원고(2013. 3. 28. 상호를 주식회사 A에서 Y 주식회사로 변경)는 1987. 2. 25. 대구 달성군 B에서 개업한 이래 전기동과 구리스크랩을 주원료로 동선을 제조하여 판매하는 사업을 영위하고 있는 코스닥 상장법인으로서, 2008. 1. 29.경부터 충북 음성군 C에서 음성지점도 운영하고 있다.

원고는 음성지점에서 2009. 9. 23.경부터 2010. 6. 30.경까지 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다)으로부터 구리스크랩 공급과 관련하여 2009년 제2기 부가가치세 과세기간에 공급가액 합계 4,468,289,576원 상당의 세금계산서 40매를, 2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 공급가액 합계 6,332,540,293원 상당의 세금계산서 41매를 각 수취한 후(이하 위 세금계산서 합계 81매를 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다), 각 과세기간별로 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고납부하였다.

그런데 송파세무서장은 D 등에 대한 세무조사 결과 D은 원고에게 실제로 구리스크랩을 공급하지 않았다는 이유로 2010. 12.경 피고에게 이 사건 각 세금계산서가 공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서라고 통보하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 2011. 4. 1. 원고에 대하여 2009년 제2기 부가가치세 446,828,900원 및 2010년 제1기 부가가치세 633,254,000원을 각 경정결정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 각 부가가치세 부과처분’이라고 한다)하였고, 당심 계속 중이던 2013. 11. 26. 2009년 제2기 부가가치세 가산세 325,872,240원 및 2010년 제1기 부가가치세 가산세 427,256,400원을 각 경정결정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 각 가산세 부과처분’이라고 한다)하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 6, 21호증, 을 제1, 4, 25 내지 27호증 가지번호 있는...