가. 원고 주식회사 세유항공(이하 ‘원고 세유항공’이라 한다)은 필리핀 항공사인 제스트항공 주식회사(ZEST AIRWAYS. INC, 이하 ‘제스트항공’이라 한다)와, 원고 주식회사 세유(이하 ‘원고 세유’라 한다)는 베트남 항공사인 비엣제트항공 주식회사(VIEJET AVIATION JOINT STOCK COMPANY, 이하 ‘비엣제트항공’이라 한다)와, 원고 주식회사 서울항공(이하 ‘원고 서울항공’이라 한다)은 홍콩 항공사인 익스프레스항공 주식회사 및 필리핀 항공사인 필리핀항공 주식회사(PHILIPPINE AIRLINES. INC, 이하 ‘필리핀항공’이라 한다)와, 2009년부터 2014년 사이에 각 총판대리점계약(General Sales Agency Agreement, 이하 ‘GSA계약’이라 한다)을 체결하고, 국내에서 위 각 외국항공사(이하 ‘외국항공사’라 한다)의 항공권을 독점적으로 판매하는 권리를 취득한 회사들이다.

원고들은 외국항공사들과 개별항공기전세계약(Charter Service Agreement, 이하 ‘차터계약’이라 한다) 또는 좌석일괄매수계약(Blockline Agreement)을 체결하여, 외국항공사에게 외국 도시와 국내 도시간 노선의 항공기 운항대가로 전세기이용료를 지급하고, 위 항공기 항공권(화물운송계약 포함) 일체를 매수하고 항공권 판매와 마케팅 전반에 관한 권한을 취득한 다음, 위 항공권을 일반 소비자들에게 직접 또는 다른 국내여행사를 통하여 판매하였고, 항공권 미판매시 손실은 원고들이 부담하였다.

나. 원고들은 2011년 제1기부터 2014년 제2기 부가가치세 과세기간(원고 세유는 2014년 제2기 과세기간) 중 외국항공사 항공권 판매금액을 영세율 적용대상 매출로 하고, 국내여행사로부터 제공받은 항공권 판매대행용역에 대하여 판매수수료(항공권 판매대금의 약 5% 수준)를 지급하고 수취한...