가. 청구인은 2014.6.10. 서울특별시 중랑구 OOO 소재 주택용 건축물 및 부속토지 122㎡와 같은 동 342-64 소재 건축물 및 부속토지 124.6㎡를, 2015.4.28. 같은 동 342-73 소재 도로 20.2㎡를 각각 취득하고 「지방세특례제한법」 제50조 제1항의 규정에 따라 감면신청하여 취득세 등 OOO원을 감면받았으며, 이후 청구인은 2014.8.12. 위의 건축물을 각각 철거하고, 위 지번의 토지(346-62․64, 342-73으로, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구인의 교회 신도를 위한 주차장으로 사용하였다.

나. 청구인의 상급단체인 재단법인 기독교대한감리회 유지재단(이하 “유지재단”이라 한다)은 2015.12.31. 서울특별시 중랑구 OOO 소재 건축물(용도 : 청구인의 교육관, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 증축하였고, 청구인은 2015.12.14. 및 2016.3.23. 유지재단에 쟁점토지를 각각 증여를 원인으로 소유권이전 등기를 완료하고 2016.3.30. 쟁점토지를 이 건 건축물의 부속토지로 편입하였다.

다. 처분청은 이 건 건축물을 증축하기 전에는 모두 청구인의 교육관으로 사용하다가 증축 후에는 교육관과 유치원, 사회복지시설이 추가된 것을 확인하고 쟁점토지 중 이 건 건축물 연면적 대비 종교시설이 아닌 유치원과 사회복지시설이 차지하고 있는 면적에 대한 비율만큼 2016.4.11. 청구인에게 기 감면받은 취득세 등 OOO원을 부과․고지하였다.

라. 또한, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 2015.12.10. 및 2016.3.16. 유지재단에 증여하였으므로 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 제3호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 2019.1.10. 청구인에게 기 추징한 세액을 제외한 나머지 감면받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 청구인의 의지에 따라 유지재단에 증여한 것이 아니라 상급단체에 소속되어 있는 교회로서 어쩔 수 없이 교리와 장정을 따를 수밖에 없었으므로 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 증여한 것은 사실이지만 현재도 청구인의 신도들을 위한 주차장으로 사용하고 있다.

청구인은 기독교대한감리회에 소속되어 있는 중랑구 OOO 소재 교회로서 기독교대한감리회 교리에 따라 쟁점토지를 유지재단에 증여한 것이므로 이는 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 증여한 것에 해당한다는 이유로 기 감면 받은 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」 제50조 제1항은 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 제3호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘직접 사용’이란 당해 부동산을 취득한 소유자가 직접 해당 부동산을 그 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 가리키는 것으로 보아야 하고, 이는 「지방세특례제한법」이 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되면서 그 제2조 제1항 제8호에서 그와 같은 취지의 확인적 규정을 두고 있는 것에서도 알 수 있다(대법원 2018.3.15. 선고 2017두72423 판결, 참조).

취득세 면제요건의 구비 여부나 추징조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 그로부터 직접 사용한 기간이 2년이 되지 아니한 상태에서 법인격을 달리한 유지재단에 증여한 이상, 추징사유가 발생(대법원 2016.6.10. 선고 2016두34707 판결, 조심 2017지1048, 2018.1.8. 등 참조)하였고, 증여 후에도 청구인이 쟁점토지를 종교용 부동산으로 사용하고 있다하더라도 달리 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 상급단체인 유지재단에 증여한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 유지재단은 2015.1.30. 서울특별시 중랑구 OOO(용도 : 청구인의 교육관)에 소재하는 유지재단 소유의 건축물 증축허가를 받아 2015.12.31. 이 건 건축물에 1,954.96㎡를 증축하여 연면적 4,854,02㎡의 건축물로 사용승인을 받았다.

(나) 이 건 건축물의 대지는 서울특별시 중랑구 OOO 외 쟁점토지(342-62, 342-64, 342-73)로 되어 있으며, 쟁점토지는 이 건 건축물의 부속토지로 편입되었다.

(다) 청구인은 2015.12.10. 서울특별시 중랑구 OOO을, 2016.3.16. 같은 동 342-62 및 342-64를 유지재단에 각각 증여하였으며, 2015.12.14. 같은 동 642-73을, 2016.3.23. 같은 동 342-62 및 342-64를 유지재단에 증여를 원인으로 소유권이전등기를 완료하였다.

