가. 주식회사 OOO(이하 “쟁점수혜법인”이라 한다)의 대주주인 청구인은 쟁점수혜법인이 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다), 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다), 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 및 OOO 등 5개 법인(이하 “쟁점증여법인”이라 한다)과 거래하여 발생한 매출(이하 “쟁점거래”라 한다)에 대하여 「상속세 및 증여세법」(2013.1.1. 법률 제11609호로 개정되기 전의 것, 이하 “상증세법”이라 한다) 제45조의3의 규정을 적용하여 2012.12.31. 증여분 증여세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 쟁점증여법인 중 OOO과 OOO에 대한 매출은 변칙적으로 부를 증여하기 위한 것이 아니고 다른 법률에 따라 의무적으로 이루어진 것이라고 보아 2014.8.13. 위 증여세 중 OOO원에 대한 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2014.11.20. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 상증세법 제45조의3의 취지는 특수관계법인간 이루어지는 불공정한 거래를 통하여 부를 이전시키는 변칙적인 증여를 방지하기 위한 것으로 법적, 경제적 상황에 의해 불가피하게 발생하는 거래를 변칙적인 증여로 보아 증여세를 부과하는 것은 해당 조항의 취지에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 것인바, 쟁점수혜법인이 OOO과 OOO에 공급하는 파노센서, 셉센서, CT센서(치과용 기기의 원재료들이고, 이하 “파노센서 등”이라 한다)는 일본 법인인 OOO 외에 국내 생산업체가 존재하지 아니하고, OOO 제품은 쟁점수혜법인의 제품과 차이가 있어 OOO이 OOO 제품을 원재료로 사용하기 위해서는 OOO의 모든 생산라인을 전면적으로 재설치해야 하는 대단위 투자가 발생하게 되며, OOO 제품의 단가가 쟁점수혜법인의 제품 단가보다 현저히 높아 OOO과 OOO가 OOO로 공급처를 바꾸는 경우 계속기업의 가정에 불확실성이 생기는 점 등에 비추어 처분청이 상증세법 제45조의3을 적용하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 「상속세 및 증여세법 시행령」(2013.2.15. 대통령령 제24358호로 개정되기 전의 것, 이하 “상증세법 시행령”이라 한다) 제34조의2 제7항 단서에서 “다른 법률에 따라 의무적으로 특수관계법인과 거래한 경우”에는 증여의제 대상 매출에서 제외한다고 규정하고 있는바, 「의료기기법」상 변경허가를 위하여 제출해야 하는 각종 자료를 구하기가 쉽지 아니하여 변경허가를 받기가 어려운 점에 비추어 쟁점거래는 실질적으로 「의료기기법」에 따라 의무적으로 발생한 거래에 해당하므로 처분청이 상증세법 제45조의3을 적용하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 상증세법 제45조의3 제1항은 특수관계법인 거래비율, 지배주주 요건 등을 충족하면 지배주주가 수혜법인 영업이익의 일정비율을 증여받은 것으로 의제하는 규정인바, OOO과 OOO가 쟁점수혜법인을 공급자로 선정할 수밖에 없었다는 사정만으로 위 규정의 적용을 배제하여야 한다는 청구인의 주장은 아무런 법적 근거가 없으므로 처분청이 상증세법 제45조의3의 적용을 배제하지 아니하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

(2) 상증세법 시행령 제34조의2 제7항 단서의 “다른 법률에 따라 의무적으로 특수관계법인과 거래한 경우”라 함은 그 문언대로 법적 거래의무가 부과된 경우를 의미하는 것으로 보아야 하는바, 변경허가 절차에 많은 자료의 제출이 요구된다는 등의 사정만으로 「의료기기법」이 OOO 등에 쟁점수혜법인과의 거래의무를 부과하고 있는 것으로 보기 어려우므로 처분청이 상증세법 제45조의3의 적용을 배제하지 아니하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 특수관계법인과의 거래를 통해 이익을 얻은 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 상속세 및 증여세법

제45조의3【특수관계법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】① 법인의 사업연도 매출액(괄호 생략) 중에서 그 법인의 지배주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인에 대한 매출액이 차지하는 비율(이하 이 조에서 “특수관계법인거래비율”이라 한다)이 그 법인의 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 비율(이하 이 조에서 “정상거래비율”이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 법인(이하 이 조 및 제68조에서 “수혜법인”이라 한다)의 지배주주와 그 지배주주의 친족(괄호 생략)이 다음 계산식에 따라 계산한 이익(이하 이 조 및 제55조에서 “증여의제이익”이라 한다)을 각각 증여받은 것으로 본다.

