가. 청구법인은 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 OOO주식회사 등 7개 거래처에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하고, 주식회사 OOO부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급받은 것으로 하여 부가가치세를 신고‧납부하였다.

나. 처분청은 매입‧매출처별 세금계산서합계표 불부합자료에 대하여 청구법인과 거래상대방으로부터 소명자료를 제출받아 검토한 결과, 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인이 OOO주식회사 등 7개 거래처에 대한 매출액 OOO원(공급가액)을 과소신고하고, 주식회사 OOO부터의 매입액 OOO원(공급가액)을 과다신고하여 동 매입세액을 공제받았다고 보아 이를 불공제하여 2014.7.9. 청구법인에게 부가가치세 2009년 제1기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

세금계산서합계표 불부합자료에 대한 거래상대방의 소명자료를 전달받아 청구법인의 자료와 대사한 결과, 불부합 거래는 찾았으나 동 거래의 신고시기와 금액을 입증할 수 있는 세금계산서가 없어 청구법인의 신고내용이 정당함을 소명할 수는 없다. 다만, 불부합 금액에 대하여 부가가치세를 과세하려면 관련 세금계산서 사본 등 객관적인 자료를 근거로 하여야 함에도 처분청이 국세부과제척기간 만료에 임박하여 이 건 과세처분을 하면서 객관적인 근거 서류 없이 거래상대방이 제출한 거래명세서 등만을 근거로 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

과세의 정확성을 높이고 납세자 권익을 보장하기 위해 세금계산서합계표 불부합자료에 대한 소명기회(3차)를 최대한 보장하였으나, 입증서류를 제시하지 못하고 있고, 법인세는 거래상대방의 세금계산서 수수금액과 동일한 금액으로 신고하였다는 청구법인의 소명내용과 청구법인이 신고한 매입‧매출처별 세금계서합계표 및 거래상대방의 소명자료 등을 종합한 결과, 청구법인이 매출액을 과소신고하고, 매입액을 과다신고한 사실이 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세금계산서합계표 불부합자료에 의하여청구법인이 실제보다 매출액을 과소신고하고, 매입액을 과다신고한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 관련세금계산서합계표 불부합내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 세금계산서합계표 불부합내역

(2) 처분청은 위 <표1>상 불부합 거래에 대하여 소명자료를 제출하도록 청구법인에게 2014.5.27.(2차)과 2014.8.5.(3차) 등 3차례에 걸쳐 안내문을 발송하였고, 청구법인은 2014.6.20.과 2014.8.20. “청구법인은 세금계산서의 발행시점과 회계상 수익의 인식시점이 다르기 때문에 그 관리에 이원화된 시스템을 사용하고 있어 세금계산서 발행건에대한 법인세 포함 여부의 확인에 상당한 시간이 소요되었고, 수익인식 시점의 차이와 방대한 양의 거래를 일목요연하게 표현하기에 한계가 있으나 2009년, 2010년 회계연도에 대한 법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다”는 내용으로 법인세 소명자료를 제출하였으나, 불부합 거래에 관한 구체적인 증빙은 제출하지 않은 것으로 나타난다.

(3) 위 <표1>상 불부합 거래에 대한 청구법인과 거래상대방의 소명 내용 및 처분청의 의견은 다음과 같다.

(가) 거래① 관련 : OOO주식회사

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2) 거래상대방 소명내용 : 청구법인 매출과소(2009년 제1기 매입처별세금계산서합계표와 건별 세금계산서 내역표 제출)

3) 처분청 의견 : 거래상대방이 제출한 거래명세서와청구법인이매출누락분 법인세 수입금액 반영으로 소명한 것에 의해 매출누락 사실이 입증된다.

(나) 거래② 관련 : 주식회사 OOO

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2) 거래상대방 소명내용 : 청구법인 매출과소(2009.6.12. 공급가액 OOO원에 대한 세금계산서 누락관련 매입 부가세 List 제출)

3) 처분청 의견 : 거래처 원장 확인결과, 공급가액 OOO원을감액하는 수정세금계산서 발급 후 동일 금액의 세금계산서가 발급되었으나 동 재발급분을 신고누락하였다. 다만, 동 금액이 법인세 수입금액에는 반영되었다.

(다) 거래③ 관련 : OOO주식회사

1) 청구법인 소명내용 : 구체적인 내용 없음

2) 거래상대방 소명내용 : 청구법인 매출과소(귀속시기의 착오와 관련하여 양 거래당사자의 실무자 간에 주고 받은 이메일 등 제출)

3) 처분청 의견 : 청구법인이 2009년 제1기분을 2009년 제2기분으로 신고하였다(2009년 제1기분 매출누락, 2009년 제2기분 매출감액).

(라) 거래④ 관련 : OOO주식회사

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2) 거래상대방 소명내용 : 청구법인 매출과소(세금계산서와 회계전표 및 지불안 Report 제출)

3) 처분청 의견 : 거래처 자료통보서에 첨부된 세금계산서와 거래명세서 및 금융증빙 등 확인결과, 청구법인이 부가가치세 매출액을 누락하였으나, 법인세 수입금액에는 반영되었다.

