가. 원고는 자동차 제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인인데, 2004년경 중화인민공화국(이하 ‘중국’이라 한다)에서 지분 50%와 30%를 각 투자하여 동풍열달기아와 현대기차투자유한공사(이하 위 두 회사를 통칭하여 ‘이 사건 중국 자회사’라고 한다)를 설립하였다.

나. 원고는 2010 사업연도부터 2012 사업연도까지 아래 표 기재와 같이 이 사건 중국 자회사로부터 배당금(이하 ‘이 사건 배당금’이라 한다)을 수령한 후 직접외국납부세액공제를 적용하여 피고에게 법인세를 신고하였다.

[표] 2010 내지 2012 사업연도 배당금액 및 외국납부세액공제액 사업 연도 배당금액 원천 징수 세율 직접외국 납부세액 간주외국 납부세액 공제한도초과 이월세액공제 경정청구세액 2010 17,548,608,842 5% 877,430,441 877,430,441 877,430,441 - 2011 231,847,918,100 11,592,395,905 11,592,395,905 - 12,469,826,346 2012 301,210,562,340 15,060,528,117 15,060,528,117 3,773,719,842 11,286,808,275 합계 550,607,089,282 27,530,354,463 27,530,354,463 4,651,150,283 23,756,634,621 (단위 : 원)

다. 원고는 2008. 1. 1. 이후 발생한 잉여금을 재원으로 한 이 사건 배당금에 대하여 직접외국납부세액뿐만 아니라 간주외국납부세액도 공제되어야 하므로 2010 내지 2012 사업연도 귀속 법인세 신고와 관련하여 위 [표]의 ‘간주외국납부세액’란 기재 각 금액을 추가적으로 공제해야 한다는 이유로 피고에게 2014. 3. 31. 2011 사업연도 귀속 법인세 87,430,441원(2010 사업연도 귀속 간주외국납부세액 공제액의 이월에 따른 금액), 2014. 6. 3. 2011 사업연도 귀속 법인세 11,592,395,905원 및 2012 사업연도 귀속 법인세 11,286,808,275원을 환급하여 달라는 내용의 각 감액경정청구를 하였다. 라.

그러나 피고는 2014. 5. 8. 및 2014. 8. 4. 원고에게 ‘2008년...