2. 2000년 제1기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 과세표준에 산입한 영업권가액 OOO,OOO,OOO원을 과세표준에서 차감하고, OOOOOOO 출자금 OO,OOO,OOO원에 대한 세금계산서합계표 미제출가산세 OOO,OOO원을 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정합니다.

3. 2000.1.1～2000.12.31사업연도 법인세 OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 퇴직금지급액 OO,OOO,OOO원을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

4. 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 1992.2.8 중기대여 및 트레일러 운송업으로 사업을 개시하고 1998.6월 특수관계회사인 청구외 (주)OOOOO으로부터 레미콘 및 아스콘 제조업을 인수하여 사업을 영위하다가 2001.1.3 아스콘 사업부분을 청구법인과 특수관계에 있는 신설법인인 OOOOO(주)에 매각하였다.

청구법인은 1998.6월 (주)OOOOO으로부터 레미콘 및 아스콘 제조업을 양수받으면서 OOOOOOO의 출자금 OO,OOO,OOO원에 대하여 매입세금계산서를 교부받아 당해 과세기간의 부가가치세 매입세액으로 공제하는 한편, 2000.1.3 청구법인이 아스콘제조업 부분을 OOOOO(주)에 양도하면서 OOOOOOO의 출자금 OO,OOO,OOO원에 대하여 매출세금계산서를 교부하여 당해 과세기간의 매출에 산입하고, 청구법인이 OOOOOOO으로부터 선수금을 받고 세금계산서를 교부하였으나, 제품을 공급하지 아니한 부분에 대하여 2001.1.3 청구법인으로부터 아스콘사업부분을 양도받은 OOOOO(주)로부터 동액의 세금계산서를 수취하여 당해 과세기간의 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

또한, 청구법인은 임대아파트 건설업자인 (주)OOOO로부터 판매대금으로 수취한 어음 289,144,630원이 1998.9.22 위 법인의 부도로 지급이 정지됨에 따라 위 법인으로부터 받은 선수금 OO,OOO,OOO원을 차감하고, 1998.10.9 위 법인 보유장비 B/P프랜트(150㎥/hr)를 현물로 받고 OO,OOO,OOO원을 변제받은 것으로 처리하고, 위 법인으로부터 임대아파트 10개호의 전세권(위 법인이 날인한 백지 전세계약서)을 양여받아 1999.3.2 및 1999.4.3 각 OO,OOO,OOO원, 합계 OO,OOO,OOO원을 현금으로 추가로 회수하고, 1999.7.1 임대아파트 1개호를 사원기숙사용으로 사용하면서 임대보증금을 OO,OOO,OOO원으로 회계처리하여 변제받은 것으로 처리하고, 남은 미수채권 OOO,OOO,OOO원에 대하여 1999사업연도 중 OOO,OOO,OOO원을 법인소득금액 계산시 대손금으로 처리하고, OO,OOO,OOO원을 1999년 제1기 부가가치세 신고시 대손세액으로 공제하였다.

청구법인이 아스콘사업부분을 OOOOO(주)에 양도한 이후 2000.1.31 (주)OOOOOO 및 OOOOOO(주)로부터 아스콘 원재료 OOO,OOO,OOO원을 매입한 것으로 매입세금계산서를 수취하여 동 일자에 OOOOO(주)에 OOO,OOO,OOO원에 매출한 것으로 매출세금계산서를 교부하고 당해 과세기간에 부가가치세 및 법인세 신고시 매출·매입으로 신고하였다.

처분청은 이러한 사실에 대하여

1) 청구법인이 1998.6월 (주)OOOOO으로부터 레미콘 및 아스콘 제조업부분을 양수받으면서 (주)OOOOO으로부터 OOOOOOO의 출자금 OO,OOO,OOO원에 대하여 세금계산서를 교부받아 당해 과세기간의 부가가치세 매입세액으로 공제한 것에 대하여 출자금은 부가가치세 과세대상이 아니라 하여 부가가치세 매입세액를 부인하고,

2) 청구법인이 미수채권 OOO,OOO,OOO원에 대하여 1999사업연도중 대손금으로 처리한 OOO,OOO,OOO원을 법인소득금액계산시 손금부인하는 한편, 1999년 제1기 부가가치세 신고시 대손세액으로 공제한OO,OOO,OOO원을 불공제 처분하고,

3) 청구법인이 선수금을 받고 기 세금계산서를 교부한 부분에 상당하는 금액을 청구법인으로부터 아스콘사업부분을 양수받은 OOOOO(주)로부터 교부받은 세금계산서 금액 OOO,OOO,OOO원을 재화의 공급과 무관한 세금계산서라 하여 매입세액불공제 처분하고,

