부산광역시장은 2010. 5. 4. 부산 강서구 B 일원의 토지 103,700.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 C일반산업단지로 지정하고, 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다) 제16조에 따라 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)를 C일반산업단지 개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자로 지정하였다.

D는 2010. 11. 16.부터 2011. 5. 27.까지 여러 차례에 걸쳐 매매 등을 원인으로 이 사건 토지를 취득하였다.

D는 2011. 12. 14. 원고와 사이에, 위탁자를 D, 수탁자를 원고, 제1순위 우선수익자를 주식회사 E 장유지점(수익한도금액 15,600,000,000원)으로 정하여 이 사건 토지에 관한 담보신탁계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 담보신탁계약’이라 한다), 원고는 2011. 12. 15. 이 사건 토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

D는 2014. 12. 26. 부산광역시장으로부터 이 사건 사업에 대한 준공인가를 받았고, 그 무렵 이 사건 토지의 지목이 ‘임야, 답’에서 ‘공장용지’로 사실상 변경되었다.

D는 2015. 2. 23. 피고에게 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제78조 제2항(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따라 이 사건 토지의 지목변경에 대한 취득세 감면신청을 하여 취득세 497,045,040원을 감면받고, 농어촌특별세를 99,409,000원으로 산출하여 이를 신고ㆍ납부하였다.

피고는 이 사건 토지의 지목변경에 따른 취득세 납세의무자가 수탁자인 원고이고, 원고가 이 사건 사업의 시행자로 지정받은 사실이 없어서 취득세 등의 감면대상에 해당하지 않는다고 보아, 2016. 2. 16. 이 사건 토지의 지목변경에 소요된 공사비 24,852,251,993원을...

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