1. 청구법인의 쟁점사업과 관련한신고·납부불성실가산세를 배제하여 그 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구법인은 국가보훈처장이 위탁하는 보훈기금증식사업으로 서울특별시 영등포구 OOO동에서 아파트 및 상가와 업무용 빌딩을 분양하는 사업과 서울특별시 영등포구 OO동에서 아파트 및 상가를 분양하는 사업(이상의 사업을 이하 “쟁점사업”이라 함)을 하고 이를 부가가치세 과세대상사업으로 보아 1992년부터 1997년까지 부가가치세를 신고·납부 및 환급받은 사실이 있다.

처분청은 청구법인이 국가보훈처장과 위수탁약정을 맺고 수행한 쟁점사업이 국가보훈처의 사업으로서 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 해당되는 부가가치세 면세사업에 해당되는 것으로 보아 기 신고한 쟁점사업에 관한 매출을 취소하고 매입세액을 불공제 한 후 신고·납부불성실가산세를 부과하여 1997.12.10 청구법인에게 1993년 2기분 부가가치세 130,780,820원, 1994년 1기분 부가가치세 387,598,390원, 1994년 2기분 부가가치세 72,704,710원, 1995년 2기분 부가가치세 506,312,400원, 1996년 1기분 부가가치세 260,799,790원, 1996년 2기분 부가가치세 1,129,653,470원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1997.12.22 심사청구를 거쳐 1998. 3. 3 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구법인은 OOOOOO공단법에 의거 1981.11. 2 설립된 법인이고 설립목적은 국가유공자(독립유공자예우에관한법률 및 국가유공자예우에 관한법률의 적용대상자)에 대한 진료와 중상이자에 대한 의학적·정신적 재활 및 직업재활을 행하여 그 자립정착을 도모하고, 복지증진에 기여하는 것( 동법 제1조)이며, 수행하는 사업내용은 국가유공자 가·진료와 재활사업을 위해 보훈병원(서울·부산·대구·광주·대전 등)을 설립운영하고 있고, 보훈복지사업으로 보훈단체지원, 장학지원, 양로양육시설, 보훈휴양원 등을 운영하고 있으며, 위 사업수행 재원확보를 위해 수익사업을 운영하고 있다.

청구법인은 전시 법 제6조 제8호 및 정관 제36조 제3항에 의거 국가보훈처장이 위탁하는 보훈기금증식사업으로서 공단설립후 최초로 1991년에 쟁점사업을 시작하게 되었고 당시 쟁점사업이 과세사업에 해당되는지 여부를 관할세무서인 강남세무서에 문의한 바, 과세사업이라고 함에 따라 1991. 5. 7 사업자등록 정정신고(업종추가)를 하였으며, 1992. 7월 분양개시 시점에 다시 청구법인의 담당과장 등이 관할세무서의 법인세과 및 부가가치세과 관계자에게 쟁점사업의 토지 및 건물의 등기와 매입·매출등 모든거래는 청구법인 명의로 하고 있다는 사실, 동 사업자금은 국가보훈처가 보훈기금에서 지급하며 쟁점사업의 수익금은 보훈기금에 귀속된다는 등 특수사정을 설명하고 협의한 결과, 당시 명확한 법령규정이나 예규는 없으나 최종 소비자에게 부가가치세를 부담시키는 것이 옳다는 판단에 의거 쟁점사업을 과세사업으로 처리하도록 지도함에 따라 1992년 2기 예정분부터 1997년 1기 확정분까지 20회에 걸쳐 부가가치세 과세사업으로 신고해 왔고(그중 11회 환급신고), 1993. 7～1996. 3까지 6차례에 걸친 감사원, 보훈처 등 외부기관의 업무 감사시에도 이에 대한 지적은 없었다.

그후 청구법인의 본점 이전으로 대방세무서에 세적이 이전 되었는데 대방세무서에서는 청구법인의 법인세 서면분석 검토결과 쟁점사업은 면세사업에 해당된다는 판정을 하였고, 이에 따라 청구법인도 국세청에 질의하였으나 역시 면세사업에 해당된다는 회신을 받았으며, 또 다시 청구법인의 본점 이전에 따라 반포세무서장으로부터 과세처분을 받았고 이에 따른 세액은 보훈기금에서 지급받아 납부하였다.

