가. 청구법인은 1997.11.1. 개업하여 OOO을 본점소재지로 하여 건설업(토공사, 철근콘크리트공사 및 상하수도설비공사 등)을 영위하는 법인으로, OOO로부터 도급받은 원도급자 OOO로부터 하도급 받아 OOO 배수개선사업의 토목공사 및 콘크리트공사를 하면서 2015년 제2기 과세기간 중 OOO(대표자 OOO, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 굴삭기 임차․사용에 따른 장비사용료 공급가액 OOO 상당의 매입세금계산서 3매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 관련 매입세액 공제 및 손금산입하여 2015년 제2기 부가가치세 및 2015사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.9.20.～2018.10.29. 기간 동안 쟁점거래처에 대하여 조사를 실시한 결과, 쟁점거래처의 명의상 대표자는 OOO이나 실사업자는 OOO으로 보고, 청구법인과 OOO과의 거래를 실지거래 없는 가공거래로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 실지거래 없는 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액 불공제 및 손금부인하여 2019.12.5. 청구법인에게 OOO을 각 경정․고지하였다.

다. 이후 2020.1.21. 청구법인이 이의신청을 제기한 결과 OOO지방국세청장은 2020.4.24. 재조사결정을 하였고, 이에 따라 처분청은 2020.5.29.～2020.7.6. 기간 동안 청구법인에 대하여 재조사를 실시한 후 2020.7.6. 당초 처분을 유지하는 결정을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서는 쟁점거래처의 실사업자가 누구이든 OOO에서 발주한 OOO 배수개선사업의 토목공사 및 철근콘크리트공사 시에 쟁점거래처로부터 실지로 용역을 제공받고 수취한 세금계산서이다.

(가) 쟁점거래처는 실사업자가 OOO이 아니라 OOO으로 실거래 없이 세금계산서를 수수하였다는 이유로 「조세범처벌법」위반혐의로 조사청으로부터 고발되었으나, 검찰은 쟁점거래처가 5개 업체에게 2015년 제2기 및 2016년 제1기 과세기간 중 총 공급가액 OOO의 세금계산서(9매)를 실물거래 없이 발급한 것으로 보아 기소하였으나, 쟁점세금계산서는 포함하지 않아 실지거래가 있었던 것으로 인정하였다.

(나) 청구법인은 쟁점거래처 대표 OOO과 건설기계임대차 표준계약을 체결하였고 공사현장에서 매일 굴삭기 기사가 발행한 운행확인서를 당시 청구법인의 현장과장OOO이 수령․확인하였으며, OOO은 2015.10.31. 장비대금을 통장으로 받으면 압류가 되므로 서면으로 현금결제를 요청하면서 굴삭기OOO 기사인 OOO에게 지급해 줄 것을 전화로 요청하였으므로 청구법인은 OOO로부터 입금표를 받고 장비대금을 현금 지급하였고, 대금지급 사실을 분명히 하기 위하여 2016.4.5. 쟁점거래처 대표 OOO으로부터 현금수령확인서를 받았으며, 기사 OOO로부터도 자신의 건설업 기초안전보건교육 이수증과 건설기계조종사면허증을 복사하여 첨부한 확인서를 받았다.

(다) 청구법인은 OOO 배수개선사업에 총 굴삭기 사용료가 어느 정도 소요되는 것인지 검토하는 과정에서 발주자인 OOO가 2014년 12월 작성한 OOO를 원도급자인 OOO 부장으로부터 전달받았다.

1) 배수개선사업 사업계획서 중 ‘소요자원 검토집계’ 내용을 살펴보면 OOO 배수개선사업에 총 OOO의 굴삭기비용이 소요될 것으로 추산되어 있어 원도급자 OOO가 발주자로부터 도급받은 원도급액 OOO의 65.21%에 해당되는 OOO의 공사를 청구법인이 하도급 받았기에 굴삭기비용의 경우 OOO의 65.21%에 해당하는 OOO이 청구법인이 OOO로부터 하도급 받은 공사금액OOO의 굴삭기비용에 해당되는 금액이다.