4) 청구법인의 아스콘 원재료 OOO,OOO,OOO원의 매입 및 OOOOO(주)에 대한 OOO,OOO,OOO원의 매출을 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것이라 하여 부가가치세 과세표준에서 매출 및 매입을 부인하였으며, 법인소득금액 계산시 각각 익금과 손금에서 차감하고,

5) 아스콘사업부분 매각에 따른 영업권을 OOO,OOO,OOO원으로 계산하여 부가가치세 과세표준 및 법인소득계산시 익금에 산입하고,

6) 2000.1.3 아스콘사업부분의 양도시 OOOOO(주)에 OOOOOOO 출자금 OO,OOO,OOO원을 인계하고 세금계산서를 교부한데 대하여 당해 과세기간의 매출에서 차감하고 세금계산서합계표불성실 가산세를 부과하고

7) 1999사업연도 중 손금부인한 감가상각비 부인액 OO,OOO,OOO원와 대손금 손금부인액 OOO,OOO,OOO원 및 2000사업연도에 손금부인한 감가상각비 부인액 OO,OOO,OOO원, 인건비 부인액 OO,OOO,OOO원, 소모품비 OO,OOO,OOO원, 아파트 임대권 매출누락 OO,OOO,OOO원, 아파트 임대권 손금산입 OOO,OOO,OOO원으로 인한 소득금액을 중소제조업 특별세액 감면공제대상소득에서 제외하고,

8) 2000사업연도 퇴직금지급액 OO,OOO,OOO원을 손금으로 추인하지 아니하여,

2002.3.6 청구법인에게 1998년 제1기분 부가가치세 O,OOO,OOO원, 1999년 제1기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원, 2000년 제1기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원, 합계 OO,OOO,OOO원 및 1999사업연도 법인세 OO,OOO,OOO원(2002.5.13 O,OOO,OOO원 증액 경정·고지), 2000사업연도 법인세 OOO,OOO,OOO원(2002.5.13 O,OOO,OOO원 증액 경정·고지), 합계 OOO,OOO,OOO원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2002.5.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

1) OOOOOOO의 출자금은 일종의 영업권적 성격을 가지고 있다는 점에서 과세대상 재화로 볼 수도 있으며, 이 건의 경우 과세대상 여부를 떠나 부가가치세를 거래징수한 사업자가 정상적으로 세금을 신고 납부하였다면 징수당한 매입세액은 매입세액공제를 허용하는 것이 전단계매입세액 공제제도를 채택하고 있는 현행 부가가치세제하에서 합리적인 것이며, 부가가치세 매입세액 불공제 처분이 정당하다 하더라도 세금계산서합계표를 미제출한 경우에 해당되지 아니하므로 세금계산서합계표미제출가산세를 부과한 처분은 부당하다.

2) 청구법인은 임대아파트 건설업자인 (주)OOOO이 받게 될 임대보증금으로 채권을 회수할 목적으로 위 법인으로부터 임대아파트 10개호의 전세권(위 법인이 날인한 백지 전세계약서)을 양여받은 사실은 있으나, 위 임대아파트는 OO은행으로부터 국민OO기금을 융자받고 저당권이 설정되어 있어 재산가치가 있는 것으로 볼 수 없으며, 단지 백지전세계약서를 확보한 것을 법률적으로 임대권을 대물변제받은 것으로 볼 수 없으므로 1999년 제1기 과세기간 중 대손금 OOO,OOO,OOO원에 대한 부가가치세 상당액 OO,OOO,OOO원의 대손세액공제를 부인하여 부가가치세를 부과한 처분 및 1999사업연도 법인소득계산시 위 대손금 OOO,OOO,OOO원을 손금부인한 처분은 부당하다.

3) 관급공사의 경우 아스콘은 OOOOOOO을 거쳐 판매하므로 판매대금도 동 조합으로부터 수취하고, 동 조합을 공급받는 자로 하여 매출세금계산서를 교부하고 있는 바, 부가가치세법 제9조 제3항의 규정에 의하여 공급시기 도래 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 “거래시기”로 보는 것이므로 청구법인이 선수금을 받고 세금계산서를 교부한 것은 정당한 것이며, 청구법인이 아스콘사업을 양도하였더라도 청구법인에게 당해 재화의 인도의무가 있는 것이므로 이를 사업양수인으로부터 추후 제공받아 청구인 명의로 매출처에 공급하기 위하여 선수금 상당액을 정산하고 사업양수인으로부터 동액의 매입세금계산서를 교부받은 것은 위 관련 규정에 의하여 정당한 매입세금계산서로 보아야 하므로 이를 실물거래없이 수취한 매입세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

4) 청구법인이 특수관계회사인 OOOOO(주)의 자금사정을 고려하여 1월내 현금지급조건으로 AP-5/BULK 및 아스팔트 AP-5를 OOOO(주) 및 (주)OOOOOOO부터 OOO,OOO,OOO원에 매입하여 동 일자에 어음지급조건으로 OOOOO(주)에 OOO,OOO,OOO원에 매출한 것은 청구법인의 자금으로 실제 매입하여 OOOOO(주)발행어음으로 매출대금을 회수한 실제거래로서 위장매입이나 위장매출로 볼 아무런 근거가 없음에도 처분청이 위장거래라는 이유로 매입세액불공제한 처분은 부당하며, 위장매출로 보아 매출과표에서 차감하면서 세금계산서불성실가산세 O,OOO,OOO원을 부과한 처분은 부당하다.

