가. 청구인은 2010년도에 OOO외 1필지에 2종 근린생활시설(지상 1층 330㎡, 2층 330㎡ 합계 660㎡로, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하면서 2010.6.1.을 개업일자로 하여 부동산임대업으로 사업자등록하고, 2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 주식회사 OOO철강 등 6개 공사업자로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 한OOO(상호는 OOO설비) 등 12개 공사업자(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 시설투자에 대한 조기환급신고를 하여 OOO원 및 OOO원을 환급받았다.

나. 처분청은 당초 청구인이 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 청구외 김OOO에게 쟁점건물의 신축공사를 도급한 것으로 보아 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한다고 과세예고통지를 하였으나, 2011.5. 18. 과세전적부심사시 청구인이 쟁점매입처로부터 직접 용역을 공급받은 것을 인정하여 “채택”결정하였다가, 나중에 과세전예고통지 사유와는 달리 쟁점세금계산서의 공급시기를 2010년 제1기 부가가치세 과세기간으로 보아 관련 매입세액 OOO원을 매출세액에서 불공제하여2011.7.9. 청구인에게 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOO시장의 업무연락 문서(2010.7.6.) 등에 의하면 쟁점건물 사용승인을 위한 건축사 고OOO의 현장조사일이 2010.7.7.로 나타나고, 쟁점건물의 건축물관리대장에 의하면 쟁점건물의 건축허가일은 2010.3.12., 공사착공일은 2010.3.26., 사용승인일은 2010.7.12.로 기재되어 있는바, 청구인은 준공검사(2010.7.7.)에 대비하기 위하여 긴급하게 공사를 진행하였으나 사용승인일(2010.7.12.) 이후 공사의 하자여부를 검수·확인하여 대급지급을 하였으며, 임대조건을 높이기 위하여 사용승인일 이후에도 마무리 공사 등을 하였으나, 1개 호실도 임대하지 못하고 있는 실정으로서, 청구인이 사용승인일 이후에도 쟁점건물의 편리한 사용을 위하여 보강공사를 하고 대금을 지급한 사실을 공급자가 발행한 세금계산서 및 대금지급내역 (아래 <표1> 참조) 등을 통하여 알 수 있고, 쟁점세금계산서와 관련하여 불부합자료가 발생하지 아니한 사실은 처분청도 확인하였으며, 대법원(대법원 2004두4796 판결 2004.11.26. 선고) 및 조세심판원(조심 2008중1375, 2008.12.31.)도 공사도급계약에서 건물 사용승인 뒤에도 단순한 하자보수나 별도의 추가공사가 아닌 마무리 공사가 계속되어 사회통념상 실제 공사가 완료된 것이 그 후의 어느 시점이라면 공사용역의 완료시점은 그 후 실제로 공사가 완성된 때를 공급시기로 보고 있음에도 불구하고, 처분청이 청구인이 공사를 직영한 사실을 인정하면서도 통상적으로 자가공사에 부수되는 마무리 공사를 인정하지 아니하고, 단순히 조경수 식재 후 촬영한 사진만을 근거로 준공시기를 2010.6.30.로 추측하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

