처분청은 청구인이 1997.6.24. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 596.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 163.53㎡를 취득한 후 그 지상건축물을 철거하고, 1998.4.2. 건축물 975.94㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)을 신축한데 대하여 취득세 등을 면제하였으나, 이건 건축물중 2층일부와 3층 389.34㎡(이하 “이건 쟁점건축물”이라 한다)을 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으므로 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아, 이건 쟁점건축물과 그 부속토지의 취득가액(건축물 : 209,243,221원, 토지 : 167,277,055원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 9,036,470원, 농어촌특별세 828,320원, 등록세 8,030,690원, 교육세 1,472,270원, 합계 19,367,750원(가산세 포함)을 2000.6.18. 및 같은해 7.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로,

청구인은 공익법인의설립운영에관한법률에 의하여 설립된 법인으로서, 이건 토지를 취득하여 그 지상에 이건 건축물을 신축하면서 건축비의 증가에 따라 재원조달을 목적으로 이건 쟁점건축물을 임대하였으나, 이는 단순히 영리목적을 위하여 임대한 것이 아니라 목적사업과 관련하여 비영리공익단체(ㅇㅇ, ㅇㅇ 등)에 임대하여 다양한 단체간 연대활동을 강화하기 위한 것으로서, 상업용으로 건축물을 임대한 것과는 성격이 다르다 하겠으므로, 처분청이 이건 쟁점건축물을 임대하였다는 사실만으로 고유업무에 직접 사용하지 않는 부동산으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 비영리 공익법인이 취득한 부동산중 일부를 임대한데 대하여 그 임대부분을 고유업무에 직접 사용하지 않은 부동산으로 보아 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조제1항 본문 및 제18호에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 않는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 1997.8.30. 지방세법 제290조제1항본문 단서를 개정하면서 수익사업에 사용하는 경우에도 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.6.24. 이건 토지와 그 지상 건축물을 취득하여 기존 지상건축물을 철거한 후 1998.4.2. 그 지상에 이건 건축물을 신축하였으며, 그후 처분청은 세무조사에서 같은해 6월경부터 이건 쟁점건축물을 ㅇㅇ외 4개단체에 임대하고 임대보증금으로 65,000,000원을 수령한 사실을 확인하고 그 임대부분에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하였음을 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 보면, 청구인은 이건 쟁점건축물을 상업목적으로 임대한 것이 아니라 다양한 단체간 연대활동을 강화하기 위해 비영리단체에 임대하였던 것이므로 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인의 고유업무에는 부동산임대업이 포함되어 있지 않음에도 이건 쟁점건축물을 임대하고 있는 사실이 명백히 입증되고 있는 이상 이를 고유업무에 사용하는 부동산으로 인정할 수도 없다 하겠으며, 또한 1997.8.30. 지방세법 제290조제1항이 개정되면서 수익사업에 사용하는 경우에는 고유업무에 사용하는 부동산인지 여부에 관계없이 추징하도록 규정하고 있으므로 그후에는 임대용에 사용한 부동산의 경우 과세면제 대상에 해당될 수 없음이 명백하다 하겠고, 청구인으로부터 이건 쟁점건축물을 임차한 단체들이 대부분 비영리단체에 해당한다 하여 이를 달리 볼 수는 없다 하겠으므로, 처분청이 이건 쟁점건축물에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분은 아무런 잘못이 없는 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 10. 31.

행 정 자 치 부 장 관