가. 청구인은 2013.4.1. OOO사업장소재지로 하여 부동산임대업에 대한 사업자등록을 하고, 지상건물(지하 3층〜지상 8층이고, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하면서 2013년 제2기 부가가치세 OOO환급신청하였다.

나. 처분청은 2014.2.25.〜2014.2.27. 기간 동안 청구인의 2013년 제2기 부가가치세 환급신청에 대한 현장확인(이하 “쟁점현장확인”이라 한다)을 실시한 결과, 신축 중인 쟁점건물의 일부 층(3층〜5층)을 의료업(산부인과)으로 직접 사용할 예정이라는 것을 확인한 후, 공통매입세액을 안분계산하고 면세사업 관련 매입세액OOO불공제하여 2014.3.7. 청구인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO환급결정을 하였다.

다. 처분청은 2017년경 OOO세무서장으로부터 가공위장혐의자료를 통보받은 후, 2018.11.22. 청구인에게 과세자료 해명안내(이하 “쟁점해명안내”라 한다)를 하였고, 이에 청구인은 2018.12.12. 2013년 제2기 부가가치세 OOO수정신고․납부하였다.

라. 처분청은 쟁점해명안내에 따른 청구인의 부가가치세 수정신고내용을 검토한 결과, 쟁점현장확인 시 면세사업 관련 공통매입세액을 계산하면서 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용되는 주차장 등의 면적에 대한 안분을 하지 아니한 것으로 확인하고, 2019.1.8. 청구인에게 2013년 제2기 부가가치세 OOO을 각 경정ㆍ고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.3. 이의신청을 거쳐 2019.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청이 2018.11.22. 청구인에게 한 쟁점해명안내는 중복된 세무조사에 해당한다.

(가) 처분청은 2014.2.25.〜2014.2.27. 기간 동안 청구인에 대한 쟁점현장확인을 실시하고, 쟁점건물에 대한 일부 층의 면세사업과 관련 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세 환급결정을 하였으며, 이후 2014년 제1기 부가가치세 환급신청에 대하여도 쟁점현장확인 내용과 동일하게 공통매입세액을 안분계산하였다.

(나) 처분청이 2018.11.22. 청구인에게 OOO로부터 수취한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여 쟁점해명안내를 하였으나, 이는 쟁점현장확인에서 이미 확인된 공통매입세액 안분계산과 관련한 내용이다.

(다) 쟁점건물의 전용 및 공용면적은 청구인의 2013년 제2기 부가가치세 신고 및 처분청의 쟁점현장확인 당시와 변경된 내용이 전혀 없음에도 처분청이 청구인에게 한 쟁점해명안내는 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 새로운 자료를 제시하거나 특별한 사유 없이 중복 과세하는 행위를 제한하는 중복세무조사금지의 원칙에 위배되는 것이다.

(2) 처분청은 2014년 제1기 부가가치세 환급신청에 대하여도 쟁점현장확인과 동일하게 공통매입세액 안분계산을 하면서, 쟁점해명안내 등과 관련한 주의의무를 소홀히 하였다는 어떠한 지적을 하지 아니하였으므로 이 건 쟁점가산세는 감면할 만한 정당한 사유에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청이 청구인에게 한 쟁점해명안내는 단순히 서면확인에 불과하여 세무조사에 해당하지 아니하므로 중복세무조사라는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(가) 처분청은 2017년경 OOO세무서로부터 통보받은 쟁점세금계산서과 관련 가공위장혐의자료를 처리하기 위하여 청구인에게 서면으로 쟁점해명안내를 하였고, 이에 따라 청구인은 관련 매입세액을 불공제하여 2013년 제2기 부가가치세 수정신고를 하였으며, 쟁점해명안내에 따른 청구인의 수정신고내용 등을 검토하는 과정에서 쟁점건물의 부가가치세 공통매입세액에 대한 안분계산 시 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용하는 주차장 등의 면적을 반영하지 아니한 것을 확인하고, 2013년 제2기 및 2014년 제1기 부가가치세를 각 경정ㆍ고지하였다.

(나) 처분청이 부가가치세 공통매입세액에 대한 안분계산의 적정여부를 확인하기 위해서는 불공제대상 매입세액 및 과ㆍ면세사업 안분내용 등을 필수적으로 검토하여야 하는 것이고, 「부가가치세법」제57조 제1항은 사업자의 신고내용에 오류가 있는 경우 이를 즉시 경정하여야 한다고 규정하고 있다.