그러나 청구법인은 특별법에 의하여 설립된 정부출연기관이고 쟁점사업과 관련하여 사업자등록시 및 분양개시시 두차례에 걸쳐 관할세무서에 문의하여 쟁점사업이 과세사업이라는 판정을 받아 청구법인 명의의 매출세금계산서를 교부해 왔으며, 그후 만 5년동안 20회에 걸쳐 부가가치세 과세사업자로서 성실하게 신고해 왔는데 쟁점사업이 면세사업에 해당된다는 새로운 해석에 따라 소급과세하는 것은 부당하고 신의성실의 원칙에도 위배된다.

(2) 부가가치세법 제22조 제3항·제4항·제5항의 가산세부과대상 사업자란 부가가치세법 제2조의 규정에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있는 자를 말한다고 할 것인 바, 쟁점사업이 면세사업에 해당된다면 청구법인은 부가가치세를 납부할 의무가 있는 자에 해당되지 않으므로 이 건 신고·납부불성실가산세는 부과할 수 없는 것이다.

나. 국세청장 의견

(1) 국세기본법 제15조 및 제18조 제3항에 규정한 신의성실의 원칙이 적용되거나 비과세관행이 성립되었다고 보려면, 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않겠다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 명시적 또는 묵시적으로 대외에 표시된 경우에 한하여 성립되는 것이다(같은뜻 : 대법원 88누3, 1989. 2.14외 다수). 본 건은 위에서 살펴본 바와 같이 아파트등 분양사업에 관련되는 세금계산서를 당해 재화의 공급자가 아닌 청구법인이 수취하여 부가가치세 예정·확정신고한 경우로서 청구법인의 신고내용에 기하여 처분청이 단순히 부가가치세를 환급한 것을 비과세관행이 성립된 것이라 할 수 없으므로 당초 처분이 정당하다.

(2) 청구법인은 의류(내의) 제조업 등을 영위하는 부가가치세 과세사업자로서 부가가치세법 제18조 제1항 및 제19조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세의 신고·납부의무가 있고, 같은법 제22조 제5항에서는 사업자가 제18조 제1항 및 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있는 바, 이 건은 공제받지 못할 매입세액을 공제신고함으로써 신고한 납부세액 또는 환급세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달한 경우 또는 신고하여야 할 환급세액을 초과한 경우에 해당되므로 가산세 부과는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 국가보훈처장의 위탁사업인 쟁점사업에 대해 부가가치세 과세사업으로 보아 오다가 면세사업이라하여 환급세액의 추징 및 가산세를 부과하는 것은 소급과세금지 및 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장의 당부

(2) 쟁점사업이 면세사업이라면 청구법인은 부가가치세 과세사업자가 아니므로 가산세 부과대상이 아니라는 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제15조는 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 고 규정하고 있고,

같은법 제18조 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. 고 규정하고 있다.

한편, 부가가치세법 제12조 제1항 본문은 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 고 규정하고 있고, 그 제17호는 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 을 규정하고 있으며,

같은법 제17조 제2항 본문은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 고 규정하고 있고, 그 제4호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 을 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법 제22조 제5항은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 제1호와 제2호가 동시에 해당하는 경우에는 그 중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 제1호와 제2호의 금액이 같은 경우에는 제1호의 금액에 대하여 적용한다. 고 규정하고 있고, 그 제1호는 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때 를 규정하고 있고, 그 제2호는 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때 를 규정하고 있다.

