2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 청구법인은 2014․ 2015년․ 2016년․2017사업연도(이하 “이 건 사업연도”라 한다)에 대한 법인지방소득세 합계 OOO(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)을 아래 ＜표1＞과 같이 신고․납부하였다.

OOO나. 청구법인은 2018.10.8. 이 건 지방소득세 OOO에서 청구법인이「한ㆍ중 조세조약」에 따라 중국에 납부한 세액인 OOO을 공제하여야 한다는 취지로 아래 ＜표2＞와 같이 경정청구를 하였으나, OOO시장과 OOO은 2018.12.13., OOO구청장은 2018.11.29., OOO시장은 2018.11.15. 각각 이를 거부하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견

가. 청구법인 주장

(1) 헌법 제6조 제1항에서 헌법에 의하여 체결·공포된 조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 가진다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제3조에서 지방세 특례를 규정할 수 있는 법령으로「지방세특례제한법」,「지방세기본법」,「조세특례제한법」 및 조약을 명시하고 있으므로「지방세특례제한법」에 규정이 없더라도 조세조약에서 특례를 규정한 경우에는 이에 따라 특례를 적용받을 수 있는 것이고, 조세조약의 경우 원칙적으로 자기 집행적 조약으로서 그 자체로 입법 등의 행위 없이 국내법적 효력을 갖게 되는 것인바,「지방세법」등에서 외국납부세액 공제에 대하여 별도로 규정 하지 않은 경우라도 이미 조세조약이 체결되어 국회의 비준을 받아 공표된 경우에는 국내법과 같은 효력을 갖게 되는 것이고, 해당 조약에서 정한 외국납부세액공제 규정을 그대로「지방세법」의 지방소득세 규정에 적용할 수 있다고 보아야 할 것이다.

「한․중 조세조약」제2조에서 소득세, 법인세, 주민세(지방소득세)를 대한민국의 조세로 규정하고 있고, 같은 조약 제23조에서 이중과세 방지를 위해 한국에 납부하여야 할 조세에서 중국에 납부한 세액을 공제하도록 규정하고 있으며, 「지방세특례제한법」제97조에서 개인지방소득세의 경우 개인이 외국에서 납부세액의 10%만큼을 공제하도록 규정하고 있음에도 처분청들이「지방세법」에 법인이 외국에서 납부한 세액을 지방소득세에서 공제한다는 규정을 두고 있지 않다는 사유만으로 쟁점세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 「지방세법」제103조의19에서 규정한 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액이란「법인세법」에 따라 신고한 과세표준이 아니라「법인세법」13조를 준용하여 계산한 금액을 말한다고 할 것이고, 「법인세법」제15조 제2항 제2호의 규정은 세액공제를 전제로 간접외국납부세액을 익금 산입하도록 규정하고 있으므로 청구법인이 중국에 납부한 세액인 OOO에 포함된 간접외국납부세액 OOO(2014사업연도 OOO, 2015사업연도 OOO)은 법인지방소득세의 과세표준에서 공제하는 것이 타당하다(대법원 2018.10.15. 선고 2018두50000 판결, 같은 뜻임).

나. 처분청들 의견

(1) 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 같다)제103조의22 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 지방소득세의 세액공제 및 세액 감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」제3조 제1항에서「지방세법」및 지방세관계법 등 및 조약에 따르지 아니하고는 지방세 특례를 정할 수 없다고 규정하고 있으며, 지방세관계법 등에서 지방소득세를 부과․징수하는데 있어서 외국 납부세액을 공제한다고 규정하고 있지 아니하므로 처분청이 이 건 지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(2)「지방세법」은 법인세법상 과세표준을 법인지방소득세의 과세표준으로 보도록 규정하고 있을 뿐「지방세법」에서 별도로 과세표준을 산정하거나 추가로 차감하는 규정을 두고 있지 않고, 2014.1.1. 법률 제12153호로「지방세법」을 개정하여 법인지방소득세의 과세표준을 법인세 과세표준으로 한 취지가 지방세수를 확보하여 지방재정의 건전성을 높이는데 있는 것을 감안하면, 간접외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에서 공제하지 않는 것이 타당하다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 해외에서 납부한 소득관련 조세를 조세조약에 따라 법인지방소득세에서 공제하여 달라는 청구주장의 당부

