가. 청구법인은 1996.6.11.부터 현재까지 ‘OOOO 주식회사’라는 상호로 건설업을 영위하고 있는 법인으로, 2002사업연도 ～ 2005사업연도 기간동안 “OOO OOOOOO OOOOOO O OOOOO를공급대가139억4,300만원에주식회사 OOOO로부터 하도급을 받아 이 중 터널공사 및 보강공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를OOOO(OOO OOO,OOO OOO, OOOO OOOO OOO OOO OOOOOOOO)과 건설시공참여자공종계약(공사기간 2003.8.25. ～ 2007.8.14., 공급대가 54억5,000만원)을 체결하여 쟁점공사를 진행하던 중 2005.3.9. 타절(정산금액: 공급가액 46억7,383만원, 이하 “쟁점공사비”라 한다)하였다.

나. OO세무서장은 2006년 6월 OOOO OOO을 조사한 결과, 청구법인이쟁점공사비 중노임 및 관리이익분에 상당한 공급가액 16억9,200만원에 대하여는 OOOO으로부터 세금계산서를 수취하고,나머지공급가액29억8,183만원(2003년 제2기 1억2,455만원, 2004년제1기 14억1,360만원, 2004년 제2기 12억3,759만원, 2005년 제1기2억609만원)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여는 OOOO의협력업체에게 대금을 직접 지급한 후, 이들로부터 청구법인 명의로 세금계산서를 수취하여2003년 제2기 ～ 2005년 제1기부가가치세 과세기간 중 관련 매입세액을공제받고, 2003사업연도 ～ 2005사업연도 법인세 신고시 그매입액을 손금산입한 사실을 확인하고 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 위 과세자료에 의해 사실조사를 실시한 결과,OO OO이 쟁점공사 전체를 시공하였음에도 청구법인이 OOOO의 협력업체로부터 직접쟁점세금계산서를 수취하여 공급자가 사실과다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 법정증빙불비가산세를적용하여 2008.11.13. 청구법인에게 부가가치세689,293,040원(2003년 제2기 22,702,030원, 2004년 제1기285,641,350원, 2004년 제2기 199,276,460원, 2005년 제1기 181,673,200원)과 법인세 84,766,460원(2003사업연도 2,491,170원, 2004사업연도 58,961,420원, 2005사업연도 23,313,870원)을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점공사는 정부가 발주하고 주식회사 OOOOO OOO OO OOOOOOOOO OOOOOOOO O OOOOO OO(OOOO, OOOO, OOOOO)의 터널공사이고, 터널공사는 11단계의 공정을 거쳐야 하는 고도의 기술을 요하는 공사일 뿐 아니라 측량을 위한 OOOOOO를 비롯하여 고가의 특수장비가 투입되어야만 가능하다.

이와 같이 복잡하고 정밀성을 요하는 공사를 OOOO 같은 소규모 개인사업자가 단독으로 하도급을 받아 시공하는 것은 사실상 불가능한 것으로 OOOOO OOOO OO O OOOO OOOO O OOOOO OOO OO O OOOO 타설작업에만 부분적으로 투입된 시공참여자에 불과하다.

청구법인은 쟁점공사 현장에 관리직원을 파견하여 현장의 모든 공정을직접 관리하였고, 공사에 투입되는 자재와 유류 및 장비의 임대 등은 현장의 관리직원이 자재업자와 유류업자 및 장비임대업자로부터 직접 견적을 받아 이를 근거로 청구법인과 직접 계약을 체결하였으며, 납품 또는 장비용역을 공급받은 후 대금은계좌이체하거나 약속어음을직접 발행하였고, OOOO은 공사의 모든 공정에있어서 시공의 방법 및 공법을 청구법인의 현장소장으로부터 지시받고 단순인력 등을현장에 투입하여 터널공사 중 굴착작업 공정에만 참여한 업체임이 청구법인이 보관하고 있는 증빙(견적서·계약서·대금지급에 대한 증빙 및 내부 결재서류 등)에 의해 구체적으로 확인된다.

