청구법인은 강원도 춘천시 OOO O가 OOOO에서 “OO건설주식회사”라는 상호로 건설업을 영위하는 법인으로 1992사업연도분 법인세 신고시 1990사업연도에 손금산입한 기술개발준비금 231,328,408원 중131,419,173원을 조기환입하여 신고하였다.

처분청은 당초 과세시 위 기술개발준비금의 귀속시기를 1992사업연도가 아닌 1994사업연도로 보아 1997.6.4 청구법인에게 1994사업연도분 법인세를 경정고지하고 1992사업연도분 법인세 44,682,510원을 환급하였다가 국세심판결정서(국심 97중2621, 1999.3.12)의 주문(청구법인이 1990사업연도에 기술개발준비금으로 손금산입한 231,328,408원 중 131,419,173원은 1994사업연도의 익금산입에서 제외하고 1992사업연도에 임의환입한 것으로 보아 익금산입한다)에 따라 1999.5.19 청구법인에게 1992사업연도분 법인세 44,682,510원을 경정고지하는 한편, 1994사업연도분 법인세 80,147,920원을 환급결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.8.12 이의신청 및 1999.12.15 심사청구를 거쳐 2000.5.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 심판청구를 제기하지 아니한 1992사업연도분에 대하여 국세심판원의 심판결정을 근거로 국세부과제척기간(1998.3.30)이 경과한 후에 과세한 것은 당연무효의 처분이다.(이하 “청구주장①”이라 한다)

(2) 비업무용부동산에 해당하지 아니하는 서울특별시 성동구 OO동 소재 사옥부지와 경기도 안양시 동안구 OO동 소재 주택건설용지 및 강원도 춘천시 OO동 소재 토지를 비업무용부동산으로 보아 차입금에 대한 지급이자 등을 손금불산입하고, 또한 건설자금이자 및 차입금적수를 잘못 산출하여 지급이자를 과다하게 손금불산입한 처분은 부당하다.(이하 “청구주장②”라 한다)

나. 국세청장 의견

(1) 국세기본법 제26조의 2 제2항의 규정에 의하여, 심판청구에 대한 결정이 있은 날부터 1년이 경과하기전에 당해 결정내용에 따라 결정한 것이므로 당초처분은 정당하다.

(2) 처분청이 부과결정한 내용에 대한 불복청구가 아니라 청구법인이 자진신고한 내용에 대한 불복청구로 본안심리대상이 아니므로 각하하여야 한다.(처분청 의견)

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 국세심판 결정에 따라 1992사업연도분 법인세를 경정한 처분의 적법성 여부

(2) 청구주장②가 본안심리 대상인지 여부

나. 관련법령

국세기본법 제26조의 2【국세부과의 제척기간】제1항에는『국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 후에는 부과할 수 없다(이하 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. (생략)』이라고 규정하고 있고,

그 제2항에서『다음 각호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. (생략)』이라고 규정하고 있다.

또한, 같은법 제55조【불복】제1항에는 『이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익이 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

처분청은 이 건 심판청구에 앞서 청구법인이 제기한 국세심판청구에 대한 결정(국심 97중2621, 1999.3.12)의 주문에서 “청구법인이 1990사업연도에 기술개발준비금으로 손금산입한 금액 중 131,419,173원을 1994사업연도 익금산입에서 제외하여 1992사업연도에 익금산입”하라고 함에 따라 1999.5.19 청구법인에게 1994사업연도분 법인세 80,147,920원을 환급결정하고 1992사업연도분 법인세 44,682,510원을 결정고지하여 결과적으로 35,465,410원 만큼의 세액이 차감된 것으로 확인된다.

앞에서 본 관련법령에 의하면, 국세는 부과제척기간이 만료된 후에는 부과할 수 없으나, 심판청구 등에 의한 결정 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 판결확정일부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 되어있는 바,

1992사업연도분 법인세의 부과제척기간 만료일은 1998.3.30 이고 1992사업연도분에 대한 당초처분이 1997.6.4로 부과제척기간이 만료되기 전에 있었고 이 건 청구에 앞서 1997.10.16 심판청구를 하여 1999.3.12 심판결정을 하였는 바, 이 건 처분은 위 심판청구에 대한 결정에 따라 국세심판결정일(1999.3.12)부터 1년이 되는 2000.3.12 이전인 1999.5.19에 한 것으로 적법한 처분으로 보여지므로 청구주장①은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

청구법인이 1992사업연도분 법인세 신고시 1990사업연도에 손금산입한 기술개발준비금 231,328,408원 중 131,419,173원을 조기환입하여 신고한 데 대하여 처분청은 당초 과세시 위 기술개발준비금의 귀속시기를 1992사업연도가 아닌 1994사업연도로 보아 1997.6.4 청구법인에게 1994사업연도분 법인세를 경정고지하고 1992사업연도분 법인세 44,682,510원을 환급하였다가 국세심판결정서(국심 97중2621, 1999.3.12)의 주문에 따라 1999.5.19 청구법인에게 1992사업연도분 법인세 44,682,510원을 경정고지하는 한편, 1994사업연도분 법인세 80,147,920원을 환급결정하였음이 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다.

국세기본법 제26조의2 제2항의 규정은 부과제척기간이 일단 만료되면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액결정결정등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 판결등이 부과제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 판결등에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 당해 판결등이 확정된 날로부터 1년내라 하여 당해 판결등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니라 할 것인 바,(대법원 94다3667,1994.8.26 같은 뜻임)

1999.5.19자 과세처분은 국세심판결정에 따른 필요한 처분에 불과할 뿐만 아니라 당초 잘못된 결정내용을 바로 잡은 것에 불과하여 이를 증액처분 또는 새로운 처분으로 보기 어려움에도 청구법인은 이를 증액처분 또는 새로운 처분으로 간주하여 비업무용부동산 관련 지급이자 등을 손금불산입한 처분 등이 당해 처분에 흡수된 것으로 보아 불복한 청구주장②는 부적법한 청구로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.