가. 청구법인은 부동산임대업을 주업으로 영위하는 법인으로, 2004. 12.22. OOO 등에 문화 및 집회시설(박물관)의 건축허가를 받아, 당해 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축 중이던 2012년 제2기 과세기간에 당초 박물관업을 영위하려던 계획을 변경하여 이를 다른 법인에게 양도할 것이므로 과세사업에 공할 재화라는 이유로, 쟁점건물 신축 관련 매입세액 전부를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나.처분청은 2013년 2월 현장확인조사를 실시한 후, 쟁점건물은 부가가치세 면세사업인 박물관업을 운영하기 위하여 신축 중이라는 이유 등으로,이를과·면세사업 공통사용재화로 보아,면세사업 관련 매입세액을안분계산한 후 이를 불공제하여, 2013.5.13. 청구법인에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

사업자가 건물을 신축하는 경우, 신축목적과 이를 통하여 영위할 사업의종류, 즉 과세사업에 공할 것인지 아니면 면세사업에 공할 것인지 여부는 원칙적으로 사업자가 결정하는 것이고, 때로는 그 준비과정 중에 사업의목적이나 종류가 변경될 수도 있는 것이므로, 과세관청이 그 성격을 예단하여 일방적으로 정할 수는 없는 것이다.청구인은 당초 박물관 건물의 신축허가를 받았을 뿐, 「박물관 및 미술관진흥법」에 따라 승인을 받은 사실이 없으며, 2011.10.20. 이사회 결정으로박물관업을 포기하고 쟁점건물을 양도하기로 하였으므로, 쟁점건물은 과세사업에 제공될 재화로 보아야 한다. 부가가치세법령에 따르면 처음부터 과세사업에 사용될 재화와 관련된 매입세액이 공제되는 것은 물론이고, 면세사업에 사용하던 재화를 과세사업에 전용하는 경우에도 매입세액을공제하는 것으로 규정하고 있으므로, 결국 쟁점건물 신축 관련 매입세액은 전부 공제함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOO으로부터 박물관 건축허가를 받았고, 당시 제출한 사업계획서에도 청구법인이 직접 박물관을 운영할 것으로 되어 있으므로, 쟁점건물은 박물관 운영에 사용될 건물임이 분명하다. 청구법인은 이사회회의록, 매매약정서 등을 이유로 쟁점건물은 양도를 위한 것이라고 하나, 처분청의 현장확인시에는 위 자료를 제출하지 아니하였고, 또한 양수인인 OOO㈜은 청구법인의 특수관계자인 점에 비추어 매매약정서를 신뢰하기 어렵다. 따라서 현 상황에서는 건축허가 내용 등에 비추어 쟁점건물을 주로 면세사업에 사용될 것으로 볼 수 밖에 없으므로, 해당 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축 중인 쟁점건물을 과·면세사업에 공통으로 사용될 것으로 보아 면세분 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령 : 별지. 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서, 각 계약서, 건축허가서, 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1986.9.16. 설립하여 부동산 임대업, 음식(주점)업을 영위하여 왔고, 최근 건물신축 판매업을 추가하였다.

(나) 청구법인(당시 법인명은 OOO이다)이 2003년 8월 작성한 ‘서울 영화박물관 사업계획 계획 개요서’에는 “영화의 한 장르로서의 애니메이션에 대한 보다 폭넓은 자료수입과 제작과정의 이해 등을 구현하며, …(중략)…편안한 휴식과 교육을 함께 할 수 있는 장을 마련한다.…(중략)…유료입장을 원칙으로 하며 그에 따른 편의시설 및 직원을 조직 운영한다.”고 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 2004.12.22. OOO으로부터 자연녹지지역·개발제한구역 등에 해당하는 OOO, 405-7 지상에 지하1층, 지상2층의 문화 및 집회시설(박물관)의 건축허가를 받았고, 2007.6.12. 제1회 설계변경, 2011.11.8. 제2회 설계변경을 거쳐 최종적으로 지하1층, 지상3층의 건축허가를 받았다.

(라) 청구법인은 2010년 8월 경부터 기존 박물관 사업 추진 방식의 대안을 모색하였고, 2011.9.1. OOO 등으로부터 제3의 법인을 별도로 설립하여 박물관을 운영하는 내용의 자문을 받았다.

