청구법인은 OOOOOO건설공단법(1991.12.27 제정)에 의해 OOOO건설을 목적으로 설립된 비영리무자본특수법인으로서 1994년 제2기 과세기간중 OOOO건설과 관련하여 건설회사 등으로부터 교부받은 세금계산서상의 매입세액 21,657,016,729원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하여 환급 받았다.

처분청은 청구법인이 공급하는 재화 등이 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의한 국가 등에 무상으로 공급하는 재화로서 부가가치세 면제대상으로 보고, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 1999.8.9 쟁점매입세액중 청구법인에게 환급할 1998년귀속 법인세 환급금 8,505,373,290원과 환급가산금 109,719,310원 합계 8,615,092,600원에 상당하는 쟁점매입세액을 1999.6.10 불공제하여 경정하였다. 한편, 처분청은 위 금액 합계 8,627,850,650원을 청구법인에게 환급하지 아니하고 1999.6.12 8,615,092,600원을, 199.6.21 12,578,050원을 쟁점매입세액을 불공제한 위 고지세액에 충당한 후 이를 청구법인에게 각각 통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.9.8 이의신청과 2000.1.5 심사청구를 거쳐 2000.5.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 OOOO 완공후 OOOOOO 건설공단법 제18조에 의하여 자산과 부채를 일괄적으로 철도청에 승계시키는 것으로 되어 있는데, 이는 철도청이 재화(자산)를 공급받는 조건으로 재화를 공급받는 자의 경제적 희생 내지 대가에 해당하는 부채까지도 인수하는 것이어서 대가관계가 있는 유상공급에 해당되므로 쟁점매입세액은 공제(환급)되어야 한다.

나. 국세청장 의견

청구법인이 수행하는 OOOO건설사업은 사실상 정부업무를 대행하는 것으로 볼 수 있고, OOOO건설이 완료되는 시점에서 동 건설사업과 관련된 자산과 부채를 그 가액에 관계없이 법률의 규정에 의하여 국가(철도청)에 포괄적으로 승계하는 행위를 가지고 대가관계가 있다고 볼 수는 없으므로(같은 뜻, 재정경제원 소비 46015-263, 1997.8.29, 국심 99서1700, 1999.12.31) 청구법인이 공급하는 재화 등이 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의한 면세대상이라는 이유로 쟁점매입세액을 불공제하여 경정 고지하고 청구법인에게 환급할 1998년 귀속 법인세 및 환급가산금을 동 고지세액에 충당한 당초처분은 달리 잘못이 없다

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 OOOO건설과 관련하여 교부받은 세금계산서상의 쟁점매입세액을 공제하여줄 수 있는지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제6조 제1항에서 『재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다』고 규정하고 있고, 같은법 제12조 제1항에서 『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다』고 규정하고, 그 제18호에서 『국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역』이라고 규정하고 있다.

한편, 부가가치세법 제17조 제1항에서 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고, 그 제4호에서 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액』이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOOOOO건설공단법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 OOOO건설 및 기술연구 등을 목적으로 1992.3.19 사업을 개시하여 현재 서울～부산간의 OOOO건설사업을 수행중에 있는 바, 사업비조달계획을 보면 OOOO건설에 소요되는 총사업비 18조 4,358억원 중 정부의 재정지원이 45%, 청구법인의 자체조달이 55%로 되어 있어 사업비의 많은 부분을 정부로부터 지원받고 있음을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 OOOO건설사업을 2단계로 나누어 수행할 예정인데, 1단계사업은 1992년～2004년 기간중에, 2단계사업은 2004년～2010년 기간중에 각각 건설할 계획으로 있으며, 동 건설사업이 종료된 후에는 OOOOOO 건설공단법 제18조 제1항의 규정에 의하여 청구법인이 OOOO건설과 관련하여 취득한 자산과 그에 따른 부채를 철도청에 포괄적으로 승계하는 것으로 되어 있는 바, 동 규정내용을 구체적으로 보면 『철도청은 제7조의 규정에 의하여 공단이 건설한 OOOO와 OOOO의 역세권 및 OOOO 연변의 개발사업 등과 관련하여 취득한 재산·시설 및 운영에 관한 권리(이하 “자산”이라 한다)와 당해 자산과 관련된 채무 등의 의무(이하 “부채”라 한다)를 각 사업이 종료되는 때에 이를 포괄하여 승계한다. 다만, 철도청의 업무에 직접 필요하지 아니한 자산은 대통령령이 정하는 바에 따라 국가에 귀속된다』고 규정하고 있고, 자산·부채의 승계과정에서 자산이 부채를 초과하거나 부채가 자산을 초과하는 경우 별도로 정산하는 규정 등은 두고 있지 않다.

이와 같이 청구법인이 OOOO를 건설한 후 여객운송 등의 사업운영은 청구법인이 직접 하는 것이 아니고 국가기관인 철도청이 청구법인으로부터 자산 및 부채를 그대로 승계받아 운영하는 것임이 확인된다.

(3) 청구법인이 환급신고한 쟁점매입세액을 처분청이 환급거부한 이유와 청구주장 등에 대하여 보면, 위에서 본 바와 같이 청구법인이 OOOO건설을 완료한 후 자산 및 부채를 철도청에 포괄적으로 승계하는 것을 국가에 재화 등을 대가관계 없이 무상공급하는 경우로 보고 이러한 경우 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의한 면세사업에 해당된다고 하여 처분청이 환급을 거부한 것이며, 이에 반하여 청구법인은 철도청이 청구법인으로부터 자산을 승계받을 뿐만 아니라 부채까지도 승계받는 것이므로 이를 대가성이 있는 유상공급으로 보아야 한다는 주장인 바,

(4) 대가관계란 자기의 재산·노무 등을 타인에게 이용시키거나 제공하여 그에 대한 보수로서 취득하는 재산상의 이익이 있는 경우, 즉 거래당사자간에 자기의 것을 제공할 의무가 법률적으로 서로 대응하는 관계를 가지는 것이라 할 것인데, 이 건의 경우는 청구법인이 OOOO를 건설만 하고, 여객운송 등 철도사업은 국가기관인 철도청에서 운영하기 위해서 OOOO건설이 완료된 시점에서 법률의 규정에 의하여 청구법인의 자산 및 부채를 그대로 철도청에 승계시키는 것이며, 동 승계절차 과정에서 자산이 부채를 초과하거나 부채가 자산을 초과하는 경우 별도의 정산절차도 없는 점으로 미루어 볼 때, 이와 같은 거래를 가지고 대가관계가 있다고 보기는 어렵다.

위 사실을 종합하여 보면, 청구법인이 수행하는 OOOO건설사업은 사실상 정부업무를 대행하는 것으로 볼 수 있고, OOOO건설이 완료되는 시점에서 동 건설사업과 관련된 자산과 부채를 그 가액에 관계없이 법률의 규정에 의하여 국가(철도청)에 포괄적으로 승계하는 행위를 가지고 대가관계가 있다고 볼 수는 없으므로(국심 99서1700. 99.12.13등. 재정경제원 소비 46015-263, 1997.8.29 같은뜻), 청구법인이 공급하는 재화 등이 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의한 면세대상이라는 이유로 쟁점매입세액을 환급거부한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.