2) 청구법인의 2015년 1차 공사OOO시 쟁점세금계산서를 포함하여 OOO의 장비사용료가 소요되었고, 2016년 2차 공사OOO 시에는 OOO의 장비사용료가 소요되었으므로, OOO 배수개선사업에 총 OOO의 굴삭기 사용료가 소요되어 OOO의 의뢰로 설계사무소에서 추정한 굴삭기 사용료 OOO에 훨씬 미달되는 금액이다.

(라) OOO지방국세청장은 이의신청 재조사결정 사유로 청구법인이 증빙으로 제출한 건설기계임대차 표준계약서, 운행확인서, 장비대금 결제요청서, 건설기계등록증 등의 진위여부에 대한 확인이 필요하고, 실제 공사가 이루어졌는지 및 실제 공사를 누가 진행하였는지와 관련한 구체적이고 세부적인 공사 관련 증빙제시가 없었다고 주장하였으나,

1) 건설기계임대차 표준계약서, 운행확인서와 장비대금 결제요청서의 진위여부에 대한 확인이 필요하다는 것이 쟁점거래처가 작성한 것인지, 청구법인이 임의로 작성한 것인지, 쟁점거래처가 작성한 것은 사실이나 거래 당시에 작성한 것인지, 이의신청을 하면서 급조한 것인지에 대한 의문인지가 분명하지 않으며, 진위여부에 대한 확인이 필요하다면 쟁점거래처 또는 굴삭기 기사인 OOO를 상대로 조사를 하거나 문서감정을 하면 될 것이나, 재조사결과통지서에는 이에 대한 내용이 없다.

2) 또한 실제 공사가 이루어졌는지 및 실제 공사를 누가 진행하였는지에 대한 증빙제시가 없다고 하였으나, 청구법인은 발주처인 OOO의 원도급계약서, 청구법인과 OOO의 공사(하)도급계약서, OOO지방검찰청의 공소장, 건설기계임대차 표준계약서, 운행확인서, 장비대금결재요청서, 입금표, 현금수령확인서, OOO 배수개선사업계획서 등을 공사 관련자료를 제출한 사실이 있으며, 청구법인이 OOO 배수개선사업 토목공사 및 철근콘크리트공사를 실제 하였는지, 굴삭기가 투입되었는지는 OOO에 직접 방문하거나 공문만 발송하여도 확인이 가능한 일이다.

(2) 쟁점거래처의 실사업자가 OOO이 아니라 OOO으로 밝혀졌다 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자로서 부가가치세 매입세액공제는 인정되어야 한다.

(가) 청구법인은 원도급자 OOO 부장의 소개를 받고 쟁점거래처와 거래를 하게 되었고, 쟁점거래처 대표자 OOO을 만나 명함을 받고 기업의 실체와 신분을 확인하기 위하여 사업자등록증, 인감증명, 건설기계등록증(3매)을 제시할 것을 요구하여 교부받고 사업자등록증상의 대표자와 굴삭기의 실소유주가 동일함을 확인하고 거래하기로 결정하고 쟁점거래처 대표 OOO과 건설기계임대차 표준계약을 체결하였던 것이다.

(나) 관련 판례(대법원 1985.12.10. 선고 85누478 판결 등 다수)는 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 그 거래에 따른 세금계산서를 교부받은 경우 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 밝혀졌다고 하더라도 당해 사업자가 이와 같은 사실을 모르고 거래를 한 선의의 거래당사자라고 하면 경정결정이나 또는 형사상 「조세범처벌법」위반의 처벌 등 불이익한 처벌을 할 수는 없는 것이므로 그 거래부분은 선의의 거래로서 이에 관한 매입세액은 공제되어야 한다고 판시하고 있다.

