청구법인은 인천광역시 남동구 OO동 OOOO에 본점을 두고 금융업과 부동산임대업을 영위하는 은행으로서 ’90.3월부터 ’94.4월까지 OO지점 건물 26,654.35㎡, OO지점 건물 4,125.744㎡ 및 OO지점 건물 9,620.43㎡등 건물 합계 40,400.524㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 신축과 관련한 과세사업 및 면세사업의 공통매입세액을 예정사용면적 비율(OO지점 : 면세 비율 66.58% 과세비율 33.42%, OO지점 : 면세비율 53.38% 과세비율 46.62%, OO지점 : 면세비율 51.07% 과세비율 48.93%)에 의하여 안분 계산하여 신고하고 ’92년 제2기분 ～ ’93년 제1기분 부가가치세 매입세액 713,938,710원을 환급 받았으며 ’93년 2기분 예정신고시 부가가치세 253,213,400원을 환급신고 하였다.

처분청은 청구법인의 부가가치세 신고내용을 부인하고 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액 비율에 의하여 면세비율(OO 및 OO지점 : 88.34%, OO지점 : 87.0%)을 계산하여 ’93.12.15 청구법인에게 ’92년 제2기분 부가가치세 274,220,020원과 ’93년 제1기분 부가가치세 289,506,350원을 결정고지하고, 청구법인이 환급신고한 ’93년 제2기예정분 부가가치세 253,213,400원중 50,273,230원만 환급하였다.

청구법인은 이에 불복하여 ’94.1.31 심사청구를 거쳐 ’94.5.27 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

금융업과 부동산임대업을 겸영하는 청구법인이 건물을 신축하여 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 예정인 경우, 공제되는 매입세액의 계산은 과세사업과 면세사업에 공할 예정사용면적비율에 의한 것이 가장 합리적인 실지귀속의 판단기준이라 볼 수 있고, 처분청의 과세내용중 총 예정공급가액 및 면세사업관련 예정공급가액비율의 계산근거는 조세법률주의를 무시한 가장 불합리하고 자의적인 처분으로서 청구법인의 재산권을 부당히 침해하였으며, 처분청이 본건 결정시 적용한 부가가치세 시행령 제61조 제4항 제2호의 개정규정 (’92.12.31 개정)은 그 령 시행후 최초로 개시하는 과세기간부터 적용하는 것으로서, 소급과세에 해당되므로, 처분청의 본건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 금융업과 부동산임대업을 겸영하는 법인으로서 건물은 신축하여 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 예정인 경우, 공제되는 매입세액의 계산은 과세사업과 면세사업에 공할 예정사용면적비율에 의한 것이 가장 합리적인 실지귀속의 판단기준이라 볼 수 있고,

또한, 처분청이 본건 결정시 적용한 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호의 개정규정(’92.12.31 개정)은 그 령 시행후 최초로 개시하는 과세기간부터 적용하는 것으로서, 소급과세에 해당된다고 주장하나 본건의 경우 과세·면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 알 수 없는 경우로서 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 의하는 것이므로 처분청의 이에 의한 당초처분에는 달리 잘못이 없다할 것이고, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호 규정은 개정전부터 계속하여 시행하여 오던 내용을 ’92.12.31 시행령 개정시 포함시킨 것일 뿐이므로, 청구법인의 소급과세에 대한 주장 역시 이유없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점 건물신축에 따른 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 예정사용 면적비율로 안분계산함이 타당한지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고,

동법시행령 제61조 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산을 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서 생략),

면세사업에 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

“이라고 규정하고 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(’92.12.31 개정)

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(’92.12.31 개정)

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(’92.12.31 개정)”이라고 규정하고 있으며

동법 제61조의2 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.(’92.12.31 신설)

가산 또는 공제되는 세액 = (총 공통매입세액 ×

[]

- 기동제세액) 또는 (총 공통매입세액 ×

[]

- 기공제세액)으로 규정하고 있고

제2항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다(’92.12.31 신설)고 규정하고 있다.

다. 쟁점 건물신축에 따른 공통매입세액을 예정사용 면적비율로 안분계산할 수 있는지에 대하여

(1) 위 관련법령에서와 같이 ’92.12.31자로 개정된 부가가치세법시행령 제61조 제4항은 “과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정”하고 있으나,

(2) 건물신축관련 매입세액의 안분계산의 경우와 같이 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없음에도 불구하고 법규정에 따라 단순히 예정공급가액비율로 매입세액을 안분계산한다는 것은 합리적인 계산방법이 아닐 뿐만 아니라,

(3) 위 조문규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 엄격하게 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으므로 건물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것(국심 89서2192 ’90.4.12, 94구0934 ’94.5.16, 94서0374 ’94.9.16 동지임)이며,

(4) 이건의 경우, 청구법인은 위 3개 지점건물의 공사중인 ’92.10.13자로 신축건물중 자가사용 면적과 임대사용 면적을 구분한 사용계획을 수립하여 사장결재를 받아 확정하고 현재까지 그 “품의” 내용대로 사용하고 있으므로,

청구법인이 신고한 ’92년 제2기분 ～ ’93년 제2기 예정분 부가가치세 매입세액중 위 3개 지점 건물신축에 관련된 공통매입세액은 면세사업에 사용하는 건물면적과 과세사업에 사용하는 임대면적에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 공통매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 공제가능 매입세액을 총공급가액에 대한 과세사업의 공급가액비율로 안분계산한 처분은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단된다.

따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.