청구법인은 군지역 이하의 단위농업협동조합으로 부가가치세 면세사업자로 사업을 영위하다가 2001.7.1.부터 과세사업자로 전환하면서, 과세사업자로 전환일 현재의 재고자산에 대한 매입세액 12,100,553원(이하 “쟁점재고매입세액”이라 한다)에 대하여 2001년 2기 예정신고 시에는 환급세액 7,029,460원이 발생하여 공제받지 아니하고, 2001년 2기 확정신고 시에 납부할 세액 12,377,490원이 발생하여 쟁점재고매입세액을 공제하여 신고하였다.

처분청은 쟁점재고매입세액은 2001년 2기 과세기간(6월간)의 거래에 대하여 납부할 세액에서 공제하는 것이라 하여 예정신고기간의 환급세액과 확정신고기간의 납부할 세액을 합산하여 6월간의 납부할 세액을 5,348,030원으로 계산한 후 쟁점재고매입세액중 동 금액을 초과하는 6,752,523원을 납부할 세액에서 공제하지 아니하고 2004.6.20. 청구법인에게 2001년 2기 부가가치세 10,375,250원을 경정하여 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2004.8.31. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

재고자산에 대한 매입세액공제는 조세특례제한법 부칙 제17조 제3항에서 6월간의 납부할 세액을 초과할 수는 없으나, 부가가치세법에서 규정하고 있는 재고매입세액공제와 같이 예정신고기간과 확정신고기간의 납부할 세액을 각각 계산하여 예정신고기간에 환급이 발생한 경우에는 확정신고기간의 납부할 세액에서 전액을 공제하여야 하므로 처분청의 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법에서 규정하고 있는 재고자산에 대한 매입세액의 공제는 부가가치법에서 규정하고 있는 재고매입세액과는 달리 일정기간에 한시적으로 적용하는 것으로, 조세특례제한법 부칙 제17조 제3항에서 재고매입세액공제는 6월간의 거래에 대하여 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있으므로 예정신고기간 및 확정신고기간의 구분없이 부가가치세 과세기간인 6월간의 거래에서 발생한 납부할 세액에서 공제하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

단위농업협동조합이 면세사업자에서 과세사업자로 전환(2001.7.1)된 경우, 전환일 현재의 재고자산에 대한 매입세액을 전환일 이후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제함에 있어서 예정신고기간과 확정신고기간의 세액을 통산하여 그 공제한도를 계산한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

1)조세특례제한법(2001.12.29, 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)

제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

1. ～ 5. (생 략)

6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

7. ～ 10. (생 략)

② ～ ③ (생 략)

2) 조세특례제한법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전)

제106조 【부가가치세 면제 등】

① ～ ⑤ (생 략)

⑥ 법 제106조 제1항 제6호에서 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

1. ～ 4. (생 략)

5. 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회

6. ～ 33. (생 략)

⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 제6항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 소매업·음식점업·숙박업·부동산매매업 및 부동산임대업에 속하는 것을 제외한다.

⑧ ～ ⑮ (생 략)

3) 조세특례제한법시행령 부칙(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전)

제17조 【정부업무대행단체의 소매업 등의 과세전환에 따른 경과조치 등】

① 제106조 제1항 및 제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자는 2001년 7월 1일부터 2001년 7월 20일까지 관할세무서장에게 사업자등록 신청 또는 등록정정신고를 하여야 하며, 신청 또는 신고를 받은 관할세무서장은 7일 이내에 사업자등록증을 교부하거나 정정교부하여야 한다.

② 제106조 제1항 및 제7항의 개정규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역으로서 그 공급시기가 2001년 7월 1일 이후 사업자등록증 교부전에 도래하는 경우에는 그 공급시기를 2001년 7월 31일로 할 수 있다.

③ 제106조 제1항 및 제7항의 개정규정에 의하여 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 2001년 7월 1일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 제품 재료 기타 재고자산(감가상각자산을 제외하며, 세금계산서 수취분으로서 매입세액공제를 받을 수 있는 것에 한한다)에 대하여는 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 2001년 7월 1일 이후 6월간의 거래에 대하여 납부할 부가가치세액에서 공제한다.