OOO

나. 처분청 의견

쟁점건물을 도급공사가 아닌 직영공사로 신축하였다고 보면 공급시기는 전체건물의 완성시기가 아니라 건축자재의 인도시기이고 공정별 공사는 각 공사의 완료시기가 공급시기가 될 수 있는 바, 쟁점건물은 지상 2층의 창고, 공장 및 부속 사무실 용도의 임대를 목적으로 건축된 건축물로서 쟁점건물 내부는 여러 부분으로 구획되어 있지 않고 각 층을 하나의 창고로 쓸 수 있는 단순한 건축물로 대지조성 토목공사, 기초 바닥공사, 기둥, 바닥, 벽체 등 구조공사, 전기, 상하수도, 소방설비 공사 및 조경공사 등의 건축공정에 따라 건축되며, 건축 공정이 완성되어야 후속 공정을 진행할 수 있는 것이므로, 선행공정의 하자에 따른 보수공사의 유무에 불구하고, 적어도 후속공정을 착수한 때를 선행 공정의 공급시기로 보아야 하고, 2010년 6월 건축사가 작성한 조경식재확인서에 첨부된 조경사진에 의하면 그 시기에 쟁점건물의 외관공사가 완료된 것으로 확인되고, 청구인이 2010.7.6. OOO시장에게 쟁점건물의 사용승인신청을 하였지만, 사용승인 신청서 작성일은 2010.6.28.인 점, 위 <표1>의 쟁점세금계산서 공급자 중 OOO설비 대표 한OOO, OOO유리 대표 김OOO, (주)OOO토건 대표 임OOO과 통화한 결과 및 2010. 6.28.자로 작성된 감리완료보고서에 의하면 이들 업체가 한 공사와 OOO펌프카의 펌프카임대와 관련된 공급시기는 2010년 제1기인 것으로 판단되는 바, 쟁점용역 관련 자재매입 시기 및 공정별 공사용역의 공급시기는 전부 2010년 제1기 부가가치세 과세기간으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물의 신축을 위한 용역의 공급시기를 사용승인신청서 작성일 이전인2010년 제1기 부가가치세 과세기간으로 보아 과세한 처분에 대하여 실제 용역이 완료된 때인 2010년 제2기 부가가치세 과세기간을 공급시기로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제9조【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2.재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급받은 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점매입처로부터 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 직접 재화나 용역을 공급받은 것이라고 주장하고, 처분청도 과세전적부심사청구시 청구인이 쟁점건물의 신축을 위한 용역을 직접 시행한 것이라는 사실은 확인하였으나, 쟁점세금계산서 관련 공급시기를 2010년 제1기 부가가치세 과세기간으로 판단하여 과세한 바, 청구인이 쟁점건물의 신축을 위한 용역을 시행하면서 수수한 세금계산서의 내역은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(2) 처분청의 쟁점건물 현장확인조사 결과(2011.3.21.) 및 과세예고통지서 내역에 의하면, 당초 처분청은 청구인이 쟁점건물의 신축공사를 직영한 것이 아니라 도급공사를 한 것으로 보아 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 매입세액을 조기환급받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 관련 매입세액 불공제하는 것으로 되어 있다.

(3) 처분청은 2011.5.18. 청구인의 과세전적부심사청구에 대하여 심리하여 청구인이 쟁점건물의 신축공사를 청구인의 독립적인 계산과 책임하에 이루어진 것으로 보아 “채택”결정하였다.

(4) 처분청은 과세전적부심사청구에 대한 채택결정과 별도로 쟁점세금계산서의 공급시기를 2010년 제2기가 아니라 2010년 제1기 부가가치세 과세기간으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가차세를 경정·고지하였다.

(5) 국세통합전산망 조회 결과, 청구인이 부동산임대업으로 사업자등록을 하고 쟁점건물을 신축하였으나 쟁점건물을 임대한 실적은 없으며, 위 <표2>의 모든 매입처가 부가가치세 매출신고를 이행한 바, 세금계산서 불부합자료가 발생한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(6) OOO시장의 2010.7.6.자 문서(현장조사 업무대행건축사 지정 긴급업무연락)에 의하면, OOO시장은 OOO건축사사무소 건축사 고OOO을 쟁점건물의 사용승인 현장검사 업무대행자로 지정·통보한 것으로 나타나고, 고OOO이 2010.7.8. OOO시장에게 제출한 사용승인조사 및 검사조서에는 쟁점건물 사용승인을 위한 조사／검사일이 2010.7.7., 종합의견이 “적법함”으로 기재되어 있으며, 쟁점건물의 건축물대장에 의하면, 2010.7.12. 사용승인되어 청구인이 소유자로 등록된 것으로 나타난다.

(7) 처분청의 과세전적부심사 채택결정 후속조치 보고서에 의하면, 처분청은 OOO시청 건축과에서 보관하고 있는 쟁점건물 사용승인신청서(2010.6.28.)에 첨부된 부속서류 내역(아래 <표3>) 및 쟁점건물 사용승인신청서, 산업재해보상보험가입증명원(2010.6.28.), 사용전점검확인증(2010. 6.9.) 및 감리(완료)보고서(2010.6.28.)을 검토한 바, 기초·지붕·전기·통신·건축설비·소방시설·조경식재공사 등 모든 쟁점건물 신축공사가 2010.6.28.까지 완료된 것으로 판단한 것으로 되어 있고, OOO건축사사무소의 조경식재 확인서에 첨부된 두 장의 사진을 통해서도 조경수 식재와 건물이 완공된 사실을 알 수 있다는 내용이 기재되어 있다.