(마) 청구법인은 2011.10.20. 이사회를 개최하여 “2004년 건축허가를 득한 OOO 박물관 사업과 관련하여 본 회사는 박물관 직접 운영을 포기하고, 신축예정인 박물관 건물을 제3자에게 해당 사업 및 건물을 양도하거나 임대하고, 양도시기는 건물의 준공 또는 건축 중에 공사의 진척도 및 관할청 승인과정에 따라 결정하며, 양도대금은 박물관신축에 소요된(될) 건축비 등과 적정이윤을 가산하여 정산”하기로 결겅하였다.

(바) 청구법인은 2012.3.21. OOO와 함께 세한 주식회사를 설립하였고, 2012.3.30. OOO 주식회사에 쟁점건물을 양도하는 계약을 체결하였다.

(사) 청구법인이 2012.7.25. OOO과 체결한 쟁점건물에 관한 ‘민간건설공사 표준도급계약’에는 “착공연월일은 2012.7.25., 준공예정연월일은 착공일로부터 5개월, 계약금액은 OOO원(부가가치세 별도)”인 것으로 기재되어 있으며, ‘3차 공사기성부분검사원’에 의하면, 2012.12.30. 쟁점건물의 공정률은 44%이다.

(아) 처분청은 신축관련 매입액 OOO원 중 면세사업 관련 부분인 OOO원(87.97%)인 것으로 보아, 해당부분 매입세액을 불공제하고, 2013.5.13. 이 건 과세처분을 하였다.

(자) 청구법인은 이 건 과세처분일 이후인 2013.11.7. OOO 주식회사에게 쟁점건물을 OOO에 양도하는 계약을 체결하였고, OOO구청은 2013.11.7. 쟁점건물에 관한 건축관계자(건축주)를 청구법인에서 OOO 주식회사로 변경하였으며, 세한 주식회사는 2013.11.18. 청구법인에게 OOO원을 지급하였다.

(2) 살피건대, 구 「부가가치세법」 제17조 제1항에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 등(매입세액)을 공제한 금액으로 하는 것인바, 청구법인은 당초 청구법인이 면세사업과 과세사업에 공통(주로 면세사업인 박물관)으로 사용하기 위하여 쟁점건물을 신축하였으나, 이후 내부적으로 박물관 운영계획 등을 변경하여 별도의 법인이 박물관을 운영하기로 하였고, 그에 따라 세한 주식회사를 설립한 후 동 법인과 쟁점건물 양도계약을 체결하고 계약금을 수령하였으며, 건축주를 변경하는 등의 절차를 진행한 사실이 나타나는 이상, 현 상황에서는 쟁점건물을 청구법인의 과세사업(건물신축판매업)에 공할 재화로 보는 것이 보다 합리적이라 할 것이어서, 쟁점건물 양도가액을 과세표준으로 하여 매출세액을 계산함은 별론으로 하더라도, 처분청이 쟁점건물을 과·면세사업 공통사용재화로 보아 면세분 매입세액을 불공제하여 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

별지. 관련법령

(1)구 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의것)

제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하다.

16. 도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원 또는 식물원에의 입장

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

⑤ 제1항에 따라 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)이나 그 밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제19조에 따른 해당 과세기간의 확정신고(確定申告)와 함께 관할 세무서장에게 신고·납부하여야 한다.

⑥ 제2항제6호에 따라매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우그 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

(2) 구 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것)

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산하다. 다만,예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액이 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어는 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액이 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 박물관 및 미술관 진흥법

제16조【등록 등】① 박물관과 미술관을 설립·운영하려는 자는 그 설립 목적을 달성하기 위하여 필요한 학예사와 박물관자료 또는 미술관자료 및 시설을 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 국립 박물관 및 미술관은 문화체육관광부장관에게, 공립·사립·대학 박물관 및 미술관은 특별시장·광역시장·도지사·특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 한다)에게등록할 수 있다.

제18조【사립박물관·사립 미술관의 설립계획 승인 등】① 시·도지사는 사립 박물관 또는 사립 미술관을 설립하려는 자가 신청하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 박물관이나 미술관의 설립계획을 승인할 수 있다.

② 제1항에 따라 설립 계획의 승인을 받은 자가 그 설립 계획 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려면 시·도지사의 변경 승인을 받아야 한다.