(다) 위와 같이 쟁점거래처의 실체와 신분을 확인하기 위하여 사업자등록증, 인감증명, 건설기계등록증을 제시할 것을 요구하여 교부받고 사업자등록증상의 대표자와 굴삭기의 실소유주가 동일함을 확인하고, 쟁점거래처 대표 OOO과 건설기계임대차 표준계약을 체결하였으며, 공사현장에서 매일 일하는 굴삭기 기사로부터 쟁점거래처 발행 운행확인서를 발급받는 등 청구법인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서 대금지급의 적정 여부

(가) 청구법인은 이의신청 당시 쟁점거래처에 대금지급을 위해 청구법인 통장에서 청구법인의 대표자OOO 개인통장으로 대금을 송금한 후 대표자의 통장에서 출금하여 현금 지급하였다고 주장하였으나, 재조사 도중 당초 진술을 바꿔 대표자가 기존에 보유하고 있던 현금으로 지급하였다고 진술하였다.

(나) 쟁점거래처로 지급한 금융거래내역이 입증되지 않고, 청구법인이 당초 진술한 내용과 재조사시 진술한 내용이 상이하여 매입대금을 지급하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙서류의 진위 여부

(가) 청구법인이 제출한 건설기계 운행확인서, 입금표, 확인서(작업기사 및 현금수령인) 등을 보면, 쟁점거래처의 굴삭기 기사로 근무하였다는 OOO가 서명한 것으로 되어 있고, 청구법인 또한 당시 현장 굴삭기 기사인 OOO에게 매입대금을 현금으로 지급하였다고 진술하였는바, 이에 처분청은 재조사시 OOO를 직접 만나 확인한 결과 OOO는 쟁점거래처 및 OOO 배수개선사업 공사현장에서 근무한 사실이나 현금수령도 한 사실이 없으며, 청구법인이 제출한 서류상의 본인 서명은 위조된 것이라고 진술하였다.

(나) OOO의 2015년 소득신고내역을 검토한바, 쟁점거래처로부터 소득을 지급받았다고 신고된 내역이 없고, 건설기계 운행확인서상 근무기간인 2015.10.1.～2015.12.31. 기간 동안 OOO에서 근무하였고 그에 따른 급여를 지급받은 사실을 확인하였다.

(다) 청구법인이 제출한 증빙서류인 장비대금 결제요청서, 현금수령확인서, 확인서(작업기사 및 현금수령인), 건설기계임대차 표준계약서, 입금표, 세금계산서의 작성시기를 파악하기 위해 2020.6.4. OOO로 문서감정을 의뢰하였는바, 2020.6.12. ‘문서감정이 불가하다’는 내용의 공문을 수신하였다.

(라) 위와 같은 내용을 종합해 볼 때, 청구법인이 제출한 건설기계운행확인서, 입금표, 확인서 등 실지공사 및 대금지급 관련 증빙서류는 위조된 것으로 보인다.

(3) 배수개선공사를 위해서는 굴삭기가 투입되어야 한다는 청구법인의 주장에 대하여

(가) 청구법인은 배수개선공사가 굴삭기가 필요한 공사이므로 쟁점거래처의 굴삭기를 매입한 것이 사실이라고 주장하나, 쟁점거래처의 굴삭기 매입비용은 OOO 배수개선사업에 투입된 전체 굴삭기 매입비용의 23%에 불과하여 쟁점거래처의 굴삭기가 없어도 공사가 가능한 것으로 보인다.

