처분청은 청구인이 1996.4.4. ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ로ㅇㅇ가ㅇㅇ번지토지 568.9㎡ 및 그 지상건축물 6,201.83㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득·등기한 후, 1996.4.6. 사업자등록을 필하고, 지하 2층의 일부와 지상 3,4층의 일부(이하 “이 사건 사무소”라 한다)에 인적·물적 설비를 갖춘 후 부동산 임대업을 영위하고 있으므로 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아, 그 취득가액(13,500,000,000원)에 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 1,944,000,000원, 교육세 356,400,000원, 합계 2,300,400,000원(가산세 포함)을 2001.3.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 사립학교법에 의하여 설립된 비영리학교법인으로서, 첫째, 부동산 임대소득을 교육사업에 충당하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 임대 운영하여 오다가 1999.4.1.부터 공실(302호실)이 발생하여 이를 ㅇㅇ대학에 임대하여 ㅇㅇ대학에서 학생유치활동 및 입시원서 접수처로 사용하였으므로 등록세가 비과세 되어야 함에도 비과세 사업장을 지점으로 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하고,

둘째, 등록세 중과대상인 지점으로 보기 위해서는 부가가치세법 등에 의한 사업자등록을 하고, 인적·물적설비를 갖추고 대외적인 거래업무를 영위해야 할 것인데, 청구인의 경우 부동산 임대사업을 영위하고 있으나, 지점을 둘 필요가 없어 영선, 전기 등 관리에 필요한 최소한의 인원만 두고 있을 뿐, 대외적인 거래업무를 처리할 직원을 두고 있지 아니하므로, 구 지방세법시행규칙 제55조의2에서 규정하고 있는 인적시설을 갖춘 것으로 볼 수 없는데도 지점으로 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내에 지점을 설치한 것으로 보아 등록세를 중과세한 처분에 잘못이 있는지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제127조제1항제1호, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제79조제1항제2호 및 제94조제1항에서 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과하도록 규정하고 있으며, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세 하도록 규정하고, 구 지방세법시행령 제102조제2항에서 「법인의 설립과 지점 또는 분사무소 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기」라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제55조의2에서 “사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 ㅇㅇ대학교, ㅇㅇ대학, ㅇㅇ고등학교, ㅇㅇ여자고등학교, ㅇㅇ대학부속유치원을 설치 경영하고 있는 학교법인으로서, 수익사업에 사용할 목적으로 1996.4.1. 이 사건 부동산을 취득하고 1996.4.4. 소유권이전등기를 한 후 1996.4.6. 사업자등록(업태 및 종목 : 부동산 임대)을 하고,청구인의 직원들(,1997년 8명, 1998년 5명, 2000년 5명)이 상주하고 있었고, 이 사건 부동산중 3층 302호를 1997년도에는 1년간 (주)ㅇㅇ에 임대하였다가 1999.3.29. 청구인의 소속 교육기관인 ㅇㅇ대학과 임대차계약을 체결하여 사용토록 하였으며, 2001.2.1.에는 301호 및 404호를 추가로 ㅇㅇ대학교와 임대차 계약을 체결하여 사용토록 하였고, 처분청의 서면조사시 이 사건 사무소에 청구인의 직원 6명(상근이사ㅇㅇㅇ, 관리팀장ㅇㅇㅇ, 과장ㅇㅇㅇ, 계장ㅇㅇㅇ, 직원ㅇㅇㅇ,ㅇㅇㅇ)이 이 사건 사무소에서 상시 근무를 하면서 대외적인 거래업무(수익사업 및 빌딩 관리업무 등)를 수행하고 있다는 서면을 제출함에 따라 처분청은 이를 분사무소를 설치한 것으로 보아 등록세를 중과세한 사실을 관계자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구인이 1996.4.6. 부동산임대업을 영위하기 위한 사업자등록을 하였으나 단순한 부동산임대업을 영위하고 있을 뿐, 인적·물적 설비를 갖춘 사무소를 설치하고 있지 아니하므로 등록세를 중과세 대상이 아니라고 보아 등록세를 중과세하지 아니하고 있다가, 1999.3.29.과 2001.2.1.에 ㅇㅇ대학 및 ㅇㅇ대학교가 310호, 302호 및 404호에 사무실을 설치하자 이 사건 부동산을 분사무소 설치 이전에 취득한 부동산의 등기로 보아 등록세를 중과세하였지만, 청구인은 당초 수익사업인 임대사업에 사용할 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 지하 2층에 단순한 관리사무실만 둔 채 임대사업을 영위하다가, 부동산 취득일로부터 3년이 경과할 무렵 소속 교육기관인 ㅇㅇ대학 및 ㅇㅇ대학교와 임대차 계약을 체결하고 301호, 301호 및 404호를 사용토록 하였으나, ㅇㅇ대학과 ㅇㅇ대학교는 학교가 지방에 위치한 관계로 학생 모집, 입시원서 접수처 등 교육용으로 사용할 목적으로 임차료를 지급하고 임차한 것으로서, 청구인이 당초 수익사업인 임대업을 영위하기 위한 사무소를 설치하지 아니하고 있다가 부동산 취득일로부터 3년이 경과할 무렵 ㅇㅇ대학이 학교의 입시원서 접수 등을 목적으로 이 사건부동산의 일부분을 임차하여 사무실로 사용하고 있다 하더라도, 이러한 사무소가 임대업을 영위하기 위하여 설치한 사무소라기 보다는 학교의 연락사무소로서의 성격을 가지고 있는 사무실로 봄이 타당하다 할 것이므로, 부동산 취득 이후에 이러한 사무실을 설치하였다 하여 당해 부동산을 대도시내 분사무소의 설치 이전에 취득한 부동산으로 보아 등록세를 중과세할 수는 없는 것이라 하겠다(대법원판결 1989.1.31. 87누556, 1995.4.28. 94누11804 참조) .

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 12. 17.

행 정 자 치 부 장 관