OOO

(8) 청구인은 쟁점건물의 사용승인일 이후에도 마무리 공사를 자신의 독립적인 계산과 책임하에 시행하면서 공사가 마무리될 때마다 김OOO의 계좌 등을 통하여 공사비를 지급하고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 김OOO의 OOO 예금계좌 거래내역 등을 증빙으로 제시한 바, 이에 대하여 살펴본다.

(가) 김OOO의 OOO 예금계좌OOO자립예탁금 거래명세표에 의하면, 청구인이 2010.3.22.부터 2010.11.29.까지의 기간 동안 총 7회에 걸쳐 OOO원을 김OOO에게 송금한 것으로 나타난다.

(나) 위 거래명세표에 의하면 쟁점매입처들에 쟁점세금계산서 공급대가 중 OOO원이 계좌입금된 것으로 나타나고, 청구인은 공급대가 중 나머지 OOO원은 현금으로 지급하였다고 주장하고 있다.

(9) 살피건대, 「부가가치세법」제9조 제2항 및 제4항은 용역의 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 하되, 그 공급시기 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제22조 제1호는 용역의 공급시기에 관하여 ‘통상적인 공급의 경우 역무의 제공이 완료되는 때’, 제2호는 ‘완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’, 제3호는 ‘제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때’를 각 그 용역의 공급시기로 규정하고 있으며,

여기에서 ‘역무의 제공이 완료되는 때’는 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점을 의미하고, 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보는 예외적인 경우는 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니하는 경우에 한정된다고 할 것이며, 건설용역에 있어서 용역의 제공이 완료되는 때는 원칙적으로 건축공사완료일이라 할 것이고, 그 시기가 불분명한 경우에는「건축법」에서 규정하는 사용승인일로 봄이 상당하다 할 것이며, 용역공급대가의 지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역에 있어서 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일을 공급시기로 볼 것이지만(「부가가치세법」기본통칙 9-22-3),

이 건 쟁점건물 신축공사는 청구인이 도급계약을 체결하지 아니하고 직접 시행하면서 쟁점세금계산서 각 공급자가 용역을 완료하는 때에 대금을 지급하고 세금계산서를 수취하였으므로, 용역의 공급시기에 관하여 규정한 위 시행령 제22조 제3호(역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때)에 해당되며, 통상적으로 사용승인일 이후에도 마무리 공사가 시행되는 점, 쟁점건물 신축과 관련하여 청구인과 각 공급자들이 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고를 정상적으로 한 점, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 쟁점세금계산서 각 공급자의 계좌로 OOO원이 송금된 사실이 김OOO의 OOO예금계좌(221104 -52-＊＊＊＊＊＊) 거래내역에 의하여 확인되는 점(<표1> 참조), 처분청이 과세근거로 제시한 2010.6.28.자 사용승인신청서 및 감리(완료)보고서만으로는 쟁점건물의 신축공사를 위한 용역의 공급이 2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 완료된 것으로 단정할 수 없는 점 및 처분청도 과세전적부심사결정시 쟁점세금계산서 관련 공급시기를 2010년 제2기로 본 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점세금계산서 각 공급자인 쟁점매입처에 용역대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 2010년 제2기 과세기간에 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 것으로 볼 수 있다 하겠다(서울행정법원 2007구합4155, 2007.6.7., 조심 2010중13, 2010.6.24. 참조).

한편, 위 시행령 제60조(매입세액의 범위) 제2항 제3호는 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급받은 경우에는 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있는 바, 설령 쟁점건물 신축공사의 마무리 공사가 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에도 진행되었는지 여부를 인정할 수 없어 준공검사일인 2010.7.7.을 쟁점건물 신축공사 용역공급의 완료시기로 본다고 하더라도, 쟁점세금계산서의 기재사항에 의하여청구인과 공급자간의 거래사실이 확인되고 쟁점세금계산서 작성일(2010. 7.20.～2010.12.17.)과 준공검사일이 동일한 과세기간에 속하므로, 위 규정에 따라 쟁점세금계산서 관련 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액의 범위에 포함되는 점에는 변함이 없다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서의 공급시기를 2010년 제1기 부가가치세 과세기간으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(국심 1998서2159, 1999.2.27. 및 대법원 95누634 판결, 1995.8.11. 선고 등 참조).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.