④ 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 자는 2001년 9월 30일까지 납세지 관할세무서장에게 당해 재고자산을 신고하여야 한다.

⑤ (생 략)

4) 부가가치세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정 전)

제63조의 3 【일반과세자로 변경되는 때의 세액계산특례】

① 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의한 매입세액공제대상인 것에 한한다)을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 상품

2. 제품(반제품 및 재공품을 포함한다)

3. 재료(부재료를 포함한다)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득 건설 또는 신축후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년 이내의 것에 한한다)

② ～ ⑥ (생 략)

⑦ 제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간(6월이 되는 날이 예정신고기간에 속하는 경우에는 예정신고기간으로 한다)의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다. 이 경우 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

⑧ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

1) 청구법인은 군지역 이하의 단위농업협동조합으로 부가가치세 면세사업자로 사업을 영위하다가 2001.7.1.부터 과세사업자로 전환하면서, 과세사업자로 전환일 현재의 쟁점재고매입세액 12,100,553원에 대하여 2001년 2기 예정신고 시에는 환급세액 7,029,460원이 발생하여 공제받지 아니하고, 2001년 2기 확정신고 시에 납부할 세액 12,377,490원이 발생하여 쟁점재고매입세액을 공제하여 신고하였으나, 처분청은 쟁점재고매입세액은 2001년 2기 과세기간(6월간)의 거래에 대하여 납부할 세액에서 공제하는 것이라 하여 예정신고기간의 환급세액과 확정신고기간의 납부할 세액을 합산하여 6월간의 납부할 세액을 5,348,030원으로 계산한 후 동 금액을 한도로 하여 쟁점재고매입세액을 공제한 사실이 처분청이 제출한 부가가치세경정결의서 등에 의하여 확인된다.

2) 청구법인은 재고자산에 대한 매입세액공제는 부가가치세법에서 규정하고 있는 재고매입세액공제와 같이 예정신고기간과 확정신고기간의 납부할 세액을 각각 계산하여 공제하므로 예정신고기간에는 환급이 발생하고 확정신고기간에는 납부할 세액이 발생한 경우, 확정신고기간의 납부할 세액에서 전액공제가 가능하다고 주장하고 있다.

조세특례제한법시행령 부칙(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전)제17조(정부업무대행단체의 소매업 등의 과세전환에 따른 경과조치 등) 제3항에서 청구법인등 정부업무대행단체가부가가치세 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 2001년 7월 1일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 제품 재료 기타 재고자산(감가상각자산을 제외하며, 세금계산서 수취분으로서 매입세액공제를 받을 수 있는 것에 한한다)에 대한 매입세액을 계산하여 2001년 7월 1일 이후 6월간의 거래에 대하여 납부할 부가가치세액에서 공제하도록 규정하고 있다.

또한, 부가가치세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정 전) 제63조의 3(일반과세자로 변경되는 때의 세액계산특례) 제7항에서는 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 그 변경되는 날 현재의 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간(6월이 되는 날이 예정신고기간에 속하는 경우에는 예정신고기간으로 한다)의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제하되, 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 본다고 규정하고 있다.

3) 위 조세특례제한법 부칙 제17조 제3항에서 2001.7.1. 부가가치세의 면제사업자가 과세사업자로 전환되는 경우 재고매입세액은 2001년 7월 1일 이후 6월간의 거래에 대하여 납부할 부가가치세액에서 공제하도록 규정하고 있는 것은 부가가치세 과세기간인 6월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제할 수 있다는 의미로, 이 건의 경우, 청구법인은 2001년 2기 과세기간(6월간)의 거래에 대한 납부세액인 5,348,030원(확정신고기간의 납부할 세액 12,377,490원 - 예정신고기간의 환급세액 7,029,460원)을 공제하여야 함에도 불구하고 확정신고기간에 납부할 세액인 12,377,490원에 대하여 쟁점재고매입세액을 공제한 것은 잘못된 것으로 보여진다(대법원 96누4623, 1997.1.21. 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 쟁점매입세액공제액중 과다공제분에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004년 10월 29일

주심국세심판관 윤 영 선