가. 청구인은OOOOO OOO OOO OOOOOOO번지 대지 637.7㎡ 및 동소 OOOOOOO번지 대지 623.7㎡ 합계 대지 1,261.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2001.8.31 양도하고 기준시가에 의한 자산양도차익 예정신고를 하였으나, 당초 청구인이 기납부한 토지초과이득세 564,554,029원(이하 “쟁점토지초과이득세”라 한다)을 필요경비로 공제누락한 사실을 확인하여 2001.12.13 처분청에 경정청구 하여 2001년귀속 양도소득세 134,363,860원을 환급 받았다.

나.청구인은 2003.8.2 처분청에 기 납부한 쟁점토지초과이득세를 필요경비가 아닌 기 납부세액으로 공제하여 줄 것을 재경정 청구하였으나 처분청은 2003.10.8 이를 거부하는 통지를 하였다.

다. 처분청의 위 거부통지는 청구인이 재외국민인 관계로 2003.10.18 수취인 불명으로 반송되었으며, 청구인은 2004.5.19 처분청을 방문하여 재경정 청구가 인정되지 아니한 사실을 알고 2004.5.26 이의신청을 거쳐 2004.10.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

토지초과이득세는 이미 헌법재판소에서 위헌판결로 폐지되었음에도 불구하고 부칙조항을 근거로 하여 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 계산시 쟁점토지의 토지초과이득세 결정일로부터 6년이 경과하였다는 사유로 기납부세액의 공제신청에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

폐지된 토지초과이득세법 부칙 제2조의 규정에 의하면, 토지초과이득세가 부과된 토지를 세액 결정일로부터 6년 이내에 양도하는 경우 기부과된 토지초과이득세를 세액공제 할 수 있으며 6년을 경과한 후 양도하는 경우에는 필요경비로 공제할 수 있도록 되어 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 경과하여 쟁점토지를 양도하였으므로 세액공제가 아닌 필요경비로 공제함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

토지초과이득세 결정 후 6년이 경과한 경우에도기 납부한 토지초과이득세에 대하여세액공제가 가능한지 여부

나. 관련법령

(1) 1998.12.28 법률 제5586호로 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조【양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】 ① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 따라서 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 3년이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우 : 100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴 토지 등을 양도하는 경우 : 100분의 60

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지 등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 법인세법 제59조의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다.

(2) 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

(3) 소득세법시행규칙 제84조【예정신고납부세액공제】 ① 법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부하는 경우에 한한다.

② 제1항에서 납부할 세액이라 함은 산출세액에서 조세특례제한법에 의하여 감면되는 세액과 법률 제5586호 토지초과이득세법 폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조의 규정에 의하여 양도소득세의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세를 차감한 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은쟁점토지를 양도하고 자산양도차익 예정신고시 기 납부한쟁점토지초과이득세에 대한 필요경비 공제를누락한 사실을 확인하여 2001.12.13 처분청에 경정청구 하여 양도소득세 134,363,860원을 환급 받았으나, 청구인이2003.8.2다시 기 납부한 쟁점토지초과이득세를 필요경비가 아닌 기 납부세액으로 공제하여 줄 것을 재경정 청구하자 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여토지초과이득세 결정일로부터 6년을 경과하여 쟁점토지를 양도하였으므로 세액공제가 아닌 필요경비로 공제함이 타당하다 하여경정청구를 거부한 사실이 처분청의 답변서 및 처분청이 청구인에게 회신한 공문(OOOOOOOOOOO OOOOOOOOO) 등에 의하여 확인된다.

(2) 토지초과이득세가 위헌결정된 이후에 제정된 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조에서 이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다 고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일(1992년)로부터 6년을 초과하여 쟁점토지를 양도(2001년)하였으므로 폐지법률 제26조 제4항의 규정에 의거 쟁점토지초과이득세를 필요경비로 공제함이 타당하다고 판단된다(OO OOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO).

따라서 처분청에서 이 건 양도소득세 결정시 청구인이 기납부한 쟁점토지초과이득세를 양도소득세의 필요경비에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.