5) 영업권 평가는 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액의 50/100에 상당하는 가액에서 평가기준일 현재 자기자본의 10%에 상당하는 금액을 차감한 금액에 영업권의 지속연수(5년)를 곱하여 계산하는 바, 처분청은 아스콘사업부분과 레미콘사업부분 전부에 대하여 영업권을 산출한 후 각 사업부분별로 수입금액기준으로 안분계산하였으나, 순손익액은 사업별로 구분계산이 가능하므로 청구법인이 양도한 아스콘사업부분에 대한 순손익액을 계산하고, 사업별 자기자본은 수입금액을 기준으로 안분계산하여 영업권을 평가하여야 하며, 이와 같은 방법으로 평가할 경우 아스콘사업부분의 영업권 평가액은 “0”이 되므로 이를 부가가치세 과세표준 및 익금에 산입한 처분은 부당하다

6) 처분청은 1999사업연도 감가상각비 부인액 OO,OOO,OOO원 및 쟁점2) 대손상각 부인액 OOO,OOO,OOO원 및 2000사업연도 감가상 각비 부인액 OO,OOO,OOO원, 인건비 공통경비 부인액 OO,OOO,OOO원, 소모품비 부인액 OO,OOO,OOO원, 아파트 임대권 매출누락 OO,OOO,OOO원으로 인한 소득금액을 중소제조업특별세액감면대상 소득에서 제외하였는 바, 이는 청구법인이 영위하는 제조업과 관련하여 발생된 소득으로 중소제조업특별세액감면대상에서 제외하는 것은 부당하다.

7) 처분청은 담보목적의 단체퇴직급여예치금에 대한 퇴직급여충당금을 1999사업연도에 OO,OOO,OOO원, 2000사업연도에 OO,OOO,OOO원을 각각 익금산입하였는 바, 이후 세무상 퇴직급여충당금 잔액은 “0”으로 퇴직금지급액과 상계할 잔액이 없으므로 2000사업연도에 지급한 퇴직금지급액 중 퇴직급여충당금을 초과하는 금액 OO,OOO,OOO원은 손금으로 추인하여야 하나, O,OOO,OOO원만을 손금으로 산입하였으므로 잔액 OO,OOO,OOO원을 추가로 손금산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

1) 출자자가 자기의 출자지분을 타인에게 양도하는 경우에는 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급에 해당되지 아니하는 것이므로(같은 뜻, 부가가치세 기본통칙 6-14-2) 부가가치세 과세대상이 아닌 거래에 대하여 부가가치세를 거래징수하여 납부한 세액 및 매입세액공제액을 매출세액 및 매입세액에서 차감한 당초처분은 정당하다.

2) 청구법인이 (주)OOOO로부터 양여받은 임대권리는 2000.4.12부터 2001.10.8까지 모두 임대되어 청구법인이 잡이익 OOO,OOO,OOO원으로 계상한 사실이 확인되므로 임대권리를 인수할 당시 재산적 가치가 있는 권리를 인수한 것으로 보는 것이 타당하며, 미수채권 OOO,OOO,OOO원(부가가치세 포함)에 갈음하여 취득한 쟁점 임대권리 중 청구법인의 잡이익 계상시점에 관련원가로 손금추인하였으므로 당초처분은 정당하다.

3) 청구법인이 사업양수자인 OOOOO(주)로부터 교부받은 세금계산서는 실제로 재화 또는 용역을 공급받은 사실이 없이 매입세금계산서를 수취한 것이므로 매입세액불공제한 당초처분은 정당하다.

4) 청구법인은 OOOO(주) 및 (주)OOOOOO로부터 수취한 매입세금계산서 OOO,OOO,OOO원 및 OOOOO(주)에 교부한 매출세금계산서 OOO,OOO,OOO원은 실제로 매입하여 매출한 것이라고 주장하나, 청구법인은 아스콘제조부분을 양도한 이후 아스콘원재료 저장시설 및 생산시설이 전혀 없어 실질적으로 AP-5 원재료 등이 원매출처로부터 OOOOO(주)에 직접 공급된 것으로 보이며, 청구법인이 영위하는 업종과 무관한 품목을 매입·매출한 것으로 위장하여 특수관계회사에 대하여 자금을 지원할 목적으로 변칙적으로 세금계산서를 수수한 것이므로 사실과 다른 세금계산서에 해당되는 것으로 보아 매입세액불공제 처분 및 법인소득계산시 익금 및 손금에서 차감한 당초처분은 정당하다.

