가. 청구법인은 OOO 토지 2,660.7㎡(청구법인 1,143.804㎡, 청구법인의 전(前) 대표이사 OOO 1,516.896㎡ 소유)에 지하 7층 및 지상 20층의 건물 40,480.06㎡(청구법인 소유, 토지 및 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 부동산 임대업을 영위하다가 OOO 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 쟁점부동산을 OOO에 양도하고, 청구법인은 OOO을 익금에 산입하는 것으로 하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였고, OOO는OOO을 양도가액으로 하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. OOO지방국세청장은 2013년 11월 처분청에 대한 감사에서 청구법인이 쟁점부동산을 OOO에게 양도한 후 쟁점부동산에 입주하고 있었던 OOO(이하 “OOO”이라 한다)와의 잔여 임대차계약기간을 보장하기 위하여 매수자인 OOO으로부터 쟁점부동산 중 OOO이 입주한 부분을 임차한 후 다시 OOO에게 전대하는 과정에서 발생한 임대차손실액 등 OOO으로서 이하 “쟁점임대차손실액”이라 한다)을 손금에 산입한 사실을 확인하고 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 쟁점임대차손실액 중 OOO의 지분(39.33%)에 상당하는 금액 OOO을 손금불산입하고 OOO에게 상여로 소득처분하는 것으로 감사지적을 하였다.

다. 처분청은 이에 따라 OOO 청구법인에게 법인세 OOO을 각 경정·고지하고, OOO에게 OOO을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점부동산을 OOO에게 양도할 당시 청구법인과 OOO은 5년간 장기계약을 체결하고 있었고, 임대기간 중 임대계약의 해지 또는 취소는 오직 OOO만이 요구가 가능하여 쟁점부동산 매매시 매매계약서 약정내용에 그 내용을 반영하였으며, 쟁점부동산의 임대사업자는 청구법인으로서 OOO가 쟁점부동산의 토지 일부를 소유하고 있었다 하나 청구법인에게 그 토지를 임대하고 임대소득을 수취하였을 뿐 쟁점부동산 임대와는 무관하고, 그에 따라 OOO과 OOO 및 기존 임차인들과의 계약의무를 이행하여야 하는 당사자는 청구법인이므로 쟁점임대차손실액은 안분대상이 아닌 청구법인의 손금에 해당한다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 OOO 및 기존 임차인들에게 임대함에 있어 임대이익 및 손실에 대하여 OOO와 소유지분 비율대로 각각 이익을 취득하거나 손실을 부담한다는 계약을 한 사실이 없고, 쟁점부동산을 OOO에 양도한 이후 청구법인이 OOO과의 임대차계약이행을 위하여 전대한 것이어서 OOO가 쟁점임대차손실액을 부담하여야 할 의무가 존재하지 아니함에도 각각의 양도금액 비율대로 안분함은 부당하다.

(3) 청구법인과 OOO는 쟁점부동산을 양도한 이후 이미 법인세 및 양도소득세를 신고·납부하였고, 쟁점부동산 양도 이후 추가로 발생한 쟁점임대차손실액을 임대사업자가 아닌 OOO의 양도소득에서 소급하여 조정하는 것은 타당하지 아니하다.

(4) 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 거래의 당사자가 특수관계자 간의 거래로서 청구법인의 소득을 부당하게 감소시키는 행위가 있었어야 하지만, 청구법인과 OOO은 특수관계가 없는 제3자간으로서 공정한 가액으로 쟁점부동산을 양도·양수하여 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 아니하고, OOO에게도 토지 임차에 따른 적정임차료를 지급한 바 있으며, 임대사업으로 인하여 매년 약 OOO의 이익이 발생하는 청구법인과 소득금액이 약 OOO에 불과한 OOO가 쟁점임대차손실액을 양도금액 비율대로 안분함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산을 OOO에게 양도하기로 하는 OOO 작성 매매계약서상 매도인이 청구법인 및 OOO이고, 쟁점임대차손실액은 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 발생된 것이므로 쟁점부동산에 대한 청구법인 및 OOO의 양도금액 비율로 안분함이 타당하다.

(2) 청구법인이 매수자인 OOO으로부터 쟁점부동산 중 OOO 임대부분을 임차하는 계약을 체결함에 있어서 그 임차료는 토지 및 건물가액 모두를 고려하여 산정된 것이므로 청구법인이 건물의 소유주라는 사실과 임대사업을 영위하였다는 사실만으로 쟁점임대차손실액이 청구법인에게만 귀속되는 것으로 보기는 어렵다.