(마) 거래⑤ 관련 : 주식회사 OOO

1) 청구법인 소명내용 : 구체적인 내용 없음

2) 거래상대방 소명내용 : 청구법인 매출과소(2009년 제1기 매입처별 세금계산서합계표 금액에 대한 세금계산서와 회계전표 및 지불안 Report 제출)

3) 처분청 의견 : 청구법인이 2009년 제1기분을 2009년 제2기분으로 신고하였다(2009년 제1기분 매출누락, 2009년 제2기분 매출감액).

(바) 거래⑥ 관련 : 주식회사 OOO

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2) 거래상대방 소명내용 : 청구법인 매출과소(매입대금 수표로 지급 완료, 매입 및 지급 List 제출)

3)처분청 의견 : 거래처에서 소명한 거래처 원장 확인결과, 청구법인이 부가가치세 매출액 신고누락하였으나, 청구법인의 법인세 수입금액에 대한 소명결과 거래처의 매출 신고액과는 동일한 것으로 나타난다.

(사) 거래⑦ 관련 : 주식회사 OOO

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2) 거래상대방 소명내용 : 청구법인 매출과소(월별 거래 상세 내역서 제출)

3) 처분청 의견 : 거래처에서 소명한 원장 확인결과, 청구법인이 부가치세 매출 신고누락하였고, 청구법인의 법인세 수입금액에 대한 소명결과 거래처의 매출 신고액과는 동일한 것으로 나타난다.

(아) 거래⑧ 관련 : OOO주식회사

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2) 거래상대방 소명내용 :청구법인 매출과소(발행전표별 거래내역이 기재되어 있는 거래처별 미결현황 제출)

3)처분청 의견 :거래처에서 소명한 원장 확인결과, 청구법인 부가가치세 매출 신고누락하였으나, 청구법인의 법인세 수입금액에 대한 소명결과 거래처의 매출 신고액과는 동일한 것으로 나타난다.

(자) 거래⑨ 관련 : 주식회사 OOO

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2)거래상대방 소명내용 :청구법인 매입과다(청구법인에 대한 외상매출금 거래처원장과 세금계산서 및 통장사본 제출)

3)처분청 의견 :거래처에서 제출한 원장과 세금계산서 확인결과, 공급가액 각 OOO원 중복 공제로 매입 과다공제되었으나, 법인세 수입금액에는 동 금액을 제외한 것으로 소명되었다.

(차) 거래⑩ 관련 : 주식회사 OOO

1) 청구법인 소명내용 :법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다.

2) 거래상대방 소명내용 :청구법인 매입과다(전표조회서, 청구법인의 매입명세서 제출, 2009.11.1. 공급가액 OOO원 중복됨)

3)처분청 의견 :세금계산서 확인결과, 청구법인이 세금계산서를 중복 입력하여 매입과다 신고되었으나(2009.11.1. 발급된 세금계산서의 비고란에 OOO번이 중복발행되었음이 확인됨), 청구법인의 법인세 수입금액에 대한 소명결과 거래처의 매출 신고액과는 동일한 것으로 나타난다.

(카) 거래⑪ 관련 : 주식회사 OOO

1) 청구법인 소명내용 : 구체적인 내용 없음

2)거래상대방 소명내용 :청구법인 매입과다(Supplier payment History Report, 세금계산서 제출)

3) 처분청 의견 : 2009.7.15. 교부된 공급가액 OOO원의 세금계산서와 관련된OOO원으로 교부된 세금계산서에 대한 것으로서 청구법인의 중복신고로 매입 과다신고한 것이다(세금계산서 대조필).

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,청구법인이 2014.6.20. 및 2014.8.20. 제출한 소명자료에 의하면,처분청이 과세대상으로 본 불부합 거래에 대하여 청구법인은 ‘세금계산서의 발행시점과 회계상 수익의 인식시점이 다르기 때문에 그 관리에 이원화된 시스템을 사용하고 있어 세금계산서 발행 건에 대한 법인세 포함 여부의 확인에 상당한 시간이 소요되었고, 수익인식 시점의 차이와 방대한 양의 거래를 일목요연하게 표현하기에 한계가 있으나 2009년, 2010년도에 대한 법인세 수입금액조정명세서상 결산서상 수입금액과 각 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로미루어 전산자료의 모든 거래가 법인세 신고에 포함되었다고 간주된다’는내용으로 법인세 소명자료를 제출한 것에 비추어 청구법인도 부가가치세와 관련하여 매출 과소신고 및 매입 과다신고 사실을 인정한 것으로 보이는 측면이 있는 점,

세금계산서 불부합거래에 대하여 거래상대방들은 본인들의 신고가 정당함을 주장하면서 소명자료를 제출하였고, 동 자료에 의하면 일부 거래(거래①·②·③·⑤·⑨·⑪)는 세금계산서 등에 의하여 청구법인이 매출을 과소신고하거나 매입을 과다신고하였음이 확인되며, 나머지 거래는 관련 원장이나 대금수수 증빙이 제출되어 소명내용을 수긍할 수 있는 측면이 있는 반면, 청구법인은 관련 자료를 전혀 제출하지 못하고 있는 점,

청구법인은 국세부과제척기간이 임박한 상태에서 거래상대방이 제출한 자료만을 근거로 과세함은 부당하다고 주장하나, 처분청은 청구법인에게 3차에 걸쳐 소명기회(이 건 고지 전인 2014.5.27. 2차 소명 요청이 있었고, 3차 소명 요청은 법인세 관련)를 준 것으로 나타남에도 관련 서류를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 매출액을 과소신고하고, 매입액을 과다신고한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.