가.청구인은 2003.12.1. 개인사업체 OOOO을 개업하여 곡물 도정업을 영위하여 오다가 2005.5.4. 경기도 OOO OOO OOO 76-49 지상에 공장 1,196㎡(이하 “이 건 공장”이라 한다)을 신축·취득하였으며, 이 건 공장에 대하여 구「조세특례제한법」(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 등기·취득하는사업용 재산에 해당하는 것으로 하여 취득세와 등록세 등을 면제 받았다.

나. 처분청은 청구인이 개인사업체를 2005.10.31. 폐업하였으므로 이 건 공장을 최초 사용일부터 2년간 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당하는 것으로 보아 이 건 공장의 취득가격 487,240,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,924,160원, 농어촌특별세 1,071,920원, 등록세 5,969,660원, 지방교육세 1,115,960원 합계 23,081,700원(가산세 포함)을 2008.12.9. 부과고지 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2003.9.18. 개인사업체의 사업자등록을 하였으므로 실질적으로 이 날을 창업일로 보아야 하고, 창업일부터 2년이 경과한 2005.10.31. 폐업하였으므로 이 건 공장을 2년 이상 사업에 직접 사용한 경우로 보아야 하며, 청구인의 개인사업체를 구 「조세특례제한법」제32조 제1항의 규정에 의한 사업양수도의 방법으로 법인전환 하였기에 이 건 공장을 개인사업체의 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것이므로 취득세와 등록세를 추징한 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 이 건 공장을 2005.5.4. 신축하여 2005.5.31. 소유권 보존 등기를 하였고, 청구인의 개인사업체는 2005.10.31. 폐업하였으므로이 건 공장의 최초 사용일인 2005.5.4부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당하는 것이며, 청구인의 개인사업체를 법인으로 전환하였다 하더라도 법인설립일(2005.11.1.)부터 1년 8개월이 경과한 후인 2007.7.31. 이 건 공장을 법인에게 소유권 이전하여 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 개인사업에 대한 권리와 의무를 포괄적으로 양도하여야 하는 구 「조세특례제한법」제32조 제1항에 의한 법인전환에 해당하지 아니하므로 이 건 공장을 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없어 취득세와 등록세 등을 추징함은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

창업중소기업이 취득한 공장을 정당한 사유없이 최초 사용일부터 2년간당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당하여 취득세 등을 추징함이 적법한지 여부.

나. 관련 법령

(1) 구 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

제119조(등록세의 면제 등) ③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기

제120조(취득세의 면제 등) ③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

(2) 구 조세특례제한법 시행령 (2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것)

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고,그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건의 사실관계를 보면,

(가)청구인은 개인사업체 OOOO(OOOOOOO OOOOOOOOOOOO)을 경기도 OOO OOO OOO 산116-10(이 건 공장 토지의 분할전 지번)에서 2003.12.1. 개업하여 곡물 도정업을 영위하다가 2005.5.4. 개인사업체 사업장 소재지에 이 건 공장을 신축하여 2005.5.31. 취득세와 등록세 등을 신고·납부하였으며, 2005.7.22. 당해 취득세와 등록세에 대한 감면신청을 하였다.

(나) 처분청은 이 건 공장이 구 「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 등기·취득하는 사업용 재산에 해당하는 것으로 보아 2005.7.27. 취득세와 등록세 등을 면제하고, 청구인이 납부한 취득세와 등록세 등을 환부하였다.

(다) 처분청은 청구인이 이 건 공장의 최초 사용일인 2005.5.4.부터 6개월이 경과되기 전인 2005.10.31. 개인사업체를 폐업하였으므로 이 건 공장을 최초 사용일부터 2년간 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 처분한 경우에 해당하는 것으로 보아 2008.12.9. 취득세와 등록세 등을 추징하였다.

(2) 구 「조세특례제한법」제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득ㆍ등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 최초 사용일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있는바, 동 규정에서 “정당한 사유” 라 함은 입법 취지, 사업용 재산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 중소기업이 사업용 재산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.

(3) 청구인은 이 건 공장을 2005.5.4. 신축으로 취득한 후 약 6개월이 경과되기 전인 2005.10.31. 개인사업체을 폐업하였으므로 이 건 공장을 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다 할 것이고, 개인사업체를 법인으로 전환하였다 하더라도 법인설립일(2005.11.1.)부터 약 1년 8개월이 경과한 2007.7.31. 이 건 공장을 법인에게 소유권 이전하였음이 확인되는 이상, 이 건 공장이 법인전환시의 사업양수도 대상 자산에 해당한다고 단정하기도 어려우므로 이 건 공장을 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보기도 어렵다 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청에서 청구인이 이 건 공장을최초 사용일부터 2년간 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 처분한 경우로 보아 취득세와 등록세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.