＜표＞ OOO 배수개선사업에 투입된 굴삭기 사용료 지급내역

(나) 또한 청구법인이 제출한 공사현장사진은 사진에 있는 굴삭기의 번호판이 식별되지 않아 실제 쟁점거래처로부터 매입한 굴삭기인지 타 업체에서 매입한 굴삭기인지 여부가 확인되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점거래처와의 매입거래를 실물거래 없는 가공거래로 보아 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2014.12.23. 법률 제12851호로 개정된 것)

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2015.10.23. 대통령령 제26600호로 개정된 것)

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 국세통합전산망상 청구법인과 쟁점거래처의 사업자현황 및 부가가치세 신고내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 청구법인 사업자현황

＜표＞ 쟁점거래처 사업자현황

＜표＞ 부가가치세 신고내역(청구법인)

(나) 청구법인이 2015년 제2기 과세기간 중에 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서(3매)는 아래 ＜표＞와 같은바, 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 매입세액 공제 및 손금산입하여 2015년 제2기 부가가치세 및 2015사업연도 법인세 신고를 하였다.

＜표＞ 쟁점세금계산서 내역

(다) 조사청은 2018.9.20.～2018.10.29. 기간 동안 쟁점거래처에 대하여 조사를 실시한 결과, 쟁점거래처의 명의상 대표자는 OOO이나 실사업자는 OOO이고, OOO과 청구법인과의 거래는 실물거래 없는 가공거래로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서를 실지거래 없는 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액 불공제 및 손금부인하여 2019.12.5. 청구법인에게 OOO을 각 경정․고지하였다.

(라) 조사청은 쟁점거래처 실사업자 OOO을 「조세범처벌법」등 위반 혐의로 고발하면서, 청구법인과의 쟁점세금계산서를 허위(가공)세금계산서 발급내역에 포함하였으나, 검찰은 범죄사실에 청구법인과의 쟁점세금계산서를 제외하고 공소를 제기한 것으로 나타난다OOO.

(마) 이의신청 재조사결정에 따라 처분청은 2020.5.29.～2020.7.6. 기간 동안 청구법인에 대하여 부가가치세 부분조사(재조사)를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 당초 부과처분OOO을 유지하는 것으로 조사를 종결하였는바, 조사종결보고서(2020년 7월)의 주요내용은 다음과 같다.

1) 쟁점세금계산서에 대하여 매입대금 지급내역 등을 확인하여 실제 정상거래 여부 검토 : 당초 청구법인은 매입대금을 대표자 개인계좌에서 현금인출하여 지급했다고 주장하였으나, 대표자 계좌내역을 요구하자 대표자가 기존에 가지고 있던 현금으로 지급하였다고 소명하였다.

＜표＞ 매입대금 지급내역

2) 청구법인이 이의신청 당시 제출한 증빙서류(건설기계임대차계약서, 현금수령확인서, 장비대금 결제요청서 등)에 대해 진위여부를 파악하여 실제 정상거래가 이루어졌는지 여부 확인 : OOO에 문서감정(증빙서류의 작성시기)을 의뢰(2020.6.4.)한 결과, ‘문서감정 불가’ 공문을 수신(2020.6.12.)하였다.

3) 해당 공사현장에서 쟁점거래처의 굴삭기 운전기사로 근무하였다는 OOO에게 실제 근로사실 확인을 위해 안내문을 발송하였고, 청구법인이 제출한 확인서상 공사대금(현금) 수령인으로 되어 있는 OOO를 직접 만나 ‘해당 공사기간에 타업체 근무[2015년 8월～12월 기간 OOO의 수령 외에 타 소득 없음]하였으며, 현금수령한 사실이 없음’[OOO는 확인서 및 건설기계 운행일지에 기재된 OOO 서명은 위조된 것이라고 진술하였고, OOO로부터 근로사실 확인서(근로부인) 및 신분증 사본 수취]을 확인하였다.

＜표＞ 굴삭기 운행내역

(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) OOO 배수개선사업의 공사발주 및 도급내역, 굴삭기 사용료 지급내역, 쟁점세금계산서 수취내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 공사발주 및 도급내역

＜표＞ OOO 배수개선사업에 투입된 굴삭기 사용료 지급내역(청구법인)

＜표＞ 장비(굴삭기)별 쟁점세금계산서 수취내역

(나) 발주자 OOO의 공사계약체결내역 및 원도급자 OOO와 하도급자 청구법인 간의 하도급계약내역은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 공사도급(원도급, 하도급) 계약내용

(다) 쟁점거래처의 실사업자 OOO에 대한 검찰의 공소장OOO의 공소(범죄)사실에는 청구법인과의 쟁점세금계산서와 관련된 내용은 없는 것으로 나타난다.

