다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의1, 2, 제2호증의1, 제3호증의1, 을 제1호증, 제3호증의1, 제4호증의2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○○○이라는 상호로 건설업을 하는 자로서 2002. 6. 3. 주식회사 ○○로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 지상 ○○타워 신축공사 중 가시설공사를 도급받은 후, 같은 달 5. 소외 김○○에게 위 가시설공사 중 토공사를 제외한 나머지 부분을 하도급 하였다.

나. 원고는 2002년 귀속 종합소득세를 신고함에 있어 주식회사 ○○○○○○(이하 ○○○○○○이라고 한다) 명의의 공급가액 43,406,510원 상당의 세금계산서(이하 이 사건 세금계산서라고 한다)를 근거로 하여 그 공급가액을 필요경비로 공제하였다.

다. 피고는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것으로 보아 이 사건 세금계산서상의 공급가액을 필요경비에 불산입한 다음 2006. 1. 3. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 21,066,254원을 증액경정 · 고지(이하 이 사건 처분이라고 한다)하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 세금계산서는 김○○이 위 공사를 위하여 소외 홍○○으로부터 에이치빔을 구입하면서 그 대금 43,406,510원을 원고로부터 받은 공사대금으로 지급하고 홍○○으로부터 교부받아 원고에게 다시 교부한 것이어서 그 공급가액은 필요경비에 산입되어야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로 소득세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액이 실지비용인지 여부가 다투어져서 그것이 허위임이 밝혀지거나 납세의무자 스스로 신고금액이 허위임을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용에 소요되었다고 주장하는 경우에는 그 다른 비용의 존재와 액수에 대하여는 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다.

그런데 원고의 위 주장에 의하면, 원고는 그의 수급인인 김○○과 소외 홍○○ 사이에 에이치빔 거래가 있었을 뿐 이 사건 세금계산서상의 공급받는 자인 원고 자신과 그 발행자인 ○○○○○○ 사이에서는 이 사건 세금계산서의 내용에 부합하는 거래가 없었던 사실을 자인하고 있으므로, 이 사건 세금계산서상의 공급가액이 그 금액만큼의 다른 비용에 소요되었다는 점에 관하여는 원고가 이를 입증하여야 할 것이다.

그러므로 과연 원고가 그 주장과 같이 이 사건 세금계산서의 공급가액에 상당하는 금원을 김○○에게 공사대금으로 지급하고, 김○○이 그 대금으로 홍○○으로부터 에이치빔을 구입하였는지 여부에 관하여 살피건대, 이에 부합하는 갑 제5호증의 1, 2의 각 기재와 증인 김○○의 증언은, 김○○이 홍○○에게 에이치빔 대금을 지급하였다는 점을 인정할 객관적인 자료인 영수증 등은 없는 반면에 갑 제4호증의 2, 을 제4호증의 3의 각 기재에 의하면 2002. 9. 10. 원고가 관리하는 원고의 형인 정○○ 명의의 예금계좌에서 ○○○○○○ 계좌로 이 사건 세금계산서상의 부가가치세액에 해당하는 4,340,651원이 송금된 사실이 인정되는 점에 비추어 믿기 어렵고, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제6호증의 1 내지 5의 각 기재만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 피고가 이 사건 세금계산서에 따른 거래를 가공거래로 인정하여 그 공급가액을 필요경비에 불산입하여 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.