가.청구법인은 OOOO OOO OOO OOO OOOO-O O OOO,OOOO(OO OO O OOOO OO)에 OOO 골프장인 OOO를 신설한 후 2008.8.29. 지목변경 따른 취득세 등을 신고 납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 등을 신고납부하면서 과세표준액에 포함하여야 할 OOO을 과세표준에서 누락한 것으로 보아 그 누락가액에 구「지방세법」(2008.9.26. 법률 제9133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 2011.10.10. 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.19. OOO에게 이의신청을 하였고, OOO는 2012.3.12. 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 과세표준 누락가액을 OOO으로 하여 산출된 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO으로 경정한다는 결정을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함된 매입세액 불공제분 부가가치세액 OOO은 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 한다.

(2) 청구법인의 계정별 원장(건설중인 자산)에 포함된 오수처리시설 설치비 OOO은 이 건 골프장내에서 배출된 오수를 처리하기 위한 기계장치를 설치하기 위한 비용으로 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함하는 것은 부당하다.

(3) 청구법인의 계정별 원장(건설중인 자산)에서 포함된 코스관리 용역비 OOO은 토지의 지목변경을 위하여 소요된 비용이 아닌 지목변경이 완료된 후의 유지보수에 지출된 용역비 성격이므로 지목변경 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 부가가치세법상의 납세의무자인 사업자로서 이 건 골프장 사업과 관련하여 부가가치세액을 거래징수 당하였다면 그와 같은 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 등 관계 규정에 따라 환급 받게 되어 청구법인 자신의 부담으로 귀속되지 아니하므로 이를 이 건 골프장의 취득에 소요된 실지 취득비용이라고는 할 수가 없다(같은 취지의 대법원 1999.9.3. 선고 97누2245 판결참조)고 할 것이므로 건설중인 자산 계정에서 처리하지 아니하고 이 건 골프장 건설공사와 관련하여 용역 등을 제공한 사업자로부터 교부받은 세금계산서상 부가가치세는 과세표준에 포함되어야 한다.

(2) 청구법인의 계정별 원장(건설중인자산)에 포함된 오수처리장 공사비는 오수관로시설공사는 급배수시설로서 취득세 과세대상이나 오수정화조는 지방세법상 열거되어 있는 시설물에 해당하지 아니하므로 과세대상이 되지 않는다고 하겠으나, 청구법인의 오수처리장에 대한 구체적인 증빙이 없어 구분하여 제외하기 어렵다(행정안전부 지방세정팀-5266, 2007.12.10. 참조)

(3) 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용이므로 청구법인이 해림골프건설에게 지급한 코스용역비는 지목변경 취득세 과세표준에 포함되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

지목변경 취득세 과세표준에 부가가치세, 오수처리시설 설치비, 코스관리 용역비가 포함되는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) OOO가 2008.9.9. 청구법인에게 보낸 고령 OOO 체육시설OOO 조건부 등록 문서(체육진흥과-3683)에 의하면 청구법인은 OOO 등 385,623㎡상에 OOO을 신설하고 OOO로부터 2008.9.9. 조건부 등록을 받은 것으로 기록되어 있다.

(나) 청구법인은 2008.8.29. OOO 일원 토지를 취득하여 OOO 신설한 후 지목변경 등에 대한 취득세 등을 신고 납부하였다.

(다) 처분청은 청구법인이 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 등을 신고납부하면서 과세표준액에 포함하여야 할 OOO을 과세표준에서 누락한 것으로 보아 취득세 등 OOO을 2011.10.10. 부과고지 하였다.

(라) 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.19. OOO에게 이의신청을 하였고, OOO는 2012.3.12. 위의 부과처분을 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO으로 경정한다는 결정을 하였다.

(마) 청구법인의 계정별 원장(건설중인 자산), 공급가 부가가치세 구분표, 계정별원장(부가가치세 대급금) 및 매입장 등에 의하면 청구법인은 2006.12.4.부터 2008.8.29까지 이 건 골프장 신설과 관련하여 용역, 장비사용, 물품 등을 구입하고 대금을 지급하면서 부가가치세 OOO을 지급한 것으로 기재되어 있다.

(바) 청구법인이 세무서장에게 신고한 부가가치세 신고서에 의하면 2007년도 1기(1.1.～3.31.) 예정신고시 공제받지 못한 매입세액 OOO, 2007년도 1기(4.1.～6.30.) 확정신고시 공제받지 못한 매입세액 OOO, 2007년도 2기(7.1～9.30.) 예정신고시 공제받지 못한 매입세액 OOO, 2007년도 2기(10.1～12.31.) 확정신고시 공제받지 못한 매입세액 OOO, 2008년도 1기(1.1～3.31.) 예정신고시 공제받지 못한 매입세액 OOO, 2008년도 1기(4.1.～6.30.) 확정신고시 공제받지 못한 매입세액 OOO이 기재되어 있다.

(사) 청구법인은 매입 부가가치세 OOO 중 토지의 자본적 지출과 관련된 매입세액 불공제분 부가가치세 OOO을 이 건 골프장의 지목변경 취득세 과세표준에 포함하여 과세하였다고 주장하고 있다.

(아) 청구법인이 2007년 11월 처분청에 신고한 오수처리시설 변경신고서에 의하면 청구법인은 착공예정일 2007년 준공예정일 2007년으로 하고, 처리용량 140㎡/일로 하여 오수처리시설 변경 신고를 한 것으로 기재되어 있다.

(자)오수처리시설의 시공사인 ㈜OOO이 작성하고 청구법인이제출한 OOO 오수처리시설공사 도면 등에 의하면 청구법인은 지하에 가로 9.5미터 세로 7.5미터 높이 3.4미터의 하수처리시설용 구조물을 신축하고, 그 내부에 하수처리장을 건설하는 것으로 되어 있다.

