청구인 OOO, OOO은 경기도 광명시 OO동 OOOOOOO OOOO OOOO(대지 450㎡)에 부동산 임대업을 영위할 목적으로 90.8.23 청구인 2인을 공동사업자로 하여 사업자등록을 하고 91.8.29 임대사업용 건물(지하2층·지상6층 2,378.675㎡로서 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축준공한 후 91.10.26 쟁점건물에 대한 공유물 분할등기를 하였으며(지하1층, 지상1·3·5·6층은 OOO 소유로 등기하고, 지상2층은 OOO 소유로 등기함), 청구인중 OOO(의사)은 91.9.18 쟁점건물에서 의료업을 개시하는 것으로 하여 사업자등록을 한 후 90년 2기와 91년 1, 2기중 쟁점건물 신축에 따른 부가가치세 매입세액 131,906,930원을 환급받은 사실이 있다.

처분청은 쟁점건물중 583.625㎡는 청구인중 OOO이 부가가치세 면세사업(의료업)에 공하고 있다고 하여 동 면적부분에 해당하는 매입세액에 대하여는 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 불공제하고 92.12.16 부가가치세 54,413,210원을 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.2.10 심사청구를 거쳐 93.6.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

처분청은 청구인중 OOO이 부동산임대업과 면세사업인 의료업을 겸영하고 있다고 보아 이 건 과세하였으나, OOO은 OOO과 쟁점건물을 임대하고 있는 공동사업자로서 OOO이 의료업에 사용하고 있는 부분에 대하여는 위 공동사업체(OOO과 OOO이 구성하는 조합)에게 임차료 및 관리비등 까지 지불하고 있고 임대업에서 발생하는 소득도 각자 별도신고한 사실이 있는 바, 이와 같이 청구인은 쟁점건물 전체를 과세사업용인 임대업에 공하고 있으므로 이 건 매입세액 불공제한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구인 2인은 쟁점건물을 신축준공한 후 각층을 개별적으로 구분소유하고 있는 점등으로 볼 때 쟁점건물에 대한 임대업을 공동으로 영위하고 있는 것으로 볼 수 없으므로 청구인중 OOO이 면세사업(의료업)에 사용하고 있는 부분에 대하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 건은 쟁점건물중 의료업에 공하고 있는 부분에 대하여 매입세액을 불공제한 당초처분의 당부를 가리는데 다툼이 있다.

관련 법규정을 보면,

부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항 제4호에서 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 동법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 다음 산식에 의하여 계산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × 이라고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제2조(납세의무자) 제1항에서 “영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다”고 규정하고 있으며, 동법 제5조(등록)에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다”고 규정하고 있다.

이 건 사실관계를 보면,

첫째, 청구인중 OOO(의사)이 처분청 조사시 진술한 쟁점건물의 신축목적을 보면 OOO이 병원을 경영하고 사무실 용도로 일부 임대하기 위하여 신축하였음이 92.9.7 작성한 문답서에 의해 확인되고 있고, 쟁점건물을 신축준공한 후 91.10.26 보존등기한 내용을 보면 건물용도를 의원 및 근린생활시설로 하여 지하1층, 지상1, 3, 5, 6층(1,313.675㎡)은 OOO 소유로 등기하고 지상2층(240.835㎡)은 OOO 소유로 등기한 것으로 되어 있는 바, 이와 같이 쟁점건물의 준공직후 각층별로 청구인 2인 명의로 각각 구분등기한 점등으로 미루어 볼 때 당초부터 청구인 2인이 공동으로 부동산임대업을 영위하기 위하여 신축한 것으로는 보여지지 아니한다.

둘째, 청구인 2인은 공동으로 부동산임대업을 영위하였음을 주장하면서 공동사업계약서, 사업자등록증등을 제시하고 있으나 당초 공동사업계약서상의 출자금액을 보면 OOO이 100,000,000원, OOO이 50,000,000원으로 되어 있고, 쟁점건물의 등기부상에 나타난 건물의 소유지분을 보면 OOO이 1,313.675㎡, OOO이 240.835㎡로 되어 있어 당초계약서상의 출자비율(2:1)과 건물등기부상의 출자비율(5.5:1)이 서로 상이하게 나타나고 있고 쟁점건물의 임대에서 발생한 소득의 배분에 관한 구체적인 증빙자료도 제시한 것이 없을 뿐만 아니라 결과적으로 OOO 개인이 자기자신과 임대차계약을 한 결과가 되어 공동으로 부동산임대업을 영위하였다는 청구주장을 인정하기는 어렵다.

셋째, 처분청의 조사자료에 의하면 청구인들은 형제간으로서 청구인 OOO(의사)의 경우는 쟁점건물중 자기명의 등기된 583.625㎡를 자기병원용도로 사용하고 있음이 확인되고 있고, 한편, OOO은 동 병원용도로 사용하고 있는 부분에 해당하는 월 임차료로 5,381,534원을 공동사업체(OOO, OOO의 공동임대사업체)에게 지불하였다는 주장이나 이를 뒷받침하는 금융자료등 증빙자료를 제시하지 못하고 있다.

넷째, 위와 같이 쟁점건물의 소유권이 각층별로 구분되어 있어 청구인 각자가 임대용역을 독립적으로 공급할 수 있는데도 청구인 OOO, OOO은 각자의 사업장마다 자기명의로 사업자등록을 하지 아니하고 특별한 이유도 없이 부동산임대업을 공동으로 영위하는 것으로 등록한 것은 부가가치세법 제2조 및 제5조의 규정에 비추어 볼 때 부적합하다 할 것이다.

위 사실을 종합해 볼 때 청구인 OOO은 부동산임대업과 의료업을 형식적으로는 별도 구분하여 사업자등록을 하였다 하더라도 실질적으로는 겸영하고 있는 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점건물중 OOO이 의료업에 공하고 있는 부분에 대하여 매입세액 불공제한 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다.

다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.