처분청은 청구인이 2002.2.28. ○○시 ○○구 ○○동 ○○가 ○○번지에 교육관 882.95㎡ 및 ○○관 487.36㎡, 합계 1,370.31㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축하여 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세의 비과세 신청을 한 데 대하여 이 사건 부동산 중 교육관은 종교용 목적사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 비과세하였으나, ○○관(이하 “이 사건 쟁점 건축물”이라 한다)은 부목사 및 전도사의 사택으로서 종교사업에 직접 사용하는 부동산에 해당되지아니한다는 사유로 비과세신청을 반려하고, 신고 납부한 취득세8,159,480원, 농어촌특별세 747,940원, 등록세 2,719,820원, 지방교육세 543,960원, 합계 12,171,200원을 2002.4.15. 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 종교를 목적으로 하는 법인으로서 동일 지번 및 울타리내에 교육관과 이 사건 쟁점 건축물을 신축하여 교육관은 예배시설로 사용하고 있고, 이 사건 쟁점 건축물은 종교사업을 전적으로 수행하는 부목사 및 전도사의 생활관으로 사용하고 있을 뿐만 아니라, 이 사건 쟁점 건축물은 주 건축물인 교육관과 같은 울타리내에 위치하고 있어 종교사업 이외에 다른 용도로 사용할 수 없는 종교용 건축물로서, 부목사 및 전도사가 야간에 상주하면서 당직과 교회시설물을 관리, 신도들의 신앙상담 및 기도회 등의 장소로 사용하는 등 목적사업인 종교활동에 직접 사용하고 있으므로 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호 소정의 취득세 및 등록세 비과세대상 부동산에 해당되고, 현행 천주교·불교 등 타 종파에서는 한 울타리내에 있는 생활관은 직분의 구분없이 비과세하고 있는 것과 비교할 때 형평성에도 어긋나는 것이므로 신고 납부한 취득세 등을 환부하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 교회본당과 30미터정도 떨어져 있는 교육관과동일구내에 있는 부목사·전도사의 생활관이 종교용 목적사업에 직접 사용하는 부동산에 해당되는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세 하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 종교를 목적사업으로 하는 단체로 2002.2.8. ○○시 ○○구 ○○동 ○○가 ○○번지 토지 599㎡ 상에 이 사건 부동산을 신축하여 사용승인을 얻은 후 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세의 비과세 신청을 하였으나, 처분청은 이 사건 쟁점 건축물인 ○○관은 부목사 및 전도사의 사택으로 종교사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다고 판단하고 비과세신청을 반려한 후 취득세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수 결정한 사실은 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 예배시설인 교육관과 동일한 지번 및 울타리안에 신축한 이 사건 쟁점 건축물은 부목사 및 전도사의 생활관으로 야간당직 및 교회관리, 야간에 신도들의 신앙상담 및 기도회 등의 장소로 사용하고 있으므로 비과세하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조에서 규정하고 있는 「직접 사용의 의미」는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육용, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는 지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것으로서, 이 사건 쟁점 건축물 중 2층 내지 4층의 목양관은 예배시설인 교육관과 같은 구획의 토지위에 건축된 것이라 하더라도 교회의 본당과는 30여미터 정도 떨어져 있는 교회의 부속건물로서 연접하여 건축된 교육관과는 독립된 주거용 건축물이므로 종교활동에 필요불가결한 종교시설의 부속건축물로 보기보다는 부목사·전도사와 그 가족의 사택으로 사용하고 있는 주거용 건축물이라 할 것이므로 청구인의 고유목적사업인 종교사업에 직접 사용하기 위하여취득한 부동산으로 볼 수 없다 하겠다(같은 취지의 대법원판결 1989.11.14. 선고, 89누2608). 다만,이 사건 쟁점 건축물 중 1층에 소재하고 있는 자료실(60.635㎡)은 종교용에 직접 사용하는 예배시설인 교육관과 같은 울타리내에 소재하고 있으면서 예배 및 교육에 필요한 교재를 보관·사용하고 있는 장소이므로 종교용에 직접 사용하고 있는 부동산으로 보아야 함에도 이 사건 쟁점 건축물 전체에 대하여 종교용에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 신고 납부한 취득세 등을 수납하여 징수 결정한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 1. 27.

행 정 자 치 부 장 관