5) 처분청은 아스콘사업부분의 영업권을 계산함에 있어서 청구법인이 아스콘사업부분과 기타사업부분의 제조원가 및 매출원가 등을 구분 기장하지 아니하여 전 사업의 수입금액을 가중평균하여 사업별 수입금액비율에 의하여 안분계산하였는 바, 청구법인이 제시하는 상품평가명세서, 제품평가명세서상 매출원가는 아스콘사업부분, 레미콘사업부분 및 기타사업부분으로 구분 계상하고, 손익계산서상 판매관리비 중 운반비를 전액 아스콘사업부분에 차감하여 계산한 청구법인의 주장은 합당하지 못하며, 청구법인으로부터 아스콘사업을 인수한 OOOOO(주)의 2000사업연도 및 2001사업연도 신고소득이 각각 OOO,OOOO원과 OOO,OOOO원에 이르는 점에 비추어 청구법인 주장을 신뢰하기 어렵다.

6) 고가매입 기계장치에 대한 감가상각충당금 부인액은 부당행위계산 부인금액이며, 업무무관자산에 대한 감가상각충당금 부인액은 제조업과 관련이 없는 것이며, 대손상각 부인액, 인건비 부인액, 소모품비 부인액은 손금을 허위로 계상한 금액이며, 아파트 임대권 매출누락으로 인한 소득금액은 제조업과 관련없는 소득금액에 해당하는 바, 이러한 사유로 인한 소득금액은 법인세법 시행령 제118조 제4항에 규정하는 부당과소신고금액에 해당하며, 조세특례제한법 제128조 제3항 및 같은 법 시행령 제122조의 규정에 의하여 중소제조업특별세액감면대상에서 배제되는 것이므로 당초처분은 정당하다.

7) 2000사업연도에 지급한 퇴직금지급액 중 퇴직급여충당금을 초과하는 금액은 당해연도 손금으로 추인하여야 한다는 청구법인 주장이 정당하므로 2000사업연도 퇴직금지급액 중 OO,OOO,OOO원을 추가로 손금산입함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 사업장 양수시 OOOOOOO 출자금 OO,OOO,OOO원을 인수한 거래 및 사업장 양도시 동 출자금 OO,OOO,OOO원을 양도한 거래를 과세거래로 보아 세금계산서를 수수할 수 있는 것인지 여부

② 부도어음 OOO,OOO,OOO원에 대한 대손세액 OO,OOO,OOO원을 공제받은 데 대하여 청구법인이 임대아파트 임대권을 인수받은 것으로 보아 대손세액공제를 부인하고 대손금을 손금불산입한 처분의 당부.

③ 청구법인이 선수금을 받고 세금계산서를 발행 교부한 후, 기발행한 세금계산서 금액 OOO,OOO,OOO원과 동액의 세금계산서를 사업양수자로부터 수취한 데 대하여 매입세액불공제한 처분의 당부.

④ 청구법인이 아스콘원재료 OOO,OOO,OOO원을 현금지급조건으로 구매하여 OOOOO(주)에 OOO,OOO,OOO원에 어음지급조건으로 판매한 것에 대하여 이를 위장매출 위장매입으로 보아 매출 및 매입에서 차감한 처분의 당부.

⑤ 청구법인이 아스콘사업부분 매각시 영업권을 OOO,OOO,OOO원으로 평가하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

⑥ 감가상각충당금 부인액, 대손상각 부인액, 소모품비 부인액, 아파트 임대권 매출누락 및 임대권 손금산입 등으로 인한 소득금액이 중소제조업 특별세액공제적용대상인지 여부

⑦ 퇴직급여 충당금잔액을 초과하는 퇴직금지급액 OO,OOO,OOO원이 손금산입대상인지 여부

나. 관련법령

이 건 과세요건 성립당시의 관련법령은 다음과 같다.

부가가치세법 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다

부가가치세법 제9조【거래시기】

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략)

부가가치세법 제17조의 2【대손세액공제】

① 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 “대손세액”이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다.

부가가치세법 시행령 제63조의 2【대손세액공제의 범위】

① 법 제17조의 2 제1항에서 “파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

6. 수표 또는 어음의 부도발생일부터 6월이 경과한 경우. 다만, 당해 사업자가 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다.

