2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 1996년부터 1998년까지 청구외 (주)OOO우레탄과 청구외 (주)OOO으로부터 원자재(신발밑창불량품)를 구입한 것으로 874,558,400원(이하 쟁점매입액 이라 한다)의 세금계산서를 수취하였고, 청구외 OOO건설(주)에 라바쉬트 21,600,000원(이하 쟁점매출액 이라 한다)을 공급하였으나 세금계산서를 교부하지 아니하였다.

처분청은 쟁점매입액은 가공거래라 하여 필요경비불산입하고, 쟁점매출액은 매출누락으로 보아 소득금액에 가산한 과세표준으로 종합소득세를 산출한 후 1996～1998년도 귀속분의 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니하고서 1996년 귀속 종합소득세 84,858,490원, 1997년 귀속 종합소득세 122,330,910원, 1998년 귀속 종합소득세 16,550,640원을 각각 과세하였다.

청구인은 이에 불복하여 2000. 9.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인의 주장

처분청은 청구인이 1996년 1기부터 1997년 1기까지 청구외 (주)OOO우레탄과, 1997년 2기부터 1998년 1기까지 청구외 (주)OOO에서 쟁점매입액을 실물거래없이 세금계산서만 수취하였다 하여 1996년 귀속 164,448,000원, 1997년 귀속 493,425,600원, 1998년 귀속 216,684,800원을 필요경비 불산입하였으나 신발밑창하급품은 청구인이 생산하는 방수제품에 필수적인 원재료이므로 청구외 (주)OOO우레탄과 청구외 (주)OOO의 거래확인서와 같이 실제로 거래하였으며 쟁점매출세액중 960,000원(200㎡)은 매출누락이 아니며 20,640,000원은 1999년에 수입금액을 계상하였고 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니하고 종합소득세를 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

1996년 귀속의 164,448,000원, 1997년 귀속의 493,425,600원, 1998년 귀속의 216,684,800원은 가공매입으로 사업장소재지인 수원세무서에서 부가가치세 경정조사시에 청구인이 스스로 가공매입자료라고 시인하고 확인서를 제출한 사항이고 또한 당초 처분시 소명안내 때에도 해명자료의 제출이 없었고 1998년 귀속 쟁점매출누락액이 20,640,000원이라는 내용이 1998년 귀속 종합소득세 조정계산서에 언급이 없으며 1996년 귀속부터 1998년 귀속까지 종합소득세를 경정할 때 조세감면규제법 제7조 제3항의 감면신청이 없어 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니한 것으로 당초 처분이 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입액을 가공거래로 보아 필요경비불산입하고 쟁점매출액을 매출누락으로 보아 소득금액에 가산하고 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 배제하고 종합소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 소득세법(1998.12.28 법률 제5580호로 개정되기 전의 것)

제80조【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다. (1994. 12. 22. 개정)

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 (1994. 12. 22 개정)

2. 제163조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 제164조·제164조의 2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (2000. 12. 29. 개정)

(2) 조세감면규제법(1995.12.29 법률 제5038호로 개정된 것)

제7조【중소제조업등에 대한 특별세액감면】

① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득(이하 이 조에서 제조업소득등 이라 한다)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 1994년 1월 1일(부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업과 물류산업의 경우에는 1995년 1월 1일)이후 최초로 개시하는 과세연도 및 그 이후의 각 과세연도에 있어서 다음 각호의 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.(1995. 12. 29 개정)

1. 제118조 제1항 제1호 및 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 특별감가상각비 및 준비금의 손금산입

2. 제118조 제1항 제2호의 규정에 의한 소득공제

3. 제118조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제

② 제1항의 규정에 의한 제조업소득등에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 계산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정)

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

(3) 조세감면규제법(1998.12.28 법률 제5584호로 개정되기 전의 것)

제7조【중소제조업등에 대한 특별세액감면】

① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.(1996.12.30. 개정)

② 삭제 (1996. 12. 30)

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

처분청이 쟁점매입액은 필요경비불산입하고, 쟁점매출액은 매출누락으로 소득금액에 가산하여 종합소득세를 산출하고 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 감면하지 아니하고 종합소득세를 과세하였는 바, 청구인은 쟁점매입액이 실지거래에 의한 것이므로 필요경비로 인정하여야 하고 쟁점매출액중 과다계상된 960,000원은 감액되어야 하며 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용하여 종합소득세를 부과하여야 한다고 주장을 하고 있어 이에 대하여 본다.

(1) 처분청은 1996년 귀속의 종합소득세를 청구인이 청구외 (주)OOO우레탄으로부터 수취한 매입세금계산서 164,448,000원을 가공거래로 필요경비불산입하고 중소제조업등에 대한 특별세액감면 2,907,710원을 적용하여 84,858,490원을 고지하였고 1997년 귀속의 종합소득세는 청구외 (주)OOO우레탄으로부터 수취한 매입세금계산서 230,079,000원과 청구외 (주)OOO으로부터 수취한 매입세금계산서 263,346,600원을 가공거래로 보아 필요경비불산입하고 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용하지 않고 122,330,910원을 고지하였고 1998년 귀속의 종합소득세는 청구외 (주)OOO으로부터 수취한 매입세금계산서 216,684,800원을 가공거래로 보아 필요경비불산입하고 청구외 OOO건설(주)에 매출한 21,600,000원이 누락되었다고 하여 수입금액에 가산한 후 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용하지 않고 16,550,640원을 고지한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 청구인의 사업장 관할세무서인 수원세무서장이 쟁점매입액이 가공거래라 하여 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 경정결정한데 대하여 불복하여 2000.7.13. 심판청구를 하였으며, 우리국세심판원은 청구외 (주)OOO은 실물거래없이 가공으로 세금계산서만 발행하여 검찰에 고발된 자이고 청구인은 신발창불량품을 재생가공하는데 기술을 인정받아 청구외 (주)OOO우레탄으로부터 신발창불량품을 무상으로 공급받았기 때문에 세금계산서 수수사항이 아니라 하여 기각하였음이 심판결정문에 나타난다.

