처분청은 청구인이 1996. 5. 22. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 4,888㎡(이하 “제1사건토지”라 한다)와 1996. 6. 11. 제1사건토지와 연접된 같은 시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지의 토지 255㎡(이하 “제2사건토지”라 한다)를 취득·등기하므로서 구 ○○도도세감면조례(2000. 3. 20. 조례 제2985호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의 규정에 의하여 일반○○○○사업자가 ○○○○사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산으로 보아, 제1사건토지 및 제2사건토지(이하 “이 사건 전체토지”라 한다)에 대한 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하였으나 1996. 12. 28. 이 사건 전체토지상에 지점을 신축하기 위하여 건축허가를 받고 1998. 4. 8. 건축물 9,818.70㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축한 다음, 1998. 5. 18. 임차사용중이던 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 지점을 이 사건 건축물로 이전하였으므로 이 사건 전체토지가 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되어 이 사건 전체토지의 취득가액(3,699,723,280원)에 구 같은법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 101,980,510원, 지방교육세 18,696,420원과 취득세 신고납부시 과소신고납부한 과표(484,790,000원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 11,634,950원, 농어촌특별세 8,906,810원, 합계 141,

218,690원(가산세 포함)을 2002. 1. 16. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1983. 11. 28. ○○○○공급업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 ○○시장의 ○○○○사업허가를 받아 ○○시와 ○○도 일원에 ○○○○를 공급하였으나 1995. 10. 21. ○○도 일원의 ○○○○사업 허가권이 ○○시장으로부터 ○○도지사에게 이관됨에 따라 ○○도지사로부터 ○○○○사업 허가를 다시 받는 과정에서 ○○도지사는 1995. 7. 5. ○○도 ○○시에 ○○지점을 설치하고 전용가스누설점검차량 등의 장비 및 전문인력을 확보(상정 57253-884)토록 함에 따라 1995. 9. 6. ○○지점설립은 1단계로 임대사무실(○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 1995.9.28. 지점등기)로 사용하고 2단계로 자가건물을 확보한다는 계획서를 제출(○○도시 제95-9-103호)하여 1995. 11. 27. ○○○○사업허가(제4호)를 다시 받은 후 ○○지점 신축부지로 사용하고자 1996. 5. 22과 1996. 6. 11. 이 사건 전체 토지를 취득한 다음, 1996. 10. 1. 임차한 건축물을 사업장으로 하여 부가가치세법상 사업자등록을 필하고 이 사건 전체토지상에 ○○지점을 신축하기 위하여 1996. 12. 28. 건축허가를 받고 1998. 4. 8. 건축물 9,818.70㎡를 신축한 다음 1998. 5. 18. 임차한 건축물에서 이 사건 건축물로 지점을 이전하였으므로 사실상 ○○도지점설치일은 인적 및 물적시설을 갖추고 부가가치세법상 사업자등록을 필한 1996. 10. 1.이 해당되고 지점을 설치하기 위하여 취득한 이 사건 전체토지의 등록세 중과세 납세의무는 사실상 지점설치일에 해당되는 사업자등록일인 1996. 10. 1.이라고 보아야 하므로, 이로부터 신고납부기간인 30일이 경과한 1996. 11. 1.부터 부과권이 발생되어 이로부터 5년이내에 중과세율을 적용한 등록세를 부과고지하여야 함에도, 부과권발생일로부터 5년이 경과한 2002. 1. 12. 이 사건 등록세 등을 부과고지한 것은 부당하고, 또한 대도시내 지점설치에 따른 부동산에 대한 등록세를 일반세율의 5배를 중과세하도록 규정하고 있는 구 지방세법 제139조 제1항의 입법취지는 수도권내의 인구집중 및 공해 등을 억제하기 위한 규정으로 서, ○○시에 소재하고 있는 본점에서 근무하는 청구인의 직원이 ○○도로 이동한 것은 인구유입효과는 있을 수도 없고 오히려 수도권중심의 인구를 ○○도 외각지역으로 이전시킨 효과가 있음에도 단지 이 사건 전체토지상에 건축물을 신축하여 지점을 이전하였다는 사유만으로 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 지점을 설치하기 위하여 토지를 취득한 후 동 지상에 건축물을 신축한 다음 임차한 건축물의 지점을 신축한 건축물로 이전한 경우에 동 토지가 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되어 등록세를 중과세할 수 있는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 및 구 같은법시행령 제102조 제2항에서 대도시내에서 당해 지점 등의 설치에 따른 일체의 부동산 등기와 그 설치 이후 5년이내에 취득하는 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세 일반세율의 5배로 중과세한다고 규정하고, 같은법시행규칙 제55조의2에서 지점 등이라 함은 부가가치세법의 규정에 따라 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여 지는 장소를 말한다라고 규정하고 있으며, 같은 법 제30조의4 제1항 및 같은법시행령 제14조의2 제1항에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 그 신고납부기한의 다음날부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다라고 규정하고, 같은 법 제150조의2 제2항과 같은법시행령 제104조의2 제1항 본문 및 제2항 제1호 나목에서 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 중과세 대상이 된 때에는 대도시내에서 법인의 사업장이 사실상 설치된 날로부터 30일이내에 지방세법 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하도록 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 ○○○○공급업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1996. 5. 22과 1996. 6. 11. 이 사건 전체 토지를 취득한 후 1998. 4. 8. 동 지상에 건축물 9,818.70㎡를 신축한 다음 1995. 9. 28.부터 임차한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 지점을 1998. 5. 18. 이 사건 건축물로 이전하였으므로 처분청에서는 이 사건 전체토지가 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 구 지방세법 제138조 제1항의 세율(일반세율의 5배)을 적용하여 산출한 등록세와 취득세 신고납부시 과소신고납부한 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 ○○도지사로부터 ○○○○사업허가를 받는 과정에서 ○○도 ○○시에 ○○도 지점을 설치토록 함에 따라 이 사건 전체토지를 취득하고 1995. 9. 28.부터 임차한 건축물내에서 인적·물적시설을 갖추어 가스공급업을 영위하다가 1996. 10. 1. 임차한 건축물을 사업장으로 하여 부가가치세법상 사업자등록을 필하였으므로 이 사건 전체 토지는 사업자등록일인 1996. 10. 1.부터 지점설치에 따른 부동산에 해당되어 이로부터 신고납부기간인 30일이 경과한 1996. 11. 1.부터 부과권이 발생되므로 이로부터 5년이 경과한 2002. 1. 16. 이 사건 등록세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하고 있지만

