청구인은 1996.12.17 사업자등록(부동산임대업 등)을 하고 서울특별시 OO구 OOOO가 OOOOO, O 소재 대지 737.9㎡상에 건물 3,777.76㎡(이하“쟁점건물”이라 한다)를 신축하면서 특수관계에 있는 청구외 주식회사 OO건설(이하 “청구외법인”이라 한다)과 건물준공전인 1997.12.20 쟁점건물 매매계약을 체결하였다가 2001.9.15 쟁점건물매매계약을 합의해제하였다.

처분청은 청구인이 쟁점건물을 청구외법인에게 양도하기로 한 것을 재화의 공급(중간지급조건부)으로 보고 건물양도관련 부가가치세(세금계산서미교부 및 신고납부불성실가산세포함)와 간주임대료에 대한 부가가치세 1997년 2기분 164,703,240원, 1998년 1기분 187,162,770원, 1998년 2기분 331,250원, 1999년 1기분 657,240원, 1999년 2기분 591,530원, 2000년 1기분 111,593,300원, 2000년 2기분 104,313,300원, 2001년 1기분 81,265,890원을 2001.10.15 청구인에게 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2001.10.17 이의신청을 거쳐 2001.12.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점건물매매계약을 청구외법인과 체결하였으나 청구외법인의 자금사정으로 상호 합의하에 매매계약을 합의해제하였고 청구인의 이의신청에 대한 처분청 심리결과 쟁점건물매매거래는 그 계약을 합의해제하여 과세상 재화의 공급에는 해당되지 아니하지만 이 건 과세처분을 당연무효가 아닌 것으로 보아 취소된 재화공급에 대한 금액과 세액은 취소사유가 발생한 과세기간의 부가가치세 과세표준 및 매출세액에서 차감하라는 내용으로 결정을 하여 결과적으로 쟁점건물양도와 관련한 부가가치세의 가산세액(133,309천원)을 청구인이 부담하게 되었는 바, 청구인과 청구외법인간에 이루어진 쟁점건물 매매해제계약의 유효성을 인정한 이상 쟁점건물 매매로 인하여 청구인에게 고지한 가산세부과처분도 당연히 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점건물매매계약해제는 청구인의 종합소득세 실질조사 기간(2001.7.5～7.16)이후 체결된 것이고 본 심판청구의 요지는 당초 쟁점건물의 양도에 따른 부가가치세 과세처분에 대한 적법여부가 아닌 조사종결일 이후 체결한 부동산매매해제계약에 따른 당초 매매계약의 소급무효와 관련한 과세처분 결정취소의 당부에 있다 할 것이므로 이의신청 처분관서이며 사업장 관할인 OO세무서장의 의견을 받아 처리하는 것이 타당하다.

(청구인의 주소지 관할세무관청인 OO세무서장이 청구인의 종합소득세 관련세무조사시 적출한 과세 자료을 사업장 관할인 OO세무서장에게 통보하여 OO세무서장이 이 건 부가세를 과세하였고 심판청구에 대한 의견서는 당초 조사관청인 OO세무서장이 작성하였다)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물양도와 관련하여 청구인에게 부과된 가산세(세금계산서미교부 및 신고납부불성실)를 취소할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

부가가치세법 제6조 【재화의 공급】제1항에서「재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.」고 규정하고 있고

같은법 제22조【가산세】제2항에서「사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서를 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

2.～3(생략)」라고 규정하고 있으며,

같은조 제5항에서는「사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율」이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점건물 착공전인 1996.12.17 사업자등록(부동산임대업)을 한 후 청구인이 대주주로 있는 청구외법인과 1997.12.20 쟁점건물에 대하여 매매계약을 체결하고, 1998.1.3 계야금 20억원, 1998.3.31 중도금(1차)2억원을 청구외법인으로부터 수수하였다가 2001.9.15 동 매매계약을 합의해제하였다.

(2) OO세무서장의 청구인에 대한 종합소득세 세무조사과정에서 청구인이 쟁점건물의 양도(공급)와 임대보증금(110백만원)에 대한 부가가치세를 신고누락한 사실을 적출하여 이를 처분청에 통보하였고, 처분청에서는 OO세무서장으로부터 통보된 과세자료에 의거 청구인에게 쟁점건물 양도(공급)와 간주임대료에 대한 1997년 2기～2001년 1기분 부가가치세 650,618,520원(세금계산서 미교부 및 신고납부불성실가산세 포함)을 2001.10.15 고지하였다.

(3) 이 건 부가가치세 과세처분후 청구인은 쟁점부동산에 대한 매매계약을 2001.9.15 합의해제하여 쟁점건물양도(공급)와 관련된 부가가치세과세처분은 부당하므로 이를 취소하여야 한다는 취지의 이의신청을 2001.10.17 처분청에 제기하였다.

(4) 청구인의 이의신청에 대한 처분청 결정서에는 청구인이 청구외법인으로부터 받은 계약금 및 중도금 22억원을 청구외법인에게 반환한 사실등을 인정한 다음 “… 당사자합의에 의해 그 계약이 취소된 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니함이 타당할 것으로 판단되나 이 경우 당해 계약의 취소등의 사유가 발생한 때가 속하는 과세기간의 과세표준 및 매출세액에서 차감하면 될 것이다…”라는 내용이 기재되어 있다.

(5) 청구인이 제기한 이의신청이 위와 같은 내용으로 결정됨에 따라 청구인은 2001년 2기분 부가가치세신고시 쟁점건물매매계약해제와 관련하여 과세표준액을 △5,146,748,712원으로 신고하였고 동 신고는 적법하게 수리되었다.

살피건대, 쟁점건물에 대하여 매매계약이 체결되었다가 양수인측의자금사정에 따라 당초 매매계약을 합의해제한 이 건의 경우 이의신청결정내용에 의거 부가가치세본세만 차감되고 가산세는 차감되지 아니하였는 바, 이 건과 같이 재화공급계약이 체결되었다가 계약당사자들의 합의하에 당초계약을 합의해제한 경우 그 효과는 소급적으로 발생된다 할 것이고 따라서 쟁점건물매매거래와 관련된 부가가치세 본세는 차감(취소)하면서 가산세를 차감(취소)하지 아니하는 것은 부당하다(국심99서1976, 2000.7.7 같은 뜻)고 판단되므로 쟁점건물양도(공급)와 관련하여 청구인에게 고지한 가산세(세금계산서미교부 및 신고납부불성실가산세)부과처분은 이를 취소하는 것이 타당하다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.