산의 공급시기라 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입액에 대한 매입세액을 불공제하고 가산세를 과세한 것은 거래의 실질을 오인한 부당한 처분이므로 부가가치세법상의 공급시기 규정과 국세기본법상 실질과세원칙에 의해 이 건 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점부동산을 2004.6.9. 소유권이전등기를 하였고, 2004.6.15. 분양사업을 위한 신탁등기를 하였으므로 그 신탁등기일인 2004.6.15.이 실제 사용수익일로 볼 수 있으며, 이에 쟁점부동산의 공급시기는 2004.6.15.로서 청구법인이 2004.7.31. 교부 받은 쟁점세금계산서는 공급시기 및 과세기간 경과 후 수취한 세금계산서이므로 관련 매입세액을 불공제하고 신고·납부불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서가 정당한 공급시기에 발행되었는지의 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제9조【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3.제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (2003. 12. 30. 개정)

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

(2) 부가가치세법 시행령 제21조【재화의 공급시기】① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매 외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 쟁점세금계산서는 실제 수용·수익이 가능한 때에 수취한 정당한 세금계산서라고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 이의신청결정서 등 관련 자료 및 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점부동산은 청구외 법인으로부터 청구법인 앞으로 2004.6.9. 소유권이전등기가 경료되었고, 2004.6.15. 청구법인과 주식회사 OOO과의 체결된 부동산담보신탁계약에 따라 수탁자를 주식회사 OOO으로 하여 2004.6.17. 신탁등기OOO가 경료되었다.

또한, 청구법인은 쟁점부동산의 건물분에 대하여 공급일이 2004.7.31,공급가액 OOO 상당의 쟁점세금계산서를 수취하여 2004년 제2기분 부가가치세확정신고시 관련 매입세액으로 환급신고하였으나, 처분청은 쟁점세금계산서의 공급시기를 신탁등기일인 2004.6.15.로 보아 공급시기 및 과세기간을 경과한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 관련 매입세액을 불공제 경정하였으며, 청구외 법인은 쟁점세금계산서 상당액을 부가가치세 매출세액으로 신고한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인이 2004.3.25. 청구외 법인과 체결한 매매계약서에 의하면, 매매대금은 OOO으로서 계약금은 2004.3.25. OOO, 잔금은 2004.5.31. OOO을 지급하는 것으로 나타나고, 또한, 2004.6.9. 체결된 변경매매계약서 제2조제2항제2호에서 잔금지급일은 당초 2004.5.31.에서 2004.7.30.까지로 변경하고, 제3조(소유권이전의 특약 및 점유·사용수익제한) 제1항에서 "갑과 을은 쌍방합의하에 잔금청산일 이전에 상기 부동산의 소유권이전등기를 하도록 협조한다", 제2항에서 "전항의 소유권이전등기 여부와는 상관없이 을의 잔금청산 완료시까지는 실질적인 소유권은 갑에게 있으며, 을은 상기 부동산의 점유·사용수익을 할 수 없다", 제3항에서 "갑과 을이 잔금청산을 완료한 이후에 상기 부동산을 인도한다"고 약정되어 있다.

(3) 청구법인이 2004.6.15. 주식회사 OOO과 체결한 부동산담보신탁계약서에 의하면, 쟁점부동산에 대하여 위탁자는 청구법인, 수탁자는 주식회사 OOO, 신탁기간이 2004년 6월부터 신탁계약 해지시까지, 우선수익자는 주식회사 OOO, 수익자 및 채무자는 청구법인, 증서금액이 OOO으로 기재되어 있다.

(4) 사업 및 대리사무약정서(2004.10.22.)에 의하면, 시행사는 청구법인, 자금관리신탁사는 주식회사 OOO, 제1순위금융기관 은 주식회사 OOO 외1, 제2순위금융기관은 주식회사 OOO 외2이며, 신탁주요 내용은 본 사업과 관련하여 청구법인의 명의로 차입하는 자금 및 분양(임대)수입금 등의 수납·관리·운용·집행 등 자금관리 업무를 주식회사 OOO에게 위임 및 업무지원(제3조제1항 사목)으로 규정되어 있다.

(5)하나은행의 이체확인증OOO에 의하면, 청구법인이 2004.3.25. OOO을 청구외 법인에게 계약금으로 송금한 것으로 나타나고, 청구법인의 OOO에 의하면, 2004.6.16. OOO, 2004.6.17. OOO이 입금된 사실이 나타나며, OOO 이체확인증에 의하면, 청구법인이 2004.7.30. OOO을 청구외 법인에게 송금한 것으로 나타난다.

이밖에 청구법인이 제시한 계약서 등에 의하면, 청구법인은 2004.8.11. 주식회사 OOO과 광고·분양이벤트제작 및 집행계약OOO을, 2004.8.26. 주식회사 OOO과 OOO 사우나·찜질방리모델링공사를 계약금액 OOO으로 도급계약을 체결한 사실이 나타나며, 2004.8.30. 주식회사 OOO와 OOO 외장 리노베이션공사도급계약OOO을, 주식회사 OOO과 OOO 리모델링공사 도급계약OOO을 체결한 것으로 기재되어 있다.

(6) 부가가치세법 제9조제1항제2호에서 재화가 공급되는 시기는 “재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때”로 규정하고 있고, 부가가치세법시행령제21조제1항에서 “현금판매 외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때”로 규정하고 있다.

(7) 위의 사실을 종합하여 보면, 청구법인은 청구외 법인과 쟁점부동산의 매매계약을 체결하면서 잔금지급일 이전에 소유권이전등기를 하여 주되 잔금청산일 이전에는 실질적 소유권이 청구외 법인에게 있을 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점부동산을 점유·사용수익을 할 수 없고 잔금청산을 완료 한 후에 청구법인에게 인도한다는 변경계약 특약에 따라 2004.6.9. 소유권이전등기를 경료하고 2004.6.15.주식회사 OOO과 부동산담보신탁계약을 체결하여 2004.6.17.신탁을 원인으로 한 신탁등기를 경료하였으며, 주식회사 OOO은 쟁점부동산의 신탁등기의 우선수익자로, 수탁자는 주식회사 OOO으로, 채무자는 청구법인으로 하여 청구법인에게 OOO을 대출하였고, 청구법인은 동 대출금으로 청구외 법인 등 매도자에게 매입대금의 지급 또는 리모델링공사 등을 시행하고 있는 것으로 나타난다.

살피건대, 쟁점부동산을 주식회사 OOO에게 신탁등기 한 것은 당사자간 계약에 의하여 청구외 법인 등 부동산 매도자에게 매입대금의 지급이나 리모델링공사를 위한 금융기관의 대출을 일으키기 위하여 형식적으로 등기한 것에 불과하고 청구법인이 실질적인 소유권을 갖고 점유나 사용·수익할 수 없도록 약정되어 있고 청구외 법인이 쟁점세금계산서 상당액을 매출세액으로 신고한 사실 등을 감안하면 처분청이 쟁점부동산의 공급시기를 주식회사 OOO에게 신탁등기를 경료한 날인 2004.6.15.로 본 것은 잘못이라고 인정된다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서의 공급시기를 신탁등기일로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.