청구법인은 1991.4.2 개업한 이래 종합건설업을 영위하고 있는 법인으로, 김OO(OO O OOOO)으로부터 2001년 제1기 및 제2기 중 아래 표와 같이 공급가액 24,087천원 상당의 세금계산서 5매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액을 공제하고, 매입액을 손금산입하여 당해 과세기간의 부가가치세 및 법인세신고를 하였다.

(OO O O)

처분청은 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여, 2005.10.13 청구법인에게 2001년 제1기분 부가가치세 2,065,240원, 2001년 제2기분 부가가치세 2,315,430원 및 2001사업연도분 법인세 12,448,900원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.1.3 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO OOO에서 1991.4.2 개업한 이래 건실한 건설업체로서 한번도 국세 등을 체납한 사실도 없이 성실하게 사업을 영위해 오고 있으며, 쟁점세금계산서상의 거래는 청구법인의 건설공사현장에서는 필수적으로 사용되어야 하나 청구법인이 보유하지 아니하거나 불가피한 중장비임차로 인한 거래이며, 쟁점세금계산서와 유사한 사례를 수 차례 겪었던 터라 중기사용 등에 있어서는 그 대금 지급시 현금결제를 지양하고 무통장입금이나 어음으로 결제를 하고 있는 바, 이 건도 그 대금의 일부는 무통장입금하였고 대부분은 청구법인이 발행한 약속어음을 지급하여 그 내역이 구체적으로 나타나고, 청구법인은 이 건 거래와 관련하여 선관주의의무를 다하였으며, 처분청이 이 건 거래에 대한 실지조사도 하지 아니하고 김OO이 자료상혐의자로 고발되었다는 사유만으로 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 부가가치세와 법인세를 과세한 것은 사실거래관계를 왜곡한 것에 기인하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인의 매입처 김OO(OO O OOOO)은 OO세무서장의 세무조사결과 자료상으로 판명되어 고발되었으며, OOOO의 실지사업자였던 이OO(OO OOOO OO)은 세무조사시 ‘가공매출을 구분하는 방법은 세금계산서를 보면 실제 매출은 처 김OO의 인감증명상의 크고 동그란 도장이고 가공매출은 막도장이 찍힌 것이다’라고 진술하였고, ‘세금계산서합계표상의 불부합 금액은 가공세금계산서 발행분이다’라고 진술한 사실이 있는 바, 청구법인이 제출한 소명서상의 세금계산서 사본에는 막도장이 찍혀 있고 세금계산서합계표상에서도 불부합으로 나타나고, 청구법인이 제시한 약속어음도 그 이면을 확인할 수 없어 실제 대금지급을 위하여 지급한 것인지 여부를 알 수 없는 점 등을 볼 때 쟁점세금계산서는 가공으로 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 가공으로 보아 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 부가가치세와 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2001년 제1기 및 제2기 과세기간 중 김OO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제하고 매입액을 손금산입하여 부가가치세와 법인세를 신고한 데 대하여 처분청은 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 이 건 부가가치세와 법인세를 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) OO세무서장이 2002년8월 김OO에 대하여 조사한 내용을 보면, 상호는 OOOO, 사업장 소재지는 OOOOO OOO OOO OOOOO, 대표자는 김OO, 업종은 건설업(건설기계 대여), 1995.10.18 개업하여 2002.11.25 폐업(세무서장이 직권으로 폐업처리하였음)하였으며, 2001년 제1기중 247,333천원의 세금계산서불부합자료가 발생하여 조사하였고, 조사결과 김OO이 1999년 제1기부터 2002년 제1기까지 총 1,180백만원 상당의 허위의 세금계산서를 수수하였다 하여 조세범처벌법 제11조의 2에 의하여 2002.11.20 김OO과 실지 행위를 한 남편 이OO을 OOOOOOO에 고발하고 관련자료를 관할세무서장에게 과세자료로 활용하도록 통보한 것으로 되어있고, 조사과정에서 이OO은 본인이 금융기관 부채 및 체납액이 있어 처 김OO의 명의로 사업자등록을 하였으며, OOOO 주식회사에 지입으로 소속되어 있으면서 OO시내 소재 OOOO에서 배차하여 주면 본인이 건설현장에서 포크레인으로 작업(통상 임대라고 함)하고 장비임대료를 받았으며, 세금계산서를 보면 실제매출은 처 김OO의 인감증명상의 동그란 도장이 찍혀있고 가공매출은 막도장이 찍혀 있으며, 가공매출세금계산서는 황사무장(이름 불명)이라는 사람이 발행하였다고 진술한 것으로 되어있다.

(3) 청구법인은 상당한 규모의 건설업체(2000사업연도 수입금액 1,348억원, 2001사업연도 2,060억원)로 한번도 국세를 체납한 사실 없이 사업을 영위해 오고 있으며, 과거에 쟁점세금계산서와 유사한 사례를 수 차례 겪었던 터라 중기사용 등에 있어서는 현금결제를 지양하고 무통장입금이나 어음으로 결제를 하고 공급자에 대하여 사업자등록상황을 확인하는 등 선관주의의무를 다하고 있는 바, 이 건 쟁점세금계산서상의 거래는 김OO과 실제로 이루어졌다고 주장하면서, 무통장입급증, 입금표, 거래처원장, 전표철 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점세금계산서의 거래는 모델하우스 및 분양사무실 신축공사현장과 OOO 소재 OOOOOO 신축공사현장에서 김OO과 거래를 한 것이며 2000.1.5 교부분 공급가액 1,360천원은 2001.1.31 신축공사현장 인근에 소재한 OOOO(OOOOO)에서 1,496천원을 공급자인 김OO 명의의 예금계좌(OO OOOOOOOOOOOOO)에 무통장입금하였고, 나머지 교부분은 청구법인이 약속어음을 발행하여 지급하였다고 주장하는 바, 그 내역은 아래 표와 같고 이러한 사실은 무통장입금증, 약속어음 사본, 분개전표, 거래처원장 등에 의하여 확인된다.

(OO O O)

(4) 살피건대, OOOO의 사업자등록 명의자는 김OO이나 남편인 이OO이 OOO OOO를 근거지로 하여 중기를 소유하고 사업을 영위하면서 일부는 정당하게 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고하여 100% 자료상이 아닌 것으로 나타나 김OO으로부터 교부받은 세금계산서를 전부 가공으로 보는 것은 타당하지 아니하고, OO세무서장은 이OO의 진술을 근거로 쟁점세금계산서상의 거래사실에 대하여는 확인도 하지 아니하고 가공이라고 과세자료를 통보하고, 처분청도 단순히 통보된 과세자료만을 근거로 쟁점세금계산서상의 거래를 자료상혐의자로 고발된 자와의 거래라 하여 가공세금계산서로 보아 과세하였으며, 청구법인의 사업규모, 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하면 그 거래사실, 대금지급사실이 확인되고 그 증빙서류 또한 신빙성이 있어 보이므로 쟁점세금계산서상의 거래는 실제로 있었던 것으로 판단된다. 또한, 이건 조사과정에서 OOOO의 실제운영자가 김OO의 남편인 이OO으로 밝혀졌으나, 청구법인은 당초부터 OOOO의 사업자등록증을 확인하는 등 주의의무를 다하여 거래에 따른 세금계산서를 교부받고 그 대금을 지급한 것으로 판단되므로 이러한 경우까지 청구법인에게 불이익한 처분을 할 수는 없다 할 것이다.

따라서, 쟁점세금계산서를 가공으로 보아 이 건 부가가치세와 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다