수혜법인의 세후영업이익 × 정상거래비율을 초과하는 특수관계법인거래비율 × 한계보유비율을 초과하는 주식보유비율

(2) 상속세 및 증여세법 시행령

제34조의2【특수관계법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】 ③ 법 제45조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 법인”(이하 이 조에서 “특수관계법인”이라 한다)이란 제1항에 따른 지배주주와 제12조의2 제1항 제3호부터 제8호까지의 관계에 있는 자를 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(법 제45조의3 제1항에 해당하는 수혜법인이 둘 이상인 경우에는 해당 수혜법인별로 각각 판단한다)는 제외한다.

1. 수혜법인이 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인과 그 법인이 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인

2. 수혜법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제8조에 따른 지주회사인 경우로서 같은 법 제2조 제1호의3에 따른 수혜법인의 자회사와 같은 법 제2조 제1호의4에 따른 수혜법인의 손자회사(같은 법 제8조의2 제5항에 따른 증손회사를 포함한다)

3. 수혜법인이 속한 기업집단(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제9조에 따른 상호출자제한기업집단을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 아닌 다른 기업집단의 소속 기업

⑦ 법 제45조의3 제1항에서 특수관계법인거래비율을 계산할 때 특수관계법인이 둘 이상인 경우에는 각각의 매출액을 모두 합하여 계산하며, 법 제2조 제4항을 적용한다. 다만, 수혜법인이 제품·상품의 수출을 목적으로 국외에 소재하는 특수관계법인과 거래한 매출액 및 다른 법률에 따라 의무적으로 특수관계법인과 거래한 경우의 해당 매출액은 특수관계법인에 대한 매출액에서 제외한다.

(3) 의료기기법

제6조【제조업의 허가 등】① 의료기기의 제조를 업으로 하려는 자는 제조소별로 식품의약품안전청장의 제조업허가를 받아야 한다.(단서 생략)

② 제1항 본문에 따라 제조업허가를 받은 자(이하 “제조업자”라 한다)는 제조하려는 의료기기에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 제조허가를 받거나 제조신고를 하여야 한다.

1. 인체에 미치는 잠재적 위해성이 낮아 고장이나 이상이 발생하더라도 생명이나 건강에 위해를 줄 우려가 거의 없는 의료기기로서 식품의약품안전청장이 정하여 고시하는 의료기기 : 품목류별 제조허가 또는 제조신고

2. 제1호 외의 의료기기 : 품목별 제조허가 또는 제조신고

⑤ 제조업자는 제2항에 따라 제조허가를 받거나 제조신고를 하려는 경우에는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 기술문서, 임상시험자료 등 필요한 자료를 식품의약품안전청장에게 제출하여야 한다.

제12조【변경허가 등】① 제조업자는 제6조 제1항 본문 또는 제2항에 따라 허가받은 사항 또는 신고한 사항이 변경된 경우에는 식품의약품안전청장에게 변경허가를 받거나 변경신고를 하여야 한다.

(4) 의료기기법 시행규칙

제5조【제조허가 및 제조신고의 절차】① 법 제6조 제2항에 따라 의료기기의 제조허가를 받고자 하는 자는 별지 제3호서식의 신청서(괄호 생략)에 다음 각 호의 서류(괄호 생략)를 첨부하여 1등급·3등급·4등급 의료기기의 경우에는 식품의약품안전청장에게, 2등급 의료기기의 경우에는 제조소의 소재지를 관할하는 지방식품의약품안전청장에게 제출하여야 한다.

