2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1, 2, 갑제2호증의 1 내지 3, 갑제4호증, 을제1호증의 1 내지 3, 을제2, 4호증, 을제5,6호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○○-○ ○○귀금속상가에 본점(사업자등록번호 : ○○○-○○-○○○○○)을 두고 귀금속, 악세서리 도소매업 등을 영위하는 회사로서 2003. ○○. ○○.부터 ○○ ○○구 ○○동 ○○에 있는 ○○○ ○○○ 지상 2층 에 지점 사업장(사업자등록번호 : ○○○-○○-○○○○, 이하 '이 사건 사업장'이라고 한다)을 두고 준보석 등을 판매해 오다가 2005. ○○. ○○. 이 사건 사업장을 폐업하였다.

나. 원고는 피고에게, ① 이 사건 사업장에 대한 2003년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 주식회사 ○○골드(이하 '소외 회사'라고 한다)로부터 수취한 2003. ○○ ○○.자, 같은해 ○○. ○○.자, 같은 해 ○○. ○○.자 및 같은 해 ○○. ○○.자 공급가액 합계 42,309,000원 상당인 지금(紙金) 등(지금 ·지은 ·백금)의 매입세금계산서 4장을 제출하여 이를 매입세액으로 공제하여 신고하였고, ② 2004년 제1기 부가가치세 신고를 하면서 소외 회사로부터 수취한 2004. ○. ○○.자, 같은 해 ○. ○○.자, 같은 해 ○. ○○.자, 같은 해 ○. ○○. 같은 해 ○. ○○.자, 같은 해 ○. ○○.자, 같은 해 ○. ○○.자 및 같은 해 ○. ○○.자 공급가액 합계 61,817,000원 상당인 매입세금계산서 8장을 제출하여 이를 매입세액으로 공제하여 신고하였으며. ③ 2004년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 소외 회사로부터 수취한 2004. ○. ○○, 같은 해 ○. ○○, 같은 해 ○. ○○. 같은 해 ○. ○○, 같은 해 ○. ○자, 같은 해 ○.○○.자. 같은 해 ○. ○, 같은 해 ○. ○.자, 같은 해 ○. ○, 같은 해 ○. ○. 같은 해 ○. ○, 같은 해 ○. ○, 같은 해 ○. ○ 및 같은 해 ○. ○ 공급가액 합계 103,541,000원 상당인 매입세금계산서(이하 위 각 세금계산서를 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다) 14장을 제출하여 이를 매입세액으로 공제하여 신고하였다.

다. 한편, ○○세무서장은 소외 회사에 대한 세무조사를 실시한 결과, 소외 회사 대표인 ○○○이 2001년 제1기부터 2004년 제1기까지의 과세기간 동안 총매출액 377억 5,600만 원과 총매입액 376억 3,100만 원 전액에 대하여 실물거래 없이 허위세금계산서를 수취하거나 발행하는 등의 자료상 행위를 하였다는 혐의로 종로경찰서에 고발하는 한편 피고에게 원고가 자료상인 소외 회사로부터 이 사건 각 세금계산서를 실물거래 없이 발행받은 혐의가 있다는 내용을 통보하였다.

라. 이에 따라, 피고는 2005. 12. 12.부터 2006. 1. 20.까지 이 사건 사업장에 대한 부가가치세 세무조사를 한 후, 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 수취한 세금계산서에 해당한다고 판단한 다음, 2006. 3. 6. 원고에 대하여 2003년 제2기분 부가가치세 6,473,700원, 2004년 제1기분 부가가치세 8,502,920원, 2004년 제2기분 부가가치세 13,670,510원을 추가로 경정 · 고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2006. ○.○○. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. ○. ○○. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는 소외 회사로부터 이 사건 각 세금계산서에 상당하는 지금 등을 매입하고 그 대금을 모두 지급하였으므로 이 사건 각 세금계산서는 정상적인 거래에 의한 것인바, 원고가 실물 거래 없이 이 사건 각 세금계산서를 수취하였음을 전제로 하여 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다는 취지의 주장을 하고, 이에 대하여 피고는 원고의 이 사건 사업장은 지금 등을 소외 회사로부터 직접 매입한 것이 아니라 ○○쥬얼리 본점 사업장을 통하여 매입한 것이므로, 그에 따른 매입세금계산서도 소외 회사가 아닌 ○○쥬얼리 본점 사업장으로부터 발급받아야 함에도 소외 회사로부터 발급받았으므로 이 사건 각 세금계산서의 공급자 기재는 사실과 다르다고 할 것이고, 또한 이사건 각 세금계산서는 실물거래를 동반하지 아니한 것으로 허위하고 할 것이므로, 이를 전제로 한 이 사건 부과처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

부가가치세법제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경위의 매입세액은 제외한다.

다. 판단

그러므로, 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 수취한 세금계산서인지 여부에 관하여 보건대, 갑제8, 9호증의 각 1, 2, 갑제12호증의 4, 을제7호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고의 대표이사인 ○○○는 사실상 원고 회사를 단독으로 운영하면서 이 사건 사업장을 법인 명의로 직영하는 외에 대형 할인점인 '○○○' 등의 각 점포에서 '○○쥬얼리'라는 상호로 수개의 귀금속판매점을 개인 명의로 운영하고 있는데, 이 사건 사업장은 귀금속 판매영업을 위하여 필요한 지금 등을 소외 회사로부터 '○○쥬얼리'라는 상호로 외상으로 가져온 후, 그 대금은 본점으로 송금하여 본점으로 하여금 소외 회사에게 지급하도록 한 사실, 이 사건 사업장 외에 '○○쥬얼리'라는 상호로 운영되는 각 사업장들도 이 사건 사업장과 마찬가지로 각 사업장에서 필요한 지금 등을 소외 회사로부터 직접 가져온 후 그 대금은 본점으로 송금하여 본점이 이를 취합하여 소외 회사에게 지급하도록 한 사실, 이 사건 사업장 등이 '○○쥬얼리'를 통한 통합거래방식을 통하여 소외 회사로부터 낮은 단가외 외상거래 등의 유리한 거래조건을 적용받은 사실, 한편 소외 회사는 소외 회사로부터 실제 지금 등을 인수해 간 본점 또는 이 사건 사업장 등을 구분하여 세금계산서를 발급해 준 사실, 이에 따라 소외 회사의 매출처별세금계산서합계표에 원고의 본점과 이 사건 사업장 등의 거래가 구분되어 정리되어 있는 사실, 소외 회사의 매입 · 매출장에 이 사건 사업장과의 이 사건 각 세금계산서에 해당하는 거래내역이 기재되어 있는 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 보면, 이 사건 사업장은 그 필요한 지금 등을 소외 회사로부터 직접 구입하되 거래조건 등의 편의를 위하여 그 대금결제만을 본점을 통하여 하는 거래의 형식을 취한 것이라고 봄이 상당하고 본점이 소외 회사로부터 지금 등을 구입한 다음 이를 필요로 하는 이 사건 사업장에게 내부거래를 통하여 지금 등을 재판매한 것으로 보여지지는 아니한다.

따라서 이 사건 각 세금계산서는 이 사건 사업장이 소외 회사로부터 실제로 지금 등을 매입하고 발급받은 것이라 할 것이므로, 이와 반대의 전제에서 한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.