가.청구인은 1998.4.13. OOO외 2필지위의 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 종전주택이재개발됨에 따라 2001.7.31. 같은 동 OOO호(이하“신축주택”이라 한다)를 취득하여 2008.4.25. 양도한 후, 종전주택 취득일부터신축주택 취득 후 5년이 되는 날까지의양도소득금액을계산하고감면소득금액을 OOO원으로 하여「조세특례제한법」(이하“조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2013년 3월 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부기획점검 계획에의거 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의양도소득금액이 조특법 제99조의3의감면대상에 해당하지 아니하므로감면을 부인하고, 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 2013.6.10. 청구인에게2008년 귀속양도소득세OO,OOO,OOO원을경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 시행령 제40조 제1항의 계산식은 신축주택 취득일로부터 5년이후에 양도하는 경우 그 5년이 되는 시점에 실지거래가액이 존재하지않기 때문에「소득세법」에 의하여 산출한 양도소득금액을 ‘취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 산출방식으로서, 이러한 산출방식은 이 건과 같이 주택재건축을 통하여 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어 진 것이다. 그러므로 조특법 시행령 제40조 제1항의 계산식에서 분모와 분자에서 차감하는 ‘취득당시의 기준시가’는 동일한 개념임에도 불구하고, 처분청은 아무런 법적 근거 없이 위 산출식 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에는 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에는 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 적용하여 계산하였는바, 이는 세법상 근거없이 세액의 산출방식을 자의적으로 변경한 것으로서 부당하다.

만약 처분청의 계산방식에 의할 경우, 청구인이 보유했던 종전주택과 재건축후 취득한 신축주택이 마치 동일한 주택인 것처럼 취급하여 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류가 발생할 뿐만 아니라, 분모의 ‘취득당시 기준시가’에 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를 대입할 경우, 청구인이 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금등이 분모에서 공제되지 않게 됨으로써 분모금액이 과대 산정되어 결과적으로 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되는 부당한 결과가 발생하게 된다.

따라서, 이 건 처분은 세법상의 아무런 법적 근거 없이 양도소득세액의 산출방식을 자의적으로 변경함으로써 조세법률주의 원칙에 반하여 부당하다.

나. 처분청 의견

조특법 제99조의3 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는데, 여기서 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’이란 법 제99조의3 제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것으로 취득일로부터 5년이 경과하여 양도한 이 건 신축주택의 감면되는 양도소득금액을 시행령 제40조 제1항의 계산식을 적용한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례적용대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략)

(3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1998.4.13. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업에 따라 2001.7.31. 신축주택의 사용승인을 받아 소유권보존등기를 한 후 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 2008.4.25. 동 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 조특법 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 OOO원, 감면소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 중 OOO원을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여감면을 부인하고, 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 소득금액(감면소득OO,OOO,OOO원)을 양도소득금액에서 차감하여 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 주택재건축조합의 조합원이 기존주택이나 그 부수토지를 재건축조합에 제공하고 재건축을 통하여 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우에는 양도에 따라 발생하는 모든 소득에 대하여 양도소득세 과세특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 조특법 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있고, 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상으로 보기 어려우므로 양도소득세 과세특례대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생한 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 하는 점, 재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도한 경우 과세관청이 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다고 하더라도 그러한 사정만으로는 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기는 어려우므로 소급과세금지의 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.