가. 청구법인은 OOO본점소재지를 OOO(이하 “OOO지점”이라 한다)에서 OOO(이하 “OOO본점”이라 한다)으로 이전하였으며, 청구법인의 거래처인OOO지점 명의로 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였으나, 청구법인은 OOO 예정분 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서상의 매입세액을 OOO본점의 매입세액으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 OOO지점에서 공제하였어야 할 쟁점매입세금서상의 매입세액을 OOO본점에서 잘못 공제한 것으로 판단하여 매입세액 불공제 및 일반과소신고가산세를 적용하여 OOO 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 OOO원(일반과소신고가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 일반과소신고가산세 부과는 부당하다며 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「부가가치세법 시행령」제60조 제1항 제1의4호에 ‘법 제16조에 따라 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우’ 매입세액공제를 허용하고 있으므로 동일한 취지에서 일반과소신고가산세 부과는 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

「부가가치세법 시행령」제60조 제1항 제1의4호 규정은 세금계산서는 정당하게 교부받았으나 세금계산서서합계표 작성시 착오로거래처등록번호가 사실과 다르게 기재되었을 때 적용되는 것으로, OOO본점 거래분을 본점명의로 세금계산서를 교부받은 사실이 없는 이 건에는 적용할 수 없으며, OOO지점 또한 거래사실 없이 교부받은 세금계산서로 매입세액 공제받을 수 없고(이 건은 고충민원을 통해 매입세액 공제), 총괄납부사업자가 지점매입분을 본점매입분으로 잘못 신고한 것이 확인되어 경정하는 경우 납부·환급불성실가산세를 적용하지 아니하나 일반과소신고가산세는 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOO본점 매입분임에도 OOO지점 명의로 세금계산서를 받은 다음 OOO본점 매입분으로 부가가치세를 신고한 것에 대하여 매입세액 불공제 및 일반과소신고가산세를 포함하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2010.1.27. 대통령령 제22003호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】① 법 제17조 제2항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1의4. 법 제16조에 따라 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조에 따라 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하여 확인되는 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은OOO 본점 소재지를 OOO지점에서 OOO본점으로 이전하였고, OOO 기존 본점을 OOO지점으로 사업자등록(OOO지점에 대한 폐업신고)을 하였으며, 처분청은OOO 청구법인에 대하여 2009년 제2기분부터 적용되는 부가가치세 총괄납부를 승인(OOO지점 폐업에 따라 OOO 종료)하였다.

(나) OOO 공급받는 자를 OOO지점으로 하여 쟁점세금계산서를 발행하였는데 쟁점세금계산서를 수취한 청구법인은 2009년 제2기 예정분 부가가치세 신고시 매입세액을 OOO지점이 아닌 OOO지점의 매입세액으로 신고하였고, 처분청은 청구법인이 OOO지점에서 공제하였어야 할 매입세액을 OOO본점에서 잘못 공제한 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 2009년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지(일반과소신고가산세 포함)하였으며, 이후 처분청은 청구법인의 고충민원을 받아들여 일반과소신고가산세를 제외한 매입세액 불공제 처분은 이를 공제하는 것으로 하였으나 청구법인은 일반과소신고가산세 역시 취소하여야 한다며 심판청구를 제기하였다.

(다) 국세청 부가가치세 집행기준 22-0-19【총괄납부사업자에 대한 가산세 적용】③은 ‘총괄납부사업자가 지점 매입분을 본점 매입분으로 또는 본점 매출분을 지점 매출분으로 잘못 신고한 것이 확인되어 경정하는 경우 과소신고에 따른 가산세를 적용하나, 납부·환급불성실가산세를 적용하지 아니한다’고 정하고 있다.

(2) 청구법인은 「부가가치세법」제60조 제1항 제1의4호에서 허용하고 있는 매입세액공제의 취지와 동일선상에서 일반과소신고가산세를 취소하여야 한다며 아래와 같이 주장한다.