(라) 쟁점토지는 2016.3.30. 이후 서울특별시 중랑구 OOO에 합병되어 말소되었으며 같은 동 342-60은 기존면적 1,585.6㎡에서 1,852.4㎡로 증가되었다.

(마) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 2015.12.10. 및 2016.3.16. 각각 유지재단에 증여하여 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 제3호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 2019.1.10. 청구인에게 기 추징한 세액을 제외한 나머지 감면받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」 제50조 제1항에서 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각‧증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

처분청은 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 유지재단에 증여하여 추징요건에 해당한다는 의견이나, 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」 제8조에서 종교단체의 명의로 그 산하 조직이 보유한 부동산에 관한 물권을 등기한 경우 명의신탁을 인정하고 있는 점, 청구인이 소속된 기독교대한감리회의 교리와 장정(제28조 제1항)에서 감리회 소속 개체교회․기관․단체가 소유하고 있는 부동산은 재단법인 기독교대한감리회 유지재단 명의로 등기하여 관리하도록 규정하고 있는 점, 청구인은 쟁점토지를 증여의 형식으로 유지재단에 편입시켰으나, 이는 효율적인 종교시설 설치 및 운영을 위하여 쟁점토지의 명의만을 유지재단에 형식적으로 이전한 것으로 보이는 점, 청구인이 실질적 소유권을 보유하면서 심판청구일 현재까지 당초 취득목적대로 쟁점토지를 교육관의 부속토지 및 주차장으로 직접 사용하고 있는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지의 소유권을 유지재단 명의로 이전등기하였다 하더라도 사실상 증여하였다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 ․ 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 기독교대한감리회 교리와 장정(2016년)

제27조(소속법인) 다음 각 항의 법인은 감리회에 속한다.

① 재단법인 기독교대한감리회 유지재단 ＜개정＞

② 재단법인 기독교대한감리회 교역자은급재단 ＜개정＞

③ 재단법인 기독교대한감리회 장학재단 ＜개정＞

④ 사회복지법인 기독교대한감리회 사회복지재단 ＜개정＞

⑤ 사회복지법인 기독교대한감리회 태화복지재단 ＜개정＞

⑥ 학교법인 감리교신학원 ＜신설＞

⑦ 학교법인 감리교학원 ＜신설＞

⑧ 학교법인 삼일학원 ＜신설＞

⑨ 학교법인 연세대학교 ＜신설＞

⑩ 재단법인 기독교대한감리회 애향숙 ＜신설＞

⑪ 학교법인 기독교대한감리회 애향숙학원 ＜신설＞

⑫ 사회복지법인 기독교대한감리회 애향원 ＜신설＞

제28조(재산관리) 감리회 소속 개체교회․기관․단체가 소유하고 있는 재산은 다음 각 항에 따라 관리한다. 다만 제27조(소속법인) 제6, 7, 8, 9, 11항은 그러하지 아니하다.

① 감리회 소속 개체교회․기관․단체가 소유하고 있는 부동산은 재단법인 기독교대한감리회 유지재단 명의로 등기하여 관리한다.

제68조(관리부의 직무) 관리부의 직무는 다음 각 항과 같다. 특히 관리부는 교회 재산관리의 중책을 맡았으므로 그 직무수행은 정확한 문서에 의하여 집행되어야 한다.

① 교회가 소유하거나 관리하고 있는 부동산 및 동산의 목록을 작성하여 보관한다. 이 목록에는 부동산, 동산의 구분(부동산의 경우 소재, 지목, 지적포함), 재산취득경위, 취득일자, 취득가액 등이 기입되어야 한다. 그리고 재단법인 기독교대한감리회 유지재단에 편입 등기된 일자 등을 정확히 기입하여야 한다.

② 교회가 부동산을 취득하였을 때는 6개월 이내에 유지재단에 등기한다.

(3) 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률

제8조(종중, 배우자 및 종교단체에 대한 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세 포탈, 강제집행의 면탈(免脫) 또는 법령상 제한의 회피를 목적으로 하지 아니하는 경우에는 제4조부터 제7조까지 및 제12조 제1항부터 제3항까지를 적용하지 아니한다.

1. 종중(宗中)이 보유한 부동산에 관한 물권을 종중(종중과 그 대표자를 같이 표시하여 등기한 경우를 포함한다) 외의 자의 명의로 등기한 경우

2. 배우자 명의로 부동산에 관한 물권을 등기한 경우

3. 종교단체의 명의로 그 산하 조직이 보유한 부동산에 관한 물권을 등기한 경우