부가가치세법 제22조【가산세】

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을, …(중략)… 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.(단서 생략)

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 …(중략)… 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나, 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우.(단서생략)

상속세및증여세법 제64조【무체재산권의 평가】

② 제1항 외의 공업소유권 등 기타 무체재산권의 평가는 당해 재산의 취득을 위하여 소요된 가액 또는 장래의 경제적 이익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다

상속세및증여세법 제59조【무체재산권의 평가】

② 영업권의 평가는 다음 산식에 의한다.(단서 생략)

〔최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 - (평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 감안하여 재정경제부령이 정하는 율(10%)〕× 평가기준일 이후의 영업권의 지속연수(5년)

조세특례제한법 제7조【중소기업 등에 대한 특별세액감면】

① 제조업, …(중략)…을 영위하는 내국인 중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

조세특례제한법 제128조【추계과세시 등의 감면배제】

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조,…(중략)…의 규정을 적용하지 아니한다.

같은 법 시행령 제122조【추계과세시 등의 감면배제】

법 제128조 제3항에서 “대통령령이 정하는 과소신고소득금액”이라 함은 법인의 경우에는 법인세법 시행령 제118조의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

법인세법 시행령 제118조【과소신고금액의 계산 등】

④ …(중략)…에서 “대통령령이 정하는 부당과소신고금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액(부당행위계산부인금액)

2. 법 제26조(동조 제4호를 제외한다)(과다경비), 법 제27조(업무 무관경비), …(중략)…의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

3～4. 생략

5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나, 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액.

6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 1998.6월 사업장 양수시 OOOOOOO 출자금 OO,OOO,OOO원을 인수한 거래 및 2000.1.3 사업장 양도시 동 출자금 OO,OOO,OOO원을 양도한 거래를 과세거래로 보아 세금계산서를 수수할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

청구법인이 1998.6월 (주)OOOOO으로부터 레미콘 및 아스콘 제조업 부분을 인수하면서 (주)OOOOO의 OOOOOOO 출자금 OO,OOO,OOO원에 대하여 매입세금계산서를 교부받아 당해 과세기간의 부가가치세 매입세액으로 공제한 사실 및 2000.1.3 청구법인이 아스콘 제조부분을 OOOOO(주)에 양도하면서 OOOOOOO 출자금 OO,OOO,OOO원에 대하여 매출세금계산서를 교부하고 당해 과세기간의 매출세액으로 신고·납부한 사실에 대하여는 서로 다툼이 없다.

처분청은 출자지분의 양도는 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급에 해당되지 아니한다 하여 OOOOOOO 출자금 OO,OOO,OOO원 관련 매입세액 O,OOO,OOO원을 1998년 제1기 부가가치세 매입세액으로 공제하지 아니하는 한편, 세금계산서합계표불성실가산세 OOO,OOO원 및 신고납부불성실가산세 OOO,OOO원을 가산하여 O,OOO,OOO원을 결정·고지한 사실 및 2000년 제1기 부가가치세 매출과표에서 차감하고, 세금계산서합계표불성실가산세 OOO,OOO원을 부과한 사실이 처분청의 조사서 및 결의서에 의하여 확인된다.

청구법인은 OOOOOOO 출자금이 영업권적인 성격을 갖는 것이라고 주장하고 있으나 조합에 대한 지분은 출자지분에 해당하므로 출자자가 자기의 출자지분을 타인에게 양도하는 경우에는 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급에 해당되지 아니하는 것이므로(같은 뜻, 부가가치세 기본통칙 6-14-2), 청구법인 주장은 타당하지 아니하며 당초처분이 정당한 것으로 판단된다.

다만, 청구법인 등 거래당사자가 부가가치세과세대상이 아닌 거래를 과세대상으로 오인하여 부가가치세를 거래징수하여 교부 및 수취한 세금계산서를 세금계산서합계표로 신고하였는 바, 이는 처음부터 세금계산서합계표 제출의무가 없는 거래이므로 부가가치세법상 세금계산서합계표 제출의무가 있음을 전제로 하여 이를 이행하지 아니하거나 사실과 다르게 기재하는 등 그 의무이행을 불성실하게 하는 경우 적용되는 부가가치세법 제22조 제3항 및 제4항에 규정하는 세금계산서합계표불성실가산세 적용대상이 된다고 볼 수는 없다 할 것이다.

그러므로 처분청이 이 건 거래에 대하여 1998년 제1기 부가가치세 매입세액으로 공제하지 아니하는 것은 정당하나 세금계산서합계표불성실가산세 OOO,OOO원은 차감하여 경정하는 것이 타당한 것으로 판단되며, 2000년 제1기 부가가치세 부과처분에 있어서도 세금계산서합계표불성실가산세 OOO,OOO원은 차감하여 경정함이 타당할 것으로 판단된다.