(3) 청구법인이 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 기존 임차인의 계약기간보장을 위해 발생한 쟁점임대차손실액은 연도별로 발생을 예측하고 현재가치로 평가하여 공탁한 후 양도소득세 필요경비로 산입하거나 추후 실제 발생된 금액을 근거로 경정청구를 제기할 사항이지 청구법인의 손금으로만 산입할 사항은 아니다.

(4) 청구법인과 OOO이 특수관계가 없다 하더라도 청구법인이 특수관계자인 OOO가 부담하여야 할 쟁점임대차손실액까지 부담하여 법인의 이익을 부당하게 감소시키는 행위를 하였으므로 소득금액을재산정하고 소득의 귀속자인 OOO에게 상여로 소득처분함은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

임대사업자인 청구법인이 소유 토지(일부는 대표이사 소유) 및 건물을 양도하면서 발생한 임대차손실 중 전 대표이사 지분 상당액을 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금불산입하고, 대표자에게 상여로 소득처분함이 타당한지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가" 라 한다)을 기준으로 한다.

제67조 【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2，제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.(단서 생략)

제106조 【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 자기 소유의 토지와 OOO 소유의 토지위에 건물을 신축하여 OOO부터 부동산 임대업을 영위하다가 OOO에게 쟁점부동산을 양도한 후 쟁점부동산 양도 이전부터 입주하고 있던 OOO 등과의 잔여 임대차계약기간을 보장하는 과정에서 쟁점임대차손실액이 발생하여 이를 전액 청구법인의 손금에 산입하였으나, 처분청은 쟁점임대차손실액 중 OOO 소유의 토지가 차지하는 가액비율(39.33%)에 상당하는 금액을 손금불산입하여 법인세를 부과하고 OOO에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산 임대사업의 당사자로서 OOO 및 기존 임차인들과 임대차계약을 체결하여 임대료를 지급받았고, OOO 소유의 쟁점부동산 건물 부속토지는 청구법인이 임차하여 사용하였으며 그 사용대가로 OOO에게 지급한 임차료 내역은 다음의 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인이 OOO에게 지급한 임차료내역

(3) 쟁점임대차손실액OOO은 청구법인과 OOO 등과의 임대차계약 및 청구법인과 OOO과의 매매계약 및 임대차계약 등에 따른 것으로 그 발생내역은, ① 청구법인이 OOO의 잔여임대기간 보장을 위해 다음의 <표2>와 같이 추가로 지출한 임대료 OOO, ② 청구법인이 쟁점부동산을 양도한 후 기존 임차인들이 임대기간 중 계약해지하여 2009년 청구법인이 OOO에게 배상한 OOO, ③ OOO이임대기간 중 계약해지하여 청구법인이 2010년 OOO에게 배상한OOO 등으로 되어 있다.

<표2> 임대 및 전대에 따른 추가 임대료부담액

(4) 청구법인과 OOO이 체결한 임대차계약, 임대차계약의 변경 및 해지의 주요내용은 다음과 같다.

(가)2006.7.19. 작성된 임대차계약서

(나) 2007.7.27. 작성된 임대차계약서 변경 합의서

(다) 2007.7.27. 작성된 추가 임대차 계약서

(라) 2008.9.1. 작성된 임대차계약서 변경 합의서

(마) 2009.8.11. 작성된 임대차계약서 변경 합의서

(바) 2010.3.19. 임대차계약 해지 공문

(5) 청구법인과 OOO이 체결한 쟁점부동산의 매매계약 및 임대차계약 등의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 2008.7.23. 작성된 쟁점부동산의 매매계약서

(나) 2008.8.13. 작성된 임대차계약서

(다) 2008.8.13. 작성된질권설정계약서

(라) 2009.9.30. 작성된임대차 변경계약서

(마) 2009.9.30. 작성된 사용대차계약서

(바) 2010.12.15.임대차 및 사용대차계약 해지 합의서

(6) 청구법인은 쟁점임대차손실액을 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다고 다음과 같이 주장하고 있다.

(가) 2008.7.23. 작성한 쟁점부동산의 매매계약서전반부는 일반적인 사항 등을 기록하고 있으나, 제9조의 약정사항 제2항에서 장기 임대계약으로 계약의 승계 및 해지가 불가한 청구법인과 OOO 간의 계약에 대하여 명시하였고, 청구법인만이 기존 임차인과의 계약을 이행하고 부담하여야 할 의무가 있는 반면 토지의 일부를 소유한 OOO는 기존 임차인과는 어떠한 계약이나 의무가 존재하지 않으며, 매수자인 OOO도 청구법인과 OOO 간의 계약내용을 알고 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점부동산의 일부분(2층～9층)과 해당기간(2008.8.13.～2011.8.31.)을 대상으로 청구법인하고만 “책임임대차계약”을 체결하였으므로계약의 내용대로 인정하여야 한다.