다. 쟁점1에 대하여

청구법인은 1992년 2기부터 1997년 1기까지 쟁점사업과 관련한 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 예정 및 확정신고를 한 사실이 있고, 처분청은 이에 대하여 쟁점사업을 면세사업에 해당되는 것으로 보아 경정결정하자, 청구법인은 1997. 9.22에 쟁점사업이 면세사업에 해당된다는 국세청장의 유권해석이 있었으므로 그 이전에 환급받은 부가가치세까지 소급하여 추징한 과세처분은 소급과세금지 및 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

먼저 쟁점사업이 과세사업에 해당되는지 면세사업에 해당되는지를 보면, OOOOOO공단법에 의하여 설립된 청구법인이 보훈기금증식을 목적으로 국가보훈처장의 위탁을 받아 국가보훈처의 자금으로 토지를 매입하여 아파트 및 상가를 신축분양하고 동 분양대금을 국가보훈처에 귀속시키며, 청구법인은 단순히 위탁수수료만을 받는 경우 신축분양하는 당해 아파트 및 상가 등은 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 규정하는 국가 등이 공급하는 재화에 해당하므로 부가가치세가 면제되는 것이며, 동 신축관련 매입세액도 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 것이므로 쟁점사업을 부가가치세 면세사업에 해당하는 것으로 본 당초처분은 정당하다.

다음으로, 처분청의 이 건 과세처분이 소급과세금지 및 신의성실의 원칙에 위배되는지에 대하여 보면, 국세기본법 제18조 제3항 소정의 소급과세금지의 원칙은 과세관청에 의한 과세처분이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하여 행하여졌고, 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하며, 나아가 과세처분의 결과 납세자에게 조세부담 등의 경제적 불이익이 발생한 경우에 적용되는 것(대법원 94누3629, 1995. 7.28등 다수, 같은 뜻)인 바, 이 건의 경우 쟁점사업을 과세사업으로 보는 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 없었으므로 이 건 과세처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 본다.

또한, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 바(대법원 95누13746, 1996. 1.23등 다수, 같은 뜻), 이 건의 경우 과세관청이 쟁점사업이 과세사업에 해당된다는 공적인 견해를 표명한 사실이 없으므로 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 본다.

라. 쟁점2에 대하여

청구법인은 처분청이 쟁점사업을 면세사업에 해당되는 것으로 보았다면 청구법인은 부가가치세를 납부할 의무가 있는 자에 해당되지 아니하므로 신고·납부불성실가산세를 부과해서는 안된다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

쟁점사업은 국가보훈처장의 위탁을 받아 아파트 및 상가를 신축분양하는 사업으로서 부가가치세법 제12조 제1항 제17호에 규정하는 국가 등이 공급하는 재화에 해당되고 부가가치세 면세사업에 해당되는 점에 대하여는 앞에서 살펴본 바와 같다.

처분청에서는 쟁점사업과 관련하여 그동안 부가가치세를 환급한 것을 경정에 의하여 추징하면서 이 건 신고·납부불성실가산세를 부과하였다. 그러나 이 건의 경우 당초 부가가치세 환급액도 보훈처의 보훈기금에 귀속되었고, 이 건 매입세액 불공제에 따른 환급금추징액 및 신고·납부불성실가산세 부과액도 모두 보훈기금에서 지급된 것으로 확인되고 있는데, 이에 대해 처분청에서 쟁점사업의 내용이 국가 등이 공급하는 재화에 해당된다고 하여 부가가치세 면세사업에 해당되는 것으로 보았다면 이의 신고 및 환급과 관련된 가산세는 결국 부가가치세 과세대상이 아닌 국가 등이 공급하는 재화의 공급에 대하여 부과한 것이 되는 바, 이는 결국 국가가 자기 자신에게 의무불이행에 따른 신고·납부불성실가산세를 부과하는 것이 되어 적절치 않으므로 국가정책목적상 부가가치세 과세대상에 제외하고 있는 국가 등이 공급하는 재화를 부가가치세 과세대상으로 잘못 알고 신고 등을 한 경우에는 신고·납부불성실가산세가 적용되지 않아야 한다고 본다.

따라서 처분청에서 쟁점사업을 부가가치세가 면세되는 국가 등의 사업으로 보면서 이 건 신고·납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당한 과세처분으로 판단된다.

마. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제2항·제3항에 의거 주문과 같이 결정한다.