(2) 부도어음 OOO,OOO,OOO원에 대하여 대손세액 OO,OOO,OOO원을 공제받은 데 대하여 청구법인이 임대아파트 임대권을 인수받았다하여 대손세액공제를 부인한 처분 및 법인소득계산시 손금산입한 대손금을 손금불산입한 처분의 당부를 가려본다.

첫째, 청구법인은 (주)OOOO에 제품 등을 판매하고 다음과 같이 어음을 수취한 사실 및 1998.9.22 위 법인의 부도로 지급이 정지된 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다.

둘째, 청구법인은 위 부도어음 금액 중 위 법인으로부터 기 수취한 선수금 OO,OOO,OOO원을 차감하고, 1998.10.9 OO,OOO,OOO원 상당의 기계장치로 대물변제받고, 1999.3.2 OO,OOO,OOO원, 1999.4.3 OO,OOO,OOO원을 현금으로 회수하고, 1999.7.1 위 법인이 권리를 갖고있는 임대아파트 1개호를 임대보증금 OO,OOO,OOO원에 임차 사용함으로써 미수채권을 OOO,OOO,OOO원으로 인식하여 부가가치세 상당액 OO,OOO,OOO원을 당해 과세기간의 대손세액으로 공제하였으며, 부가가치세 상당액을 차감한 OOO,OOO,OOO원을 당해 사업연도 대손금으로 손금산입하였다.

셋째, 청구법인은 위 어음의 지급정지에 따라 위 법인이 권리를 갖고 있는 임대아파트 10개호의 임대보증금으로 채권을 회수할 목적으로 위 법인이 날인한 백지 전세계약서를 양여받아 2000사업연도 중에 현실적으로 상당금액을 회수하여 잡수익으로 계상한 사실이 인정된다.

이러한 사실에 기초하여 청구법인이 (주)OOOO의 재산에 대하여 저당권을 설정한 것으로 볼 수 있는지 여부를 살펴본다.

청구법인은 어음의 부도 이후에도 위 법인으로부터 2차에 걸쳐 대금 중 일부를 현금으로 회수한 사실 및 2000사업연도 중 위 법인으로부터 양여받은 백지 임대계약서를 활용하여 위 법인 대신에 임대보증금을 수취한 사실에 비추어 사실상 청구법인이 (주)OOOO이 수취할 임대보증금에 대하여 저당권을 확보한 것으로 보는 것이 타당할 것으로 판단된다.

따라서 청구법인이 현실적으로 (주)OOOO이 수취할 임대보증금에 대한 저당권을 확보한 것으로 보는 이 건의 경우, 부가가치세법 시행령 제63조의 2 제1항 제6호의 규정에 의하여 어음의 부도발생일부터 6월이 경과하였다 하더라도 단서규정에 의하여 청구법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정한 경우에 해당되므로 대손세액 공제가 허용되지 아니하는 것으로 보이며, 당초처분은 정당하다 할 것이다.

(3) 청구법인이 선수금을 받고 세금계산서를 기 발행 교부하였으나 실제 재화의 공급이 이루어지지 아니한 부분을 사업양수자에게 인계하고 기 발행한 세금계산서 금액 OOO,OOO,OOO원과 동액의 세금계산서를 수취한데 대하여 매입세액불공제한 처분의 당부를 가려본다.

청구법인이 1999년 제2기 중 OOOOOOO으로부터 선수금을 받고 매출세금계산서를 교부한 부분 중 아스콘사업 양도(2000.1.3)시까지 재화를 공급하지 아니한 OOO,OOO,OOO원에 대하여 2000.1.3 청구법인이 사업양수인 OOOOO(주)로부터 세금계산서를 수취한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다.

부가가치세법 제9조 제3항 규정에 의하면 세금계산서를 현실적인 공급시기 도래 전에 교부하는 경우에는 그 교부시기를 거래시기로 보고 있는 바, 청구법인이 선수금을 받고 매출세금계산서를 교부한 것은 정당하며, 청구법인이 매출세금계산서를 교부하고 재화를 공급하지 아니한 부분은 채무로 보아야 할 것이다.

따라서 이러한 청구법인의 채무는 아스콘사업부분의 양도시 사업양수자에게 포괄적으로 승계된 것으로 보아야 하며, 동 채무의 인수·인계는 세금계산서를 수수할 수 있는 부가가치세 과세대상 거래가 아니므로 청구법인이 사업양수인으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 실지거래가 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

(4) 청구법인이 아스콘원재료 OOO,OOO,OOO원을 현금지급조건으로 구매하여 OOOOO(주)에 OOO,OOO,OOO원에 어음지급조건으로 판매한 것으로 하여 동일자에 세금계산서를 수수한 데 대하여 이를 위장매출·매입으로 보아 매출 및 매입에서 차감한 처분에 대하여 살펴본다.

