가.청구법인은 2004.6.30. OOOO OOO OOO OOO OOOOO 토지1,408㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여 「지방세법」(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호및 같은 법 제127조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 학교법인이 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받았다.

나. 처분청은 OOOO 지도점검 결과 청구법인이 이 건 토지 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 학교용에 직접 사용하지아니한다고 보아 이 건 토지의 취득가액 220,000,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제1항 등의 세율을적용하여 산출한 취득세 6,093,120원, 농어촌특별세 609,310원,등록세3,046,560원, 지방교육세 565,310원, 합계 10,314,300원(가산세 포함)을 2009.12.10. 청구법인에게 부과고지 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2010.1.14. 이의신청을 거쳐 2010.3.19. 이 건심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

(1)이 건 토지는 OOOOOO OOOOO(이하 “이 건 대학교”라한다)시설 실시계획인가시 의무적으로 매입이 조건된 시설결정지구에 포함된 토지로이 건 토지 종전 소유자의 민원으로 인하여 처분청이 매입을 독촉함에 따라청구법인이 어려운 재정여건 속에서도 토지소유자의민원을 원만히해결하기 위하여 청구법인의 의지 및 중·장기 발전계획과는 상관 없이 매입할 수 밖에 없었고, 공법상으로 학교이외의 용도로는 사용이제한된 토지로 매입한 후 부터 토목공학과 및 건설정보공학과의 측량실습용으로 사용하고 있다.

(2)시설결정지구내 산재하는 여러 필지는 각각의 토지 소유자의 사정으로 일괄 매입할 수 없으므로 여러 필지를 매입 완료한 후,중·장기 발전계획에 의하여 개발되는 것이현실인바,이 건 토지도연접한 국도를매입하여 1필지로 합필하여야만 교육시설로 조성할 수 있음에도처분청이 이러한 점을 고려하지 아니하고 청구법인이 이 건 토지1필지를 매입하여 단기간 내에 학교시설용도로사용하지 아니한 것으로 본 것은 현실을 무시한 판단이다.

(3)학교시설사업을 위해서는관련법령 및 규정의 특수성에 따른복잡한절차로 인하여 기간이 소요되므로 청구법인의 귀책사유는 없다 할 것이고,더구나, 이 건 토지는 이 건 취득세 등이 부과되기전인2009.9.3. 이미학교시설사업 인가를 받아 학교시설사업 시행부지로 농지전용부담금을 감면받았으므로 현실사용(농지) 용도에불문하고학교용지로 전용된 토지인바, 학교사업을 시행한 토지에해당함에도 처분청이학교용에 직접 사용하지아니하였다하여 이 건취득세 등을 추징한 것은부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 취득한 이 건 토지는 취득 후 유예기간 내에 청구법인이 고유업무에 직접 사용하기 위한 지목변경 허가 신청 등을한 적이 없으며 취득 당시 농지의 상태 그대로 있는 것이 확인되고 있고, 2004.6.30. 이 건 토지를 취득하고 3년이 경과된 2009.9.3. 기숙사부속토지로 사용하기 위하여 학교시설부지로 인가를 받은 것으로 확인되고있는 이상, 이 건 토지는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 이건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이 학교용 부동산을 취득하여 유예기간 내에 당해 용도에 직접 사용하지 못한 정당한사유가 있었는지 여부

나. 관련 법령

(1)지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2)지방세법 시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것)

제73조(취득의 시기) ① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 각호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

③ 제1항·제2항 및 제5항의 규정에 의한 취득일전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다. 다만, 수입 또는 건조에 의하여 연부로 취득하는 선박에 대하여는 그러하지 아니하다.

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면1997.12.31.OOOOOO OOOO(OOOOO) OOOO(OOO OO OOOOOOOO)가 있었고,1998.2.27. 인가조건 중 도시계획시설 결정 구역내 미매입 토지에 대하여는기 제출한 년차별 매입계획에 따라 매입조치 하라는 내용이 포함된 처분청OOOOOO 학교시설사업 시행자지정 및 실시계획 인가(OOO OOOOOOOOOO)가 있었으며, 1999.12.22. 인가조건 중 도시계획시설 결정구역내 미매입 사유지 및 국·공유지에 대하여는 조속히 매입조치 하라는내용이 포함된 OOOOOO OOOO(OOOOO)사업 시행자지정 및실시계획 인가가 있었으며, 2004.5.27. OOOO OOO OOO OOO OOOOO 토지 2,063㎡ 중 655㎡를 OOOO OOO OOO OOOOO로 분할하였고, 2004.6.30. 청구법인 이 건 토지를 등기 하였으며, 2004.7.12. 이 건 토지 종전 소유자 OOO이 사망하였고, 2009.3.4. 청구법인 이 건 토지를 계획지구내 편입 토지에 포함하여 처분청에 도시계획시설사업 실시계획(변경) 인가 신청서를 제출하여, 2009.9.3. 처분청으로부터 농지보전부담금을 면제 받았으며, 처분청이 2009.12.10. 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지 하였고, 2010.2.8. OOOO 세무공무원이 이 건 토지의 현장을 확인한 결과 취득할 당시 상태인 농지(전)의 현황 그대로 존치하고 있는 것을 확인한 사실을 알 수 있고, 그 외 청구법인은 2010.5.6. 현재 시설결정지구내 미매입 사유지 현황, 실시인가도면 및 학교법인 OOOO에 대한“도시계획시설(학교) 결정 해제 등 요구”민원에 대한 고충민원사건 처리결과 알림 공문(O OOOOOOOOO)을 제출하고 있다.

(2)위 조항에서 학교목적에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고보아야 할 것(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOO OO OO)이고, 정당한 사유란 그 취득 토지를 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 고유업무에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다 할 것(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO)이다.

(3)먼저 청구법인이 이 건 토지 취득일부터 3년 이내에 학교 용도에직접 사용하였는지 여부에 대하여 보면,청구법인은 이 건 토지를 2004.6.30. 취득하였으나, 그로부터 3년이경과한 2009.3.4.에서야 이 건 토지를 이 건 대학교 도시계획시설사업 계획지구내 토지에 편입하여 처분청에 실시계획(변경) 인가신청서를 제출하여 2009.9.3. 처분청으로부터 위 실시계획 인가를받으면서 농지보전부담금을 면제받은 점, 2010.2.8. OOOOO세무담당공무원이 이 건 토지에 대한 현장확인 결과취득할 당시상태인 농지(전)의 현황 그대로 존치하고 있다고 복명하고 있는 점 등을 종합하면 청구법인은 이 건 토지를 취득하여취득일부터 3년 이내에 학교 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보인다.

(4) 다음으로청구법인이 이 건 토지 취득일부터 3년 이내에 학교용도에직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 대하여보면, 청구법인이 이 건 토지 종전 소유자의민원을 원만히해결하기 위하여 청구법인의 의지 및 중·장기발전계획과는 상관없이 이 건 토지를 매입할 수밖에 없었다 하더라도청구법인이 이 건 토지를 취득하여 유예기간내에 학교 용도에 직접 사용하지 못한 법령상의장애나 행정관청의사용금지·제한 등 외부적인 사유가 있었다고 보여지지는아니하고학교사업실시계획 진행에 따른 청구법인의 내부사정으로 인하여 학교 용도에사용이 지연되는 것으로 보이므로 이를유예기간 내에 학교용에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은잘못이없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.