청구인 소유의 제주도 제주시 O동 OOOOOO 전 1,209㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 92.12.30 사업인정 고시된 OO택지개발예정지구안에 있는 토지로서 94.12.5 한국토지개발공사에 의하여 수용되었다.

처분청은 쟁점토지에 대한 양도소득세를 구 조세감면규제법(93.12.31 개정전의 것) 제57조 제1항 제2호 및 93.12.31 개정된 조세감면규제법(법률 제4666호) 부칙 제16조 제8항의 규정에 의하여 전액 감면하고, 농어촌특별세법 제3조 제1호의 규정에 의하여 위 양도소득세 감면에 대한 94년 귀속분 농어촌특별세 6,053,160원을 95.10.16 청구인에게 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 95.10.30 심사청구를 거쳐 95.12.16 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

농특세 비과세에 관한 규정인 농특세법시행령 제4조 제7항을 보면 “조감법 부칙(법률 제4666호) 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에는 동 경과조치 또는 특례에 대해서도 농특세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있는 바, 쟁점토지의 양도소득세는 동 조감법 부칙 제16조 제3항 제1호의 “92년12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우”로 위 부칙의 경과조치 규정에 의하여 양도소득세가 전액 감면된 것은 틀림없으므로, 농어촌특별세법 제4조 제7항의 규정에 의하여 농어촌특별세도 비과세되어야 한다.

나. 국세청장 의견

이 건 농지가 한국토지개발공사에 수용되었으나 청구인이 농지소재지에서 8년이상 자경한 근거가 보이지 아니하므로 농어촌특별세를 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없어 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 감면의 경우 농어촌특별세 비과세 대상인지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

농어촌특별세법 제2조 제1항 및 제3조 제1호에서 조세감면규제법등에 의하여 소득세등을 감면받은 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은법 제4조 제2호 및 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에서는 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 토지를 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용당함으로 인하여 얻은 소득에 대한 양도소득세를 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 감면받은 경우에는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있다.

한편, 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에서는 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 조세감면규제법(93.12.31 개정법률 제4666호) 부칙 제16조 제3항 제1호에서는 92.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

(1) 쟁점토지는 92.12.30 사업인정 고시된 OO택지개발예정지구안에 있는 토지로서 94.12.5 한국토지개발공사에 의하여 수용되었고, 이에 따라 발생한 소득에 대한 양도소득세는 조세감면규제법령의 규정에 의하여 비과세된 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청이 쟁점토지는 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 농지가 아니므로 그 양도소득세 감면은 농어촌특별세 비과세 대상이 아니라고 보아 과세한 데 대하여, 청구인은 쟁점토지의 경우 92.12.31 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지로서 토지수용법에 의하여 수용되었으므로 93.12.31 개정된 조세감면규제법(법률 제4666호) 부칙 제16조 제3항 제1호에 의하여 양도소득세 면제대상이고 따라서 그에 대한 농어촌특별세도 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의하여 비과세 되어야 한다고 주장하고 있으나,

위 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세 대상에 해당되고 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 비과세한다는 의미인 바, 쟁점토지의 경우 92.12.31 이전에 사업인정 고시된 사업지역 안의 토지로서 토지수용법에 의하여 수용되었으므로 위 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에 해당된다 하겠으나, 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 농지가 아닌 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 비과세 대상에 해당되지 아니하므로 위 농어촌특별법시행령 제4조 제7항의 적용 대상이 아니다.

위의 사실과 관련법령을 종합해 볼 때, 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의한 농어촌특별세 비과세 대상이라는 청구주장은 법령 해석의 오류에서 비롯된 주장으로 이유없고, 처분청의 과세처분은 타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.