② 외국납부세액 공제를 하지 아니하는 경우 간접외국납부세액을 익금에서 제외하여 법인지방소득세의 과세표준을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다.사실관계 등

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 자동차부품제조업을 영위하는 법인으로 중국에 현지법인(자회사) 2곳을 두고 있고, 이 건 사업연도 중 현지법인으로부터 배당소득, 사용료 등을 수취하였다.

(나) 청구법인은 이 건 사업연도의 법인세를 신고하면서 직접외국납부세액은 손금에 불산입하고, 간접외국납부세액은 익금에 산입한 후 외국 납부세액 공제를 적용하여 납부할 세액을 산출하였고, 법인지방소득세는 법인세와 동일한 방법으로 과세표준을 산출하였으나, 외국납부세액 공제는 적용하지 아니하는 것으로 하여 납부할 세액을 산출하였으며, 그 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO (다) 청구법인이 제출한 법인세 과세표준 및 세액조정계산서를 보면, 청구법인이 2014․2015사업연도에 납부한 간접외국납부세액은 각각 OOO인 것으로 나타난다.

(라) 국회 안전행정위원회의「지방세기본법」ㆍ「지방세법」ㆍ「지방세특례제한법」일부개정법률안에 대한 검토보고서(2013.12.), 행전안전부의 질의회신(지방세정책과-704, 2019.2.21.)등에서 2014.1.1.「지방세법」을 개정한 이유에 대해 ‘소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계되도록 하는 등 건전한 지방자치발전에 기여하려는 것’이며, 그 개정내용에 대해 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은「법인세법」과 동일하게 하되, 표준세율의 100분의 50의 범위 내에서 세율을 가감할 수 있도록 하고, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정하도록’ 하는 것이라고 밝히고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은「한․중 조세조약」등에 따라 법인지방소득세 산정 시 외국납부세액을 공제하여야 한다고 주장하나,「한․중 조세조약」제23조 제1항에서 세액공제에 관한 “한국 세법의 규정(이 항의 일반적인 원칙에 영향을 미쳐서는 아니됨)에 따를 것을 조건”으로 중국 내의 원천소득에 대하여 직접적이든 공제에 의해서든 중국의 법과 이 협정에 따라 납부하는 중국의 조세는 동 소득에 대하여 납부할 한국의 조세로부터 세액공제가 허용된다고 규정하고 있는 등 외국납부세액이 발생한 상대국가와의 조세조약에서 외국납부세액의 공제는 ‘한국 세법의 규정에 따라’ 허용하는 것으로 규정하고 있는데 지방소득세 세액 공제 등을 규정한「지방세특례제한법」등에서 법인지방소득세 산정시 외국납부세액을 공제할 수 있는 근거 조항은 없으므로 위 조약이 법인지방소득세 산정시 외국납부세액의 공제 근거가 될 수 없는 점,「한․중 조세조약」등이 법인지방소득세 산정시 외국납부세액을 공제할 수 있는 근거가 될 수 있다 하더라도 위 조약에서 구체적인 공제액을 산정할 수 있는 규정이 없고 법인지방소득세 산정시 외국납부세액을 전액 공제하는 경우 법인세 등과 이중으로 공제받는 결과를 초래하는 점, 현재 우리나라는 조세조약의 취지에 따라 이중과세 방지를 위하여 「소득세법」제57조, 「법인세법」제57조 및 「지방세특례제한법」제97조 등에 외국납부세액 공제제도를 두고 있어 법인지방소득세 산정시 외국납부세액 공제를 허용하지 않는다 하여 조세조약의 일반원칙에 반하거나 조세조약의 적용을 배제하는 것은 아니고 이를 이중과세라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 현행 법령 및 조세조약 등에 법인지방소득세 산정시 외국납부세액을 공제할 수 있는 근거 규정이 없어 공제할 수 없다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제103조의19에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다고 규정하고 있고, 「법인세법」제13조에서 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제14조 제1항 및 제15조에서 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 하고, 익금은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수익의 금액으로 하되, 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액은 익금으로 본다고 규정하고 있다.