(라) 청구법인과 쟁점거래처 간의 건설기계 임대차 표준계약서, 쟁점거래처의 장비가동일보 및 건설기계 운행확인서․임대차계약서 등에 의하면 굴삭기 3대의 등록번호 및 가동시간 1일 9시간 등이 나타난다.

＜표＞ 쟁점거래처와의 건설기계임대차 계약내용

＜그림＞ 건설기계임대차 표준계약서 및 쟁점거래처 장비가동일보․건설기계 운행확인서/임대차계약서(겸용)

(마) 청구법인은 쟁점거래처가 굴삭기 장비대금 결제를 현금으로 요청하였고 실제 대금을 현금으로 지급하였다는 증빙으로, 장비대금결제요청서(2015.10.31.), 입금표(굴삭기 기사 OOO 확인) 및 쟁점거래처의 현금수령확인서(2016.4.5.) 등을 제출하였다.

＜그림＞ 장비대금 결제요청서, 입금표, 현금수령확인서

(바) 굴삭기 기사 OOO의 확인서(2016.4.5. 건설업 기초안전보건교육이수증과 건설기계조종사면허증 첨부)에는 (굴삭기)작업사실과 현금수령사실이 기재되어 있다.

＜그림＞ 확인서(첨부 : 건설업 기초안전보건교육이수증과 건설기계조종사면허증 사본)

(사) 당시 청구법인의 공사현장책임자 OOO의 확인서(2020.11.10.)

(아) 청구법인은 대표이사 OOO 계좌로 이체 후 현금으로 인출하여 쟁점거래처에 장비대금을 지급하였다고 주장하면서 청구법인의 계좌거래내역을 제출하였는바, 그 내용은 다음과 같음

＜표＞ 쟁점세금계산서 및 매입대금 지급내역

(자) 청구법인은 굴삭기 작업이 실제 있었음을 주장하면서 그 증빙으로 OOO 배수개선사업계획서(2014.12.)의 소요자원 집계자료OOO를 제출하였다.

(차) 한편, 청구법인은 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였다고 주장하면서, 그 증빙으로 쟁점거래처 대표 OOO의 명함 및 사업자등록증, 건설기계등록증(굴삭기 3대/소유자 : OOO)과 OOO 부장의 명함 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조사청이 쟁점거래처의 실사업자 OOO에 대하여 「조세범처벌법」위반(가공세금계산서 발급 등) 혐의로 고발한 사건에서 검찰이 공소제기를 하면서 범죄사실에 청구법인과의 거래분(쟁점세금계산서 수수분)을 실지거래로 인정하여 제외한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 2015년 제2기부터 2016년 제2기까지 OOO 배수개선사업에 투입한 굴삭기 사용료 총 OOO 중 유독 쟁점거래처와의 거래분OOO에 대해서만 가공거래라고 보기도 어려운 점, 청구법인이 제출한 증빙서류(건설기계 임대차계약서, 현금수령확인서, 장비대금 결제요청서, 입금표, 세금계산서 등)의 작성시기에 대한 처분청의 감정결과 ‘문서감정 불가’로 판명된 사실만으로 해당 서류가 허위 또는 위조된 것이라거나 쟁점거래처와의 거래를 가공거래라고 단정할 수도 없는 점, 청구법인이 실거래증빙으로 제출한 제반 서류[위 (2)에서 적시한 서류]는 쟁점세금계산서상 거래를 실지거래라고 볼 만한 객관적이고 구체적인 증빙으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인과 쟁점거래처와는 실지거래가 있었던 것으로 보는 것이 보다 합리적이라 할 것이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 실지거래 없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.