1. 기술문서와 임상시험자료 등(이하 “기술문서등” 이라 한다) 또는 제7조 제4항에 따른 기술문서 등의 심사결과통지서로서 발행일부터 2년이 지나지 아니한 것.(단서 생략)

2. 제조공정의 전부를 위탁하는 경우 해당 수탁자가 별표 2 제3호 가목에 따라 제조공정을 전부 위탁받을 수 있는 자에 해당하는지를 증명할 수 있는 서류

제7조【기술문서등의 심사】① 제조허가를 받고자 하는 자는 법 제6조 제5항의 규정에 따라 제출하여야 하는 기술문서 등의 적합성에 관하여 미리 식품의약품안전청장의 심사를 받을 수 있다.(단서 생략)

② 제1항에 따른 기술문서 등의 심사를 받고자 하는 자는 별지 제7호 서식의 심사의뢰서(괄호 생략)에 다음 각 호에 해당하는 자료(괄호 생략)를 첨부하여 식품의약품안전청장 또는 기술문서심사기관의 장에게 제출하여야 한다.(단서 생략)

1. 이미 허가받은 제품과 비교한 자료

2. 사용목적에 관한 자료

3. 작용원리에 관한 자료

4. 제품의 성능 및 안전을 확인하기 위한 다음 각 목의 자료로서 시험규격 및 그 설정근거와 실측치에 관한 자료.(단서 생략)

5. 기원 또는 발견 및 개발경위에 관한 자료

6. 임상시험에 관한 자료

7. 외국의 사용현황 등에 관한 자료

③ 제2항에도 불구하고 체외진단분석기용 시약에 대하여 기술문서 등의 심사를 받으려는 자는 별지 제7호 서식의 심사의뢰서(괄호 생략)에 다음 각 호에 해당하는 자료(괄호 생략)를 첨부하여 식품의약품안전청장에게 제출하여야 한다.

1. 개발경위, 측정 원리·방법 및 국내외 사용현황에 관한 자료

2. 원자재 및 제조방법에 관한 자료

3. 사용목적에 관한 자료

4. 저장방법과 사용기간 또는 유효기간에 관한 자료

5. 성능시험에 관한 자료

6. 시약의 취급자 안전에 관한 자료

제14조【허가사항의 변경허가 신청 등】③ 법 제12조 제1항에 따라 제조업자는 제조허가를 받거나 제조신고한 사항에 변경이 있는 때에는 별지 제21호 서식의 변경허가신청서(괄호 생략) 또는 별지 제5호서식의 신고서(괄호 생략)에 다음 각 호의 서류(괄호 생략)를 첨부하여 1등급·3등급·4등급 의료기기에 대한 변경허가의 경우에는 식품의약품안전청장에게, 변경신고 및 2등급 의료기기에 대한 변경허가의 경우에는 제조소의 소재지를 관할하는 지방식품의약품안전청장에게 각각 제출하여야 한다.

3. 의료기기의 설계, 재료, 화학적 구성요소, 에너지원, 제조과정 등 제품의 안전성이나 유효성에 영향을 미치는 중요한 사항이 변경된 때에는 제5조 제1항 제1호에 따른 서류

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO과 OOO가 쟁점수혜법인에서 OOO로 파노센서 등의 공급처를 변경하는 경우 청구인이 계산한 2010년부터 2012년까지의 예상손실은 아래 <표1>과 같다.

○○○

(2) 청구인은 시장현황을 설명하기 위하여 OOO대학교 기계공학부 김OOO 교수, OOO대학교 방사선학과 조OOO 교수의 의견서를 제출하였고, 각 의견서의 주요내용은 아래와 같다.

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 상증세법 제45조의3 제1항에서 거래비율이 일정수준을 초과하면 수혜법인의 영업이익을 기준으로 계산한 이익을 그대로 증여이익으로 보도록 규정하고 있는바, OOO과 OOO가 쟁점수혜법인에서 OOO로 파노센서 등의 공급처를 변경하면 손실이 발생한다 하더라도 위 규정의 적용을 배제할 수 있다고 보기 어려운 점, 같은 법 시행령 제34조의2 제7항 단서에서 증여의제의 예외사유로 규정하고 있는 “다른 법률에 따라 의무적으로 특수관계법인과 거래한 경우”라는 문구는 법률상 거래의무가 부과된 경우를 의미한다고 보아야 하는바, 의료기기법령상 허가·심사 등 절차에 관한 규정만으로 법률상 거래의무가 부과되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 상증세법 시행령 제34조의2 제7항 단서에 해당하지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.