또한, 「법인세법」제57조 제1항 및 제4항에서 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 수입배당금이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(간접외국납부세액)은 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법과 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법 중 선택하여 적용받을 수 있도록 규정하고 있다.

(나) 처분청들은 법인지방소득세의 과세표준은 법인세와 동일하게 적용하여야 하고 간접외국납부세액도 익금에 산입하여 과세표준에 포함하여야 한다는 의견이나, 「지방세법」제103조의19에서 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 신고하거나 결정‧경정된 과세표준으로 규정하지 않고 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액으로 규정하고 있으므로 문언상 법인지방소득세의 과세표준은 언제나 법인세의 과세표준을 그대로 적용하여야 할 것이 아니라「법인세법」에 따라 계산된 금액을 적용하여야 하는 점, 법인지방소득세 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액이 되는 것이고 「법인세법」제15조 제2항 제2호에서 제57조 제4항에 따른 외국법인세액은 세액공제된 경우에만 익금으로 보도록 규정하고 있으므로 세액공제제도가 없는 법인지방소득세 과세표준 계산 시 외국법인세액은 익금에 산입할 수 없다고 보는 것이 타당한 점,「법인세법」상 외국납부세액은 익금산입 후 세액공제 또는 손금산입을 선택할 수 있도록 규정하고 있으므로 법인지방소득세 산정시 간접외국납부세액의 세액공제를 적용하지 아니하면서 익금에도 산입하는 것은 타당하지 아니한 점,「법인세법」상 이중과세조정은 간접외국납부세액을 익금에 산입하여 과세표준을 산정하는 것 자체로 되는 것이 아니라 그 이후 세액공제를 통하여 되는 것이므로 간접외국납부세액을 익금에 산입하지 아니한다 하여 지방세법령에서 예정하지 아니한 이중과세 조정을 하게 되는 것은 아닌 점 등에 비추어, 간접외국납부세액 세액공제제도가 없는 법인지방소득세 과세표준 계산 시 간접외국납부세액은 익금에 산입될 수 없다고 보는 것이 타당(대법원 2020.3.12. 선고 2019두58698 판결, 같은 뜻임)하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞

OOO

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제103조의19[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.

제103조의21[세액계산] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액, 「조세특례제한법」제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 “법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제94조[소득분의 계산방법] ① 소득분은「소득세법」과「법인세」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(3) 법인세법

제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

가. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

제14조[각 사업연도의 소득] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.

제15조[익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

제57조[외국 납부 세액공제 등] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조 제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다.

1. 외국납부세액의 세액공제방법: 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 “공제한도금액”이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법

2. 외국납부세액의 손금산입방법: 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 방법

④ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이 조에서 "수입배당금액"이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 본다.

⑤ 제4항에서 “외국자회사”란 내국법인이 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 25( 「조세특례제한법」제22조에 따른 해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 100분의 5를 말한다) 이상을 출자하고 있는 외국법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인을 말한다.

⑥ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국법인으로부터 받는 수입배당금액이 포함되어 있는 경우로서 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아니라 출자자인 내국법인이 직접 납세의무를 부담하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우에는 그 외국법인의 소득에 대하여 출자자인 내국법인에게 부과된 외국법인세액 중 해당 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다.

(4) 법인세법 시행령

제94조[외국납부세액의 공제] ① 법 제57조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 외국법인세액”이란 외국정부(지방자치단체를 포함한다. 이하 같다)에 납부하였거나 납부할 다음 각 호의 세액(가산세 및 가산금은 제외한다)을 말한다. 다만,「국제조세조정에 관한 법률」 제10조 제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액조정된 금액 중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액과 해당 세액이 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제ㆍ제한세율에 관한 규정에 따라 계산한 세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 제외한다.