가. 청구인은1999.10.15. 취득한 단독주택(기준시가 OOO원상당,“종전주택” 이라 한다)이 재개발됨에 따라2001.12.3. OOOOOOOO OOO OOOO OOOOOOOOO OOOO OOOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였다가 2006.12.8. 양도한 후, 2006.12.31. 양도소득세 신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원,양도차익 OOO원으로 하고, 「조세특례제한법」제99조3(신축주택의취득자에대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 38,121,140원을감면신고하였다.

나. 처분청은 OOO지방국세청장의 「조세특례제한법」제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 청구인이 종전주택 취득시(1999.10.5.)부터 신축주택 양도시(2006.12.8.)까지 양도소득금액 OOO원 전체에 대하여감면적용을 하였는 바, 종전주택 취득일(1999.10.5.)부터 신축주택준공일 전일(2001.12.2)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을 배제하여 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 신축주택 감면과 관련한 종전 예규(서면4팀-320, 2006.2.17.)에 의해 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가2009.1.20. 생산한 재산세과-227(종전주택 기준시가와 신축주택의 기준시가를 적용하는 것임)에 의해 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일 까지의 양도소득금액에 대하여만 감면적용하고, 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면적용을 부인한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

청구인이 신축주택을 양도하고 감면대상 양도차익을 계산함에 있어서종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 전체의 양도차익에 대하여감면을 적용하여 신고하였으나, 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 감면대상은 신축주택취득이후부터 5년간의 양도차익임을 알 수 있다.

따라서, 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과후의 양도소득금액은 감면배제대상이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례】적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 규정상신축주택취득일로부터 신축주택양도일까지의 양도소득금액만이 감면대상으로 보아 이 건처분을 하였고, 청구인은 국세청 예규(서면4팀-320, 2006.2.17.)에 의해 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가2009.1.20. 생산된 재산세과-227(종전 주택 기준시가와 신축주택의 기준시가를 적용하는 것임)에 의해 신축 주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액에 대하여만 감면적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 반한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, 청구인은 1999.10.15. 취득한종전주택이 재개발됨에 따라 2001.12.3.신축주택을 취득하였다가 2006.12.8. 양도한 후, 2006.12.31. 양도소득세 신고시 양도가액OOO,OOO,OOO원, 취득가액 OOO원,양도차익 OOO원으로 하고, 「조세특례제한법」제99조3(신축주택의취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면신고하였으며, 처분청은 OOO지방국세청장의 「조세특례제한법」제99조3의 감면적용대상주택에 관한 특정감사지시에 의해청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 청구인이 종전주택 취득시(1999.10.5.)부터 신축주택 양도시(2006.12.8.)까지 양도소득금액 OOO원 전체에 대하여감면적용을 하였는 바, 종전주택 취득일(1999.10.5.)부터 신축주택 준공일 전일(2001.12.2)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을배제하여 이 건 처분을 하였다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도 소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 청구인은 이 건 처분이소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장 하나, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고,신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정인 「조세특례제한법」제99조의3은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있을 뿐 아니라,과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실도 나타나지 아니한다.

따라서,종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중964., 2012.4.17. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.