(3) 청구인은 1996～1998년 과세기간중 실물거래없이 청구외 (주)OOO우레탄으로부터 394,527,000원의 세금계산서를, 청구외 (주)OOO으로부터 480,031,400원의 세금계산서를 수취하여 부가가치세신고시 매입세액을 과다하게 공제하였음을 청구인이 1999.9.16 확인한 사실(확인서)이 처분청에 제시한 심리자료에 나타난다.

(4) 청구인의 불복청구에 대한 처분청의 이의신청결정문과 우리심판원의 심판결정문을 보면, 청구인은 신발밑창 제조시에 발생하는 불량품을 (주)OOO우레탄으로부터 무상으로 공급받아 이를 재생가공하여 폴리우레탄 고무판을 만들고 있고, 이러한 제조기술을 신기술로 인정받아 특허를 보유하고 있는 업체로서 관련제품을 생산하여 토목건축 공사현장에 방수용자재를 납품하고 있으며, 청구인이 우레탄신발창 제조업체들에게 폐기물처리비용 부담없이 산업폐기물(우레탄신발창 불량품)을 처리해 주는 것이어서 우레탄신발창을 청구인이 직접운반해 오면서 상대방으로부터 폐기물처리비용을 받거나 우레탄신발창 불량품의 대가를 지급하는 것도 없이 무상으로 공급받기 때문에 세금계산서를 수수할 사항이 없으며 실제로 청구외 (주)OOO우레탄 이외에는 우레탄신발창 불량품 매입세금계산서를 수취한 사실이 나타나지 아니한다고 확인을 하고 있으므로, 실물거래가 있더라도 대가의 지급이 없는 경우이므로 청구인이 1996～1997년도에 청구외 (주)OOO우레탄으로부터 수취한 세금계산서 394,527,000원은 필요경비로 계상을 할 수 없다고 인정된다.

(5) 의정부세무서장은 청구외 (주)OOO이 1999.5.28. 실물거래없이 수수료를 받고 청구인에게 세금계산서(공급가액 : 480,031,400원)를 교부한 사실을 확인하고 (주)OOO을 서울지방검찰청 의정부지청에 자료상으로 고발하고 그 과세자료를 처분청에 통보(총무 46830-1099, 1999.7.12)하였으며, 의정부세무서장의 조사내용에 의하면 (주)OOO의 장부에 청구인에게 제품을 판매한 사실이 전혀 없고 청구외 OOO의 알선으로 (주)OOO은 청구인으로부터 수수료 3%를 받고 실물거래없이 가공으로 세금계산서를 발행하였다는 사실을 확인하고 있으므로 청구인이 (주)OOO으로부터 수취한 세금계산서 480,031,400원은 가공거래로 인정된다.

(6) 또한 청구인은 1998년 1기 OOO건설에 4,500㎡(금액 21,600,000원)를 매출하고 세금계산서를 발행하지 아니하였고, 1998년 2기에 28,100㎡를 매출하고 세금계산서는 28,300㎡를 발행하였다고 1999.9.17. 처분청에 확인서를 제출한 바 있어 쟁점매출액중 1998년 1기 실제매출량 4,500㎡와 1998년 2기 실제매출량 28,100㎡의 합계 32,600㎡에 상당하는 금액 20,640,000원(쟁점매출액 21,600,000원 - 960,000원)이 매출누락된 것으로 인정된다.

(7) 끝으로 청구인의 사업이 중소제조업등에 대한 특별세액감면대상인지에 대하여 보면, 청구인이 하드콘 및 합성수지를 제조하는 제조업체이므로 전시 조세감면규제법 제7조에 의해 중소제조업에 대한 특별세액감면대상이라 할 것인 바, 처분청은 청구인이 1996년 귀속 종합소득세신고시 신고한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 2,907,710원은 감면하고 1997～1998년도에는 감면신청을 하지 않았다 하여 감면을 배제하였으나, 조세감면규제법 제7조 제3항에 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 감면받고자 하는 내국인은 감면을 신청하여야 한다고 규정하고 있으므로 원칙적으로 감면신청을 하여야 할 것이지만 감면신청을 하지 않는 경우에 감면대상에서 제외한다는 규정이 없을 뿐만 아니라 감면신청을 하여야 한다는 규정이 감면신청을 한 경우에만 감면을 적용한다는 강제규정으로도 볼 수 없으므로 청구인이 1997～1998년 귀속 종합소득세신고시 중소제조업등에 대한 특별세액감면신청을 하지 않았다 하더라도 감면요건이 충족되므로 세액을 감면하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(8) 위 사실관계를 종합해 보면 처분청이 쟁점매입액을 가공거래로 보아 필요경비불산입하고 쟁점매출누락중 세금계산서를 초과발행한 960,000원(200㎡)를 차감한 20,640,000원을 매출누락으로 보아 익금산입하고 1996～1998년도 종합소득세과세시 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 적용하여 종합소득세를 과세하여야 할 것으로 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다