청구법인이 특수관계회사인 OOOOO(주)의 자금사정을 고려하여 2000.1.31 1월내 현금지급조건으로 AP-5/BULK 및 아스팔트 AP-5를 OOOO(주) 및 (주)OOOOOO로부터 OOO,OOO,OOO원에 매입하여 동일자에 어음지급조건으로 OOOOO(주)에 OOO,OOO,OOO원에 매출한 것으로 하여 세금계산서를 수수하고 부가가치세를 신고·납부한 사실에 대하여 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다.

이러한 사실에 근거하여 판단해 볼 때, 이 건 거래당시 청구법인은 아스콘사업부분을 양도한 이후이므로 청구법인이 영위하는 사업과 관련이 없는 매입으로 보이며, 청구법인이 1월내 현금지급조건으로 매입하여 매입금액에 일정율의 이자를 가산한 금액으로 어음지급조건으로 매출한 이유가 실질적으로 청구법인이 OOOOO(주)에 대한 자금지원 목적으로 한 것임을 스스로 인정하고 있는 사실에 비추어 이 건 거래에 따른 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하다.

그러므로 이 건 관련 매입·매출금액을 청구법인의 매출·매입에서 차감하여 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

(5) 청구법인이 특수관계에 있는 법인에 양도한 아스콘사업부분의 영업권가액을 OOO,OOO,OOO원으로 평가하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부를 살펴본다.

첫째, 청구법인이 영업권의 대가를 사업양수자로부터 별도로 수취한 사실은 확인되지 아니한다.

둘째, 처분청은 청구법인이 양도한 아스콘사업부분에 대한 영업권을 계산함에 있어서 청구법인 전체 사업부분에 대한 영업권을 OOO,OOO,OOO원으로 평가하여 아스콘사업부분과 기타사업부분에 대한 연도별 수입금액을 가중평균한 금액 비율로 안분계산하여 아스콘사업부분의 영업권을 OOO,OOO,OOO원으로 평가하였음이 처분청의 조사서에 의하여 확인된다.

셋째, 청구법인은 청구법인의 각 사업연도의 결산서에 의하여 사업별 순손익액 계산이 가능하다고 주장하면서 제시한 손익계산서 및 상품·제품평가명세서에 의하여 다음과 같이 소득을 구분 계산하여 아스콘사업부분은 결손이라고 주장하고 있으나, 청구법인은 사업별로 구분하여 기장하지 아니하였으며, 판매관리비 OOO,OOO,OOO원 중 운반비에 해당하는 금액을 모두 아스콘사업부분에 귀속되는 것으로 하여 배분·계산한 것으로 보인다.

(1998사업연도)

(OOOO)

(1999사업연도)

(OOOO)

이러한 사실에 기초하여 먼저 처분청의 영업권가액의 평가방법이 적법한지 여부를 살펴본다.

청구법인이 주장하는 바와 같이 영업권은 사업별로 계산하는 것이 합리적이며, 결산서 등 관련증빙에 의하여 매출액 및 매출원가는 확인되므로 아스콘사업부분에 한하여 순손익액 및 사업별 자기자본을 계산하여 영업권을 계산하는 것이 타당하나, 처분청은 청구법인이 사업별로 구분 기장한 사실이 없어 청구법인이 제시한 사업별 매출원가 및 매출이익을 신뢰할 수 없고, 판매관리비 등 기타비용 및 사업별 자기자본 등이 구분되지 아니한다 하여 전체 사업의 영업권을 평가하여 가중평균한 사업별 수입금액비율로 안분계산하였으므로 달리 잘못이 없다는 의견인 바, 이 건과 같이 사업별로 구분 기장되지 아니하여 각 사업별 순손익액 및 자기자본을 계산하기 불가능한 경우 처분청이 계산한 영업권의 평가방법보다 더 합리적인 방법이 있을 것으로 보이지 아니하므로 처분청이 평가한 영업권가액을 잘못된 것으로 보기는 어렵다.

다음으로 영업권가액을 산정하여 청구법인이 영업권을 무상 공급한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분에 대하여 살펴본다.

영업권은 일반적으로 판매조직, 대고객 신용 등의 원인으로 장기간 형성된 무형의 자산으로서 재산적 가치가 있는 권리에 해당되므로 영업권의 유상양도는 부가가치세 과세대상이라 할 것이다.

그러나, 세법상 영업권은 유상으로 취득한 경우에만 인정하고 있으며, 일반적으로 영업권은 사업의 양도·양수시에 발생하는 것으로 사업양도자가 영업권을 별도로 구분하지 아니하는 경우에는 양도하는 사업에 포함되어 양도한 것으로 보는 것이며, 사업의 양도는 원칙적으로 부가가치세가 과세되는 거래로 보지 아니하므로 청구법인이 별도로 거래하지 아니한 영업권을 무상공급한 것으로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당한 것으로 판단된다.