(가) 청구법인은 OOO에 있던 제조설비를 이전하여 OOO부터 전 공정의 OOO에서 제조·판매하던 중 OOO본점에서 OOO으로부터 OOO 반제품을 매입하는 과정에서 OOO은 세금계산서를 OOO지점 사업자등록번호로 발행하였고, 청구법인의 담당자도 당연히 OOO본점의 사업자등록번호로 세금계산서가 발행되었을 것으로 착각하여 OOO본점의 매입처별세금계산서합계표에 합산하여 부가가치세 신고를 하였으며, 이에 대하여 처분청은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 일반과소신고가산세를 적용하여 과세하였으며 이후 처분청은 청구법인의 고충민원신청을 통해 매입세액은 공제받았으나 일반과소신고가산세는 부과하였다.

(나) 청구법인의 담당자가 매입세금계산서 수취 당시 잘못된 세금계산서를 정정수취하여 부가가치세를 신고하였어야 하나 OOO에서도 OOO본점에 납품한 것을 착오로 OOO지점 세금계산서를 발행한 것으로 판단되는바, 「부가가치세법 시행령」제60조 제1항 제1의4호에서 ‘법 제16조에 따라 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우’ 매입세액 공제를 허용하고 있으므로 같은 취지로 일반과소신고가산세를 취소하여야 한다.

(3) 처분청은 청구법인의 고충민원을 받아들여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하였으나 아래의 사유로 일반과소신고가산세 부과는 정당하다는 의견이다.

(가) 청구법인은 총괄납부사업자로 OOO본점에서 반제품을 매입하고 세금계산서는 지점에서 수취한 후 OOO본점에서 매입처별세금계산서에 합산하여 신고하여 매입세액 공제받은 경우로 이는 「부가가치세법 시행령」제60조 제1항 제1의4호에 의하여 OOO본점의 매입세액공제가 정당하다고 주장하나, OOO본점 거래분에 대하여 OOO지점 명의로 세금계산서 교부받은 사실에 대하여 청구법인의 착오에 의한 수취 주장은 세무처리상 미숙함을 사후에 발견하였다는 의미일 뿐 세금계산서를 수취할 당시 객관적으로 존재하는 사실과 인식한 사실의 불일치라는 의미에서의 착오가 있었다고 볼 수 없다.

(나) 또한, 청구법인이 주장하는 「부가가치세법 시행령」제60조 제1항 제1의4호 규정의 경우 세금계산서는 정당하게 교부받았으나 세금계산서합계표 작성시 착오로 거래처등록번호가 사실과 다르게 기재되었을 때 적용되는 것으로, 이 건의 경우 본점 거래분을 OOO본점 명의로 세금계산서를 교부받은 사실이 없어 당해 규정을 적용할 수 없고, OOO지점 또한 거래사실 없이 교부받은 세금계산서로 매입세액 공제받을 수 없음에도 청구법인의 고충민원을 받아들여 매입세액을 공제하였던 것이므로, 부가가치세 집행기준 OOO에 의하여 과소신고에 따른 가산세를 적용하여야 한다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 「부가가치세법 시행령」제60조 제1항 제1의4호에 의하여 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우 매입세액공제를 허용하고 있으므로 동일한 취지에서 일반과소신고가산세 부과는 취소하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 OOO지점 명의로 발급된 세금계산서에 대하여 수정신고를 하였어야 함에도 착오로 이를 OOO본점의 매입세액으로 신고하여 매입세액을 불공제함이 타당함에도 실질적으로 매입세액이 과다하게 신고되지 아니하였기에 처분청이 청구법인의 고충을 받아들여 매입세액을 공제한 것으로 보이는바, 청구법인이 OOO본점 매입분임에도 OOO지점 명의로 세금계산서를 받은 다음 OOO본점 매입분으로 부가가치세를 신고한 것에 대하여 처분청이 일반과소신고가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.