(차) 청구법인이 제출한 총괄공사 원가계산서에 의하면 청구법인은 오수처리공사를 위하여 재료비 OOO, 노무비 OOO, 기계경비·산재보험료·고용보험료 등 각종 경비 OOO 등 OOO을 지출한 것으로 기재되어 있다.

(카) 처분청이 제출한 오수처리시설의 사진에 의하면 이 건 오수처리시설은 지하에 건물을 신축하고 그 건물안에 오수처리장치를 설치한 것이 확인된다.

(타) 청구법인과 OOO 간 2008.2.28. 체결된 코스유지관리 계약서에 의하면 계약기간은 2008.3.1.부터 2010.2.28.까지로, 계약금액은 OOO으로, 용역의 범위는 지급장비의 운용 및 정비 유지 관리, 관수, 배토, 농약살포, 시비, 수목 관리, 잔디보식 및 유지관리 등으로 기재되어 있다.

(파) 청구법인의 계정별원장(건설중인 자산)에 의하면 청구법인이 지급한 코스관리용역비 OOO은 청구법인이 2008.9.20.까지 OOO에게 지급한 금액인 것으로 확인된다.

(2) 구 「지방세법」 제105조 제5항의 규정에 의하면 선박·차량과 기계장비의 종류의 변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 이를 취득으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 제111조 제3항의 규정에 의하면 건축물을 건축(신축 및 재축을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박·차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제111조 제5항의 규정에 의하면 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하면서 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득을 규정하고 있다.

또한, 구 「지방세법 시행령」(2008.9.18. 대통령령 제21019호로 개정되기 전의 것) 제73조 제8항의 규정에 의하면 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날(사실상 변경된 날이 불분명한 경우에는 공부상 지목이 변경된 날을 말한다)에 취득한 것으로 보되, 이 경우 지목변경일 이전에 임시로 사용하는 부분에 대하여는 사실상 사용한 날에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조의 규정에 의하면 법 제111조 제3항의 규정에 의한 토지의 지목변경으로 인하여 증가한 가액은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 하여 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 결정·공시되어 있는 개별공시지가를 말한다)과 지목변경후의 시가표준액(지목변경후의 개별공시지가가 결정·공시되지 아니한 때에는 지방자치단체의 장이 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 지방자치단체의 장이 산정한 가액을 말한다)의 차액으로 하되 다만, 제82조의2의 규정에 의한 판결문·법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항의 규정에 의하면 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 위의 규정을 종합하여 볼 때 법인이 토지의 지목을 변경한 경우 지목변경 취득세 과세표준은 당해 법인이 지목변경일까지 토지의 지목변경을 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직·간접비용의 일체가 되는 것이나, 지목변경 공사·용역 등을 하면서 타인에게 지급한 부가가치세 등은 지목변경 취득세 등의 과세표준에서 제외되는 것으로 보는 것이 타당하다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청이 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함한 금액 중 청구법인이 부가가치세라고 주장하는 부분은 처분청이 청구법인의 건설중인 자산계정 중 토지의 지목변경과 관련된 금액을 기준으로 지목변경 취득세 등의 과세표준 누락가액을 산정하였고, 청구법인의 건설중인 자산계정에 기재된 지목변경을 위한 공사비 등은 대부분 부가가치세를 납부하여야할 대상이며, 처분청은 이 건 토지의 지목변경공사와 관련하여 용역 등을 제공한 사업자로부터 교부받은 세금계산서상 부가가치세는 과세표준에 포함되어야 한다고 주장하고 있는 사실 등에 비추어 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보이나 그 금액이 얼마인지는 불분명하므로 처분청은 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 과세표준에 부가가치세가 포함되어 있는지, 그 금액이 얼마인지를 재조사하고, 부가가치세가 포함되어 있는 경우 그 금액을 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 과세표준에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(나) 처분청은 이 건 오수처리시설 설치비 OOO을 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함하였으나, 처분청 및 청구법인이 제출한 오수처리시설 공사 도면, 사진 등에 의하면 이 건 오수처리시설은 지하에 가로 9.5미터 세로 7.5미터 높이 3.4미터의 오수처리시설용 구조물을 신축하고, 그 내부에 오수처리시설용 기계 등을 설치한 것이 확인되고 있고, 이 건 오수처리시설용 구조물은 기둥과 벽과 지붕이 있는 것으로서 지방세법상 건축물에 해당되는 것으로 판단되므로 이 건 오수처리시설의 건축비 등은 추후 처분청이 건축물로서 취득세 등을 과세할 수 있는 것은 별론으로 하더라도 이 건 토지의 지목변경을 위하여 소요된 비용으로는 볼 수 없다고 판단된다.

(다) 청구법인은 코스관리용역비 OOO은 지목변경 후에 지출된 비용으로 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함될 수 없다고 주장하고 있으나, 이 건 토지는 2008.9.9. OOO가 체육시설OOO으로 조건부 등록을 함으로써 토지의 지목이 변경된 것으로 보이고, 청구법인은 2008.2.28. OOO과 코스유지관리계약을 체결하면서 계약기간을 2008.3.1.부터 2010.2.28까지로 하고 계약금액을 OOO으로 하여 코스유지관리계약을 체결하였으며, 청구법인의 계정별원장(건설중인 자산)에 의하면 청구법인 지급한 코스관리용역비 OOO은 청구법인이 2008.9.20.이전에 OOO에게 지급한 금액인 것이 확인되므로 이 건 코스관리 용역비는 이 건 토지의 지목변경 이전에 지목변경을 위하여 지급하여 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함된다고 보는 것이 타당하다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.