따라서, 청구법인에 대하여 구체적인 사실확인도 없이 거래상대방인 OOOO OOO의 진술내용만을근거로 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인과 OOOO이 체결한 계약서상 계약조건을 보면, ‘OO OO은임금 및 공사자재 장비의 투입 등에 관한 서류와 미불금현황 등에 대하여 청구법인의 요구가 있을 때에는 이에 협조하여 제출하여야 하고,OOOO은공사내역에 대하여 발주자 또는 원도급업자의 불합격, 재시공지시 및 감사시 지적사항 등이 발생할 경우 지정된 기일내에 조치하여야하며, 재시공비용 및 추가 투입되는 지급자재 및 추가비용은OOOO이부담한다’라고 되어 있는 것으로 보아 쟁점공사가 OOOO의책임하에 이루어진 것으로 볼 수 있다.

OOOO이 청구법인에게 제출한 성실시공각서에 의하면, OOOO은 쟁점공사의 부실공사가 발생하지 않도록 공정·품절·안전에 최선을 다 할 것을 약속하고 제3자에게 위임 없이 직접 시공하는 조건이었다.

OOOOO OOO OOOO OOOOO OOOO OOO OOOOOO, OOO은2005.3.9. 타절정산계약서상 계약금액 일체를 OOOO 책임하에 공사를 시공하였고, 자재구입 및 장비임대에대한 매입대금은 대부분 청구법인으로부터 어음을 수령하여 협력업체에 지불하였다고 진술한 것으로 나타난다.

따라서, 청구법인은 쟁점공사 전체에 대하여 OOOO으로부터 기성고에 따라 세금계산서를 교부받아야 하나, 일부인 OOOO의 관리이익분에 대하여만 세금계산서를 수취하고, 나머지인 쟁점세금계산서는 OOOO의 협력업체로부터 직접 교부받은 것은 「건설산업기본법」 제28조의2【건설공사의 직접시공】및 제29조【건설공사의 하도급제한】에 의한일괄 재하도급 금지에 위반되므로 이를 피하기 위해 세금계산서를변칙적으로 수취한 것으로 보이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.

(2) 법인세법 제76조【가산세】⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이사업과 관련하여 대통령령이 정 하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 쟁점세금계산서를 OOOO으로부터 수취하였어야 하나, OOOO의 협력업체로부터 수취하여 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 정당한 세금 계산서라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면,OO세무서장은 2006년 6월 청구법인의 거래상대방인 OOOO에 대하여 조사한 결과, OOOO이쟁점공사를 시공하였으므로 쟁점공사비 전체에 대한 세금계산서를 OOOO이 교부하여야 함에도노임 및 관리이익분에 대한 공급가액 16억9,200만원에 대해서만 세금계산서를 교부하고,자재 및용역 등의 공급과 관련한쟁점세금계산서는 OOOO의 협력업체가 공급받은 자를 청구법인으로 하여 직접 발행한 것으로 보아이 건 처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인과 OOOO OOO이 쟁점공사 하도급과 관련하여 체결한 건설시공참여자공종계약서와 변경합의서는 아래 [표]와 같고,

[표] 청구법인과 OOOO의 쟁점공사 계약내용

(OOO OO)

청구법인과 OOOOO OOOOOOOOOO OOO OOOOOO OOOO OO 현장의 터널굴착 및 보강공사(계약금액 54억5,400만원, 공사기간 2003.8.25.～2007.8.14.)를 건설시공참여자 공종계약을 체결한 이후 4회에걸쳐 변경계약을 하였고, 2005.3.4. 타절정산에합의하여 2005.3.9. 최종적으로 공종계약변경에 합의한 것으로 나타난다.

(3)청구법인이2003.8.25., 2004.9.30. OOOO과 체결한건설공사계약조건을 보면,OOOO은 이 계약조건과 설계도서(공사시방서,설계도면 및 현장설명서 포함)에 의하여 공사를 시공하고(제3조 제1항),OOOO의 공사내역에 대하여 발주자 또는 원도급자의 불합격, 재시공 지시 및 감사시 지적사항 등이 발생한 경우 지정된 기일내에 조치하여야 하며, 재시공 비용은 OOOO의 부담으로 하고(제3조 제3항),설계도면 및 내역에 명기되지 아니한 사항이라도 시공상 당연히 필요한사항은 OOOO이 부담하여 시공하고, 공종별 물량은 설계변경에 따라 증·감 조정한다(제3조 제4항)고 기재되어 있다.

