청구법인은 인천직할시 남구 OO동 OOOOO 외 1필지 소재 잡종지 82,644㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 82.11.8 부터 83.5.6 까지 3회에 걸쳐 공유수면 매립허가를 받아 89.6.30 준공·취득하여 이를 92.1.9 및 92.11.18 양도한 사실이 있다.

처분청은 쟁점토지의 양도소득에 대한 특별부가세를 감면함에 있어 조세감면규제법 제59조 제10호의 규정에 의하여 50%를 감면하고 93.5.1 청구법인에게 ’92사업년도분 법인세(특별부가세) 973,021,080원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.6.11 심사청구를 거쳐 93.8.30 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 88.12.26 법률 제4020호로 개정된 법인세법 제59조의3 제2항 제6호 및 같은법 부칙 제12조 제2항에 의하면 88.12.31 이전에 허가받아 준공한 공유수면 매립지를 양도하는 경우에는 특별부가세를 100% 감면토록 규정하였다가 90.12.30(법률 제4165호)세법개정시 법인세법 등의 감면규정을 조세감면규제법에 흡수함에 따라 공유수면 매립지에 대한 감면규정도 법인세법에서 조세감면규제법으로 이관되었는 바,

조세감면규제법 부칙 제5조 제3항에서 “이 법 시행당시 종전의 법인세 또는 이 법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있고 감면비율도 종전과 같은 점 등으로 보아 위 법인세법 부칙 제12조 제2항도 계속 유효하게 조세감면규제법에 승계되었다고 할 것이므로 88.12.31 이전에 매립면허받아 준공한 쟁점토지에 대하여는 특별부가세를 100% 감면하여야 한다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 쟁점토지를 90.1.1 이후인 92.1.9 과 92.11.18 두차례에 걸쳐 양도하였으므로 조세감면규제법 제59조 제10호의 규정에 의하여 특별부가세를 50% 감면함이 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

88.12.31 이전에 공유수면 매립허가를 받아 취득한 토지를 91.1.1이후에 양도하는 경우 그 특별부가세가 50% 감면되는지 또는 100% 감면되는지의 여부

나. 관계법령

조세감면규제법(89.12.30 개정, 법률 제4165호) 제59조 본문 및 제10호의 규정에 의하면, 공유수면 매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매입한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의50에 상당하는 세액을 감면한다라고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제1조 및 제5조에 의하면 이 법은 90.1.1 부터 시행하되, 제59조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용하며 이 법 시행당시 종전의 소득세법, 법인세법 또는 이 법의 규정에 의하여 부과(환급, 추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 양도소득세 또는 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있다.

다. 특별부가세의 감면율이 50%인지 또는 100%인지

(1) 위 조세감면규제법(89.12.30 개정) 제59조 제10호의 규정이 신설되기 이전까지 시행된 법인세법 제59조의3 제2항 제6호 및 같은법 부칙 제12조 제2항의 규정을 보면, 89.1.1 이후 최초로 공유수면 매립법에 의하여 매립의 면허를 받은 자가 취득한 토지를 양도하는분 부터는 특별부가세의 50%에 상당하는 금액을 면제하고, 89.1.1 이전에 이미 공유수면 매립법에 의하여 매립의 면허를 받은 자가 취득한 토지의 양도분의 특별부가세는 그 세액의 100%에 상당하는 금액을 면제하도록 규정하였으나, 89.12.30 위 법인세법 규정을 폐지하면서 신설한 조세감면규제법 제59조 제10호 및 같은법 부칙 제1조의 규정에 의하면 90.1.1 이후에 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 과거에 매립면허를 받은자에 대한 예외규정을 별도로 두지 아니함으로써 종전에 기히 매립면허를 받아 취득한 매립지를 90.1.1 이후에 양도하는 경우에도 전액 감면혜택을 부여하지 아니하고 50%만 감면받을 수 있도록 정책변경을 반영한 것으로 해석된다(국심92중2211, 92.8.21 재무부 예규, 재산22601-889, 91.7.1 해석임).

(2) 이에 따라 90.1.1 이후인 92.1.9 및 92.11.18 양도한 쟁점토지의 특별부가세는 조세감면규제법(89.12.30 개정) 제59조 제10호의 규정에 의하여 100분의50에 상당하는 세액감면대상에 해당된다 할 것이므로 처분청이 동규정에 따라 특별부가세를 과세함은 정당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.