지방세법 제30조의4 제1항 및 같은법시행령 제14조의2 제1항에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 그 신고납부기한의 다음날부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다라고 규정하고, 같은 법 제150조의2 제2항과 같은법시행령 제104조의2 제1항 본문 및 제2항 제1호나목에서 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 중과세 대상이 된 때에는 대도시내에서 법인의 사업장이 사실상 설치된 날로부터 30일이내에 신고납부하도록 규정하고 있으므로, 청구인은 1996. 5. 22.과 1996. 6. 11. 이 사건 전체 토지를 취득하고, 1998. 4. 8. 동 지상에 건축물 을 신축한 다음, 1998. 5. 18. 임차사용중이던 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 지점을 이 사건 건축물로 이전하였으므로 이 사건 전체 토지는 사실상 지점을 이전한 날인 1998.5.18. 지점설치에 따른 부동산에 해당되기 때문에 이로부터 30일이내에 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하여야 함에도 신고납부를 하지 아니함에 따라, 처분청에서는 이로부터 5년이내인 2002. 1. 16. 이 사건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단되고,

또한 등록세를 일반세율의 5배를 중과세하도록 규정하고 있는 구 지방세법 제139조 제1항의 입법취지는 인구집중 및 공해 등을 억제하기 위한 규정으로서 수도권인구를 ○○도 외각지역으로 이동시켰을 뿐만 아니라 수도권내로의 인구유입이 없음에도 이 사건 등록세 등을 중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만,

구 지방세법 제139조 제1항의 규정은 대도시내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구소산을 기하는 데에 그 목적이 있는 것이나 일단 법령의 정한 요건 사실이 충족되면 일률적으로 그 법령을 적용하여야 하는 것이 원칙이고 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치여부를 따져 그 적용여부를 결정할 수는 없는 것(같은 취지의 대법원 판례 98두1673, 1999. 3. 26)이므로, 비록 ○○시에서 근무하는 청구인의 직원이 ○○도로 이동하였다고 하더라도 이 사건 전체 토지가 지점설치에 따른 부동산에 해당되어 등록세의 중과세 요건이 충족된 이상, 처분청에서 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등과 이의를 제기하지 아니한 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 6. 24.

행 정 자 치 부 장 관