(4) OOOO이 쟁점공사 계약시(2003.8.25., 2004.9.30.) 청구법인에게 제출한 성실시공각서를 보면, ‘쟁점공사와 관련하여 청구법인과 체결한 공사를 수행함에 있어청구법인의 품질관리규정에 따라 성실히 수행하여 부실공사가 발생하지 아니하도록 할 것이고, 또한 계약공기내에계약 목적물을 완성할 수 있도록 공정, 품질, 안전에 최선을 다할 것을약속하며, 상기 공사에 관하여 직접 시공을 하고 절대로 제3자에게 위임 시공하지 않을 것을 각서합니다’라고 기재되어 있다.

(5) OO세무서장이 2006년 6월 OOOO OOO에 대한 조사복명서를 보면,OOOO은 쟁점공사와 관련한 자재를 매입하고, 장비를모집하여 쟁점공사를 자신의 책임하에 시공하고 매월 1회 기성청구를 하였으며, OOOO이 매입처로부터 공급받은 자를 청구법인 명의로 하여 세금계산서를 교부받아 청구법인에게 제출하였고, 대금은 청구법인이 장비업체를 수취인으로 발행한 어음을 지급한 것으로 조사 되어 있다.

(6)OO세무서 직원과 OOOO의 윤정식이 2006.6.9. 작성한 문답서에 의하면,윤OOO OOOOO OOOO의 책임하에 하였으므로 세금계산서를 OOOO 명의로 교부받아야 하나, 청구법인의 지시에 의하여 청구법인명의로 세금계산서를 교부받은 후 OOOO이 청구 법인에 대하여 기성금액 청구시이를 갖다 주었다고 진술한 것으로 나타난다.

(7) 한편, 청구법인은 2007.5.23. 본 건과 관련하여 처분청에게 과세전적부심사청구를 하였고, 처분청은 2007.6.18. OOOO이 터널굴착공사에 대한 기술력과 인력을 보유하고 하도급 공사를 받아 공사를하였다면, OOOO의 공사관련 근거서류에 대한 확인이 필요하고, 청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인의 직영공사라는사실확인이 미흡하므로 쟁점공사에 대한 자재와 중기대금의 매출처에 대한 추가 조사를 실시 하여 실거래자를 판단하도록 ‘재조사’ 결정을 하였는 바, 처분청 조사 담당 직원이 2007년 7월 쟁점공사에 건설기계(레미콘)를 공급한 대영 중기와 잡자재를 공급한 OOOOOO에 대하여 현지조사한 자료에 따르면, OOOOO OOOO과 용역공급 구두계약을 하였으나, 대금은 청구법인으로부터 받고 세금계산서를 청구법인에게 발행하였음을 확인하였고, OOOOOOO OOOO OOOO에 공급하고 대금과 세금계산서는 청구법인과 수수하였음을 인정하면서도 OOOO과 청구법인이 타절한 후인 현재도 청구법인과 거래하고 있음에 따라 사실확인서 작성을 거부한 것으로 조사되어 당초 처분을 유지한 것으로 나타난다.

(8) 위의 내용을 종합하면,청구법인은 쟁점공사가 11단계의 공정과 고가의 특수장비가 투입되어야 하는 고도의 기술을 요하는 공사 이므로 소규모 건설업체인 OOOO이 단독으로 시공하기 어렵다고 주장하나, 청구법인과 OOOO이 체결한 공사계약서상 공사금액· 계약조건과 OOOO이 청구법인에게 제출한 시공각서 내용 및 OOOOOOO OOOO OOO에 대하여 조사한 내용 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점공사 전체를 OOOO에게 하도급하고, 쟁점공사에 투입된 건설장비업체 등이 OOOO에게 용역 등을 공급하였음에도 OOOO은청구법인의 지시에 의하여 협력업체로부터 청구 법인명의로 세금계산서를 교부받은 후 청구법인에 기성금액 청구시이를 전달한 것으로보여지는 바, 처분청이 쟁점세금계산서의 공급한 자가 사실과 다른 것으로 보고 관련 매액세액을 불공제하고 법정증빙 불비가산세를 부과하여 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세 기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.