한편, 영업권가액을 산정하여 청구법인의 소득금액계산시 익금에 산입한 처분의 당부에 대하여 살펴보면, 청구법인이 아스콘사업부분을 양도하고 그 대가로 영업권 상당액을 실질적으로 수취하지 아니하였다 하더라도 특수관계자에게 사업을 양도하고 수취한 대가가 시가에 미달하는 경우에는 부당행위계산부인대상이 되며, 청구법인이 아스콘사업을 양도하면서 그 대가를 단지 사업용 설비 및 재고자산 등의 장부가액으로 하여 수취한 것으로 보이는 바, 세법에 규정된 적절한 방법으로 영업권가액 상당액을 산정하여 가산한 금액을 청구법인이 양도한 아스콘사업부분의 시가로 판단할 수 있는 것으로 보이므로 이를 법인소득 계산시 익금에 산입하는 것은 정당한 것으로 판단된다.

그러므로 이 건 영업권가액 상당액을 산정하여 이에 대하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하나, 청구법인의 법인소득계산시 익금에 산입한 처분은 정당하다 할 것이다.

(6) 감가상각충당금 부인액, 대손상각 부인액, 소모품비 부인액, 아파트 임대권 매출누락 및 아파트 임대권 원가 손금산입 등으로 인한 소득금액이 중소제조업특별세액공제 적용대상인지에 대하여 살펴본다.

처분청이 1999사업연도 감가상각충당금 부인액 OO,OOO,OOO원 및 쟁점②의 대손상각 부인액 OOO,OOO,OOO원 및 2000사업연도 감가상각충당금 부인액 OO,OOO,OOO원, 인건비 공통경비 부인액 OO,OOO,OOO원, 소모품비 부인액 OO,OOO,OOO원, 아파트 임대권 매출누락 OO,OOO,OOO원, 아파트 임대권 취득원가 손금산입 OOO,OOO,OOO원 등으로 인한 소득금액을 중소제조업특별세액 감면대상 소득에서 제외하여 법인세를 경정한 사실이 처분청의 결의서에 의하여 확인된다.

위 감가상각충당금 부인액 1999사업연도분 O,OOO,OOO원 및 2000사업연도분 O,OOO,OOO원 및 2000사업연도 인건비 부인액 OO,OOO,OOO원은 부당행위계산부인금액이며, 나머지 1999사업연도 감가상각충당금 부인액 OO,OOO,OOO원 및 2000사업연도 감가상각충당금 부인액 O,OOO,OOO원은 청구법인이 영위하는 제조업과 무관한 업무무관자산에 대한 감가상각비 부인액이며, 1999사업연도 대손상각비 부인액 OOO,OOO,OOO원 및 2000사업연도 소모품비 부인액 OO,OOO,OOO원은 손금을 허위로 계상한 금액이며, 아파트 임대권 매출누락액 OO,OOO,OOO원은 청구법인이 영위하는 제조업과 관련없는 소득임이 처분청의 조사서 및 결의서에 의하여 확인된다.

위에서 확인된 바와 같이 부당행위계산부인금액이나 과다계상경비, 업무무관경비 등의 익금산입 및 손금불산입으로 인한 소득금액은 법인세법 시행령 제118조 제4항에 규정하는 부당과소신고금액에 해당하는 것이며, 이는 조세특례제한법 제128조 제3항 및 같은 법 시행령 제122조의 규정에 의하여 중소제조업특별세액감면대상에서 배제하는 것이므로 당초처분이 정당한 것으로 판단된다.

(7) 퇴직금지급액 OO,OOO,OOO원의 손금후인 여부에 대하여 살펴본다.

청구법인은 처분청이 담보목적의 단체퇴직급여예치금에 대한 퇴직급여충당금을 1999사업연도에 OO,OOO,OOO원, 2000사업연도에 OO,OOO,OOO원을 익금산입함에 따라 이후 세무상 퇴직급여충당금 잔액은 “0”으로 퇴직금지급액과 상계할 잔액이 없으므로 2000사업연도에 지급한 퇴직금지급액 중 퇴직급여충당금을 초과하는 OO,OOO,OOO원은 손금으로 추인하여야 하나, O,OOO,OOO원만을 손금으로 산입하였으므로 잔액 OO,OOO,OOO원을 추가로 손금산입하여야 한다고 주장하고 있다.

처분청은 이러한 청구주장이 타당하다 하여 이를 받아들여 2000사업연도 퇴직금지급액 중 OO,OOO,OOO원을 추가로 손금산입하여 법인세 OO,OOO,OOO원을 감액결정한 사실이 처분청이 제시한 결의서 및 조사서에 의하여 확인되나, 이를 부과통보하지 아니하였으므로 적법한 절차에 따라 새로이 경정함이 타당하다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.