(나) 쟁점부동산의매매계약서에서 향후 쟁점부동산 임대차와 관련하여 발생할 손실에 대하여 명시적으로 매도자인 청구법인과 OOO가 쟁점부동산 양도가액 비율대로 각각 부담하는 것으로 약정한 사실이 없고, 손실 발생시 임대사업자가 아닌 OOO의 양도소득에서 차감할 대상으로도 볼 수 없다.

(다) 청구법인은쟁점부동산을 양도하면서 OOO에게 보다 많은 이익을 주기 위하여 토지의 매매단가를 높이거나 건물의 가액을 낮추는 등 청구법인의 이익을 부당하게 감소시키는 부당행위를 한 사실이 없다.

(라) 청구법인과 OOO은 특수관계가 없는 제3자간으로서 공정한 가액으로 쟁점부동산을 거래하였으므로 「법인세법 시행령」제88조에서 규정하는 부당행위계산의 유형에 해당되지 아니하고, OOO에게는 적정 임차료를 지급하였으며, 임대사업으로 인하여 매년 약 OOO의 이익이 발생하는 청구법인과 토지만을 청구법인에게 임대하여 발생한 소득금액이 약 OOO에 불과한 OOO가 쟁점부동산의 양도가액 비율대로 안분함은 타당하지 아니하다.

(7) 처분청은 쟁점임대차손실액은 다음과 같이 청구법인과 OOO의 양도가액 비율대로 안분하여야 한다는 의견이다.

(가) OOO 작성된 쟁점부동산을 OOO에게 양도하기로 하는 매매계약서상 매도인이 청구법인 및 OOO이고, 쟁점임대차손실액은 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 발생된 것이므로 쟁점부동산에 대한 청구법인 및 OOO의 양도가액 비율로 안분함이 타당하다.

(나) 청구법인이 매수자인 OOO으로부터 쟁점부동산 중 OOO 임대부분에 대한 임차계약을 체결함에 있어서 그 임차료는 토지 및 건물가액 모두를 고려하여 산정된 것이므로 청구법인이 건물의 소유주라는 사실과 임대사업을 영위하였다는 사실만으로 쟁점임대차손실액이 청구법인에게만 귀속되는 것으로 보기는 어렵다.

(다) 청구법인이 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 기존 세입자의 계약기간보장을 위해 발생한 쟁점임대차손실액은 연도별로 발생을 예측하고 현재가치로 평가하여 공탁한 후 양도소득세 필요경비로 산입하거나 추후 실제 발생된 금액을 근거로 경정청구를 제기할 사항이지 청구법인의 손금으로만 산입할 사항은 아니다.

(라) 청구법인과 OOO이 특수관계가 없다 하더라도 청구법인이 특수관계자인 OOO가 부담하여야 할 쟁점임대차손실액까지 부담하여 법인의 이익을 부당하게 감소시키는 행위를 하였으므로 소득금액을 재산정하고 소득의 귀속자인 OOO에게 상여로 소득처분함은 타당하다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점임대차손실액이 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 발생된 것이므로 청구법인 및 OOO의 양도가액 비율로 안분하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 OOO부터 임대사업을 영위할 목적으로 자기 소유의 토지와 OOO로부터 임차한 토지 위에 건물을 신축하여 쟁점부동산에 대한 임대사업을 영위하였고 OOO에게는 쟁점부동산을 양도하기 전까지 계속하여 임차한 토지에 대한 적정임차료를 지급하여 왔던 점, 쟁점부동산의 임대와 관련한 임대차계약, 임대차계약의 변경 및 해지 등 모든 계약을 청구법인의 명의로 체결하였는바 임대차 계약의무를 이행하여야 하는 당사자는 청구법인으로 보이는 점, 쟁점부동산을 양도하기 이전까지 쟁점부동산 임대에 따른 수입금액 및 비용을 청구법인이 전액 익금 또는 손금산입하여 법인세 등을 신고하였던 점, 쟁점임대차손실액은 청구법인이 임차인들과 체결한 임대차계약서 내용을 준수하기 위하여 불가피하게 발생하였거나 임차인들의 잔여계약기간을 보장하는 과정 등에서 발생된 점 등에 비추어 쟁점임대차손실액은 쟁점부동산의 임대차계약의 당사자인 청구법인에게 귀속되는 손금으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점임대차손실액 중OOO의 양도가액 비율에 상당하는 금액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분과 OOO에게 상여로 소득처분하여 한 소득금액변동통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.