(다) 「국세기본법」제81조의4 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2 제2호는 2개 이상의 과세기간과 관련한 잘못이 있거나, 과세자료처리 및 국세환급금의 결정 등을 위한 단순확인조사의 경우 중복조사에 해당하지 아니한다고 규정하고 있고(심사-증여-2018-15, 2018.7.25., 참조), 쟁점현장확인 및 쟁점해명안내는 실지조사가 아닌 단순확인차원에서 이루어진 것으로 중복된 세무조사에 해당하지 않는다(인천지방법원 2018.6.14. 선고 2017구합51857 판결, 같은 뜻임).

(2) 쟁점건물의 부가가치세 공통매입세액에 대한 안분계산 시 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용되는 주차장 등의 면적이 반영되지 아니한 것은 청구인이 주의를 기울이면 충분히 알 수 있는 사항으로, 납세자의 고의, 과실, 부지 또는 착오는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 부가가치세 환급신청에 대한 현장확인을 실시한 후, 파생통보받은 과세자료(가공위장매입자료) 처리를 위하여 청구인에게 한 쟁점해명안내 등이 중복세무조사에 해당하는지 여부

② 쟁점가산세가 감면할 만한 정당한 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것)

제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

(3) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(4) 부가가치세법

제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) OOO세무서장은 2016.11.29.〜2017.1.17. 기간 동안 OOO대한 거래질서 관련 조사를 실시하고, 쟁점세금계산서에 대한 가공위장혐의자료를 처분청에 통보하였으며, 청구인은 처분청의 쟁점해명안내를 받은 후, 2018.12.12. 부가가치세 수정신고(쟁점세금계산서 관련 매입세액 불공제)를 하였고, 처분청은 2019년 1월경 청구인의 수정신고내용 등을 검토하는 과정에서 공통매입세액에 대한 안분계산 시 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용되는 주차장 등의 면적이 반영되지 아니한 것을 확인하고, 이 건 2013년 제2기 및 2014년 제1기 부가가치세를 각 경정ㆍ고지하였다.

(나) 청구인의 쟁점건물에 대한 사업자등록내용은 다음과 같다.

(단위 : %)

(다) 처분청은 2014.2.25.〜2014.2.27. 기간 동안 청구인의 2013년 제2기 부가가치세 환급신청에 대한 쟁점현장확인을 실시하였고, 주요내용은 다음과 같다.

(라) 쟁검건물의 등기사항전부증명서 및 건축물대장에 의하면, 공용부분인 주차장 및 기계실 등(면적 2,770㎡)이 확인된다.

(마) 청구인의 주소지 관할 OOO세무서장은 2015.11.18.〜2015.12. 20. 기간 동안 청구인에 대한 2013년 귀속 개인통합조사를 실시하였고, 조사종결보고서 상에 수입금액(매출) 신고누락 및 업무무관경비 외에 쟁점건물의 공통매입세액 안분계산과 관련한 조사(적출)내용은 없는 것으로 확인된다.

(2) 청구인은 2019.4.17. 쟁점건물의 공통매입세액에 대한 안분내역 및 계산근거로 의견서 1매, 건축개요서 1매 및 공제받지 못할 매입세액 명세서(2013년 제2기) 1매 등을 제시하였다.

(3) 국세청 훈령인 조사사무처리규정 제3조 및 제12조에서 규정하고 있는 주요내용은 다음과 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점해명안내 등이 중복세무조사금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 이 건은 쟁점해명안내 후 청구인의 수정신고내용 등을 검토하는 과정에서 부가가치세 공통매입세액에 대한 안분계산 시 주차장 등의 공용면적이 반영되지 아니한 것을 확인하고 「부가가치세법」제57조 제3항에 따라 부가가치세 경정결정을 한 것에 불과한 점, 청구인의 2013년 제2기 부가가치세 환급신청에 대한 쟁점현장확인 및 쟁점해명안내를 세무조사에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2018전1880, 2018.6.28., 대법원 2017.3. 16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점가산세가 감면할 만한 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 가산세 부과의 제한이 되는 정당한 사유란 단순한 법률의 부지나 오해의 범위는 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 부과할 수 없다고 할 것인 점(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결, 같은 뜻임), 쟁점해명안내는 처분청이 가공위장매입자료의 처리를 위하여 청구인에게 단순 서면으로 해명요구를 한 것인 점, 청구인이 신고납세세목인 부가가치세 신고를 하면서 쟁점건물의 등기사항전부증명서 및 건축물대장 상 과ㆍ면세사업에 공통으로 사용되는 공용면적이 있음에도 이를 반영하지 아니하고 ‘공제받지 못할 매입세액’을 공제하여 환급신청한 것은 청구인의 귀책사유에 해당한다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.