가. 청구법인은 2009.4.14. 개업하여 OOO에서 의료기기 도소매업 등을 영위하는 법인사업자로, 2012사업연도에 각 지점 치과의원 원장들에게 OOO 상표사용권 및 컨설팅 용역 등(이하 “상표권등”이라 한다)을 제공하고 상표권등 사용료 매출액이 OOO인 것으로 하여 법인세 및 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여 청구법인이 다음 <표1>과 같이 2012사업연도에 상표권등 사용료 매출액 OOO을 신고누락한 것으로 보고, 그 밖의 경정사항을 포함하여 2014.7.11. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO 및 부가가치세 2012년 제1기분 OOO, 제2기분 OOO을 각 경정·고지하는 한편, OOO을 청구법인의 실질대표자 김OOO에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

OOO

나. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 각 지점 치과의원들에게 컨설팅 용역을 제공하던 중 2012년 6월경 상표권자인 김OOO으로부터 OOO 상표권의 전용사용권을 설정받아 2012년 하반기부터 치과의원 원장들에게 상표사용권 및 컨설팅 용역 등을 제공하고 치과의원 원장들로부터 지점별 매출액의 일정 비율(10～15%)을 상표권등 사용료로 받기로 하는 상표권등 사용계약을 체결하였다.

(2) 청구법인은 투명한 회계 및 세무관련 전산프로그램을 사용한 후 처분청에 동 전산프로그램을 제출하였고, 상표권등 사용료를 청구법인의 계좌를 통하여서만 지급받았으며, 달리 차명계좌를 사용하거나 현금으로 용역대금을 전달받은 사실이 없음에도 처분청은 각 지점 치과의원의 매출액을 실제보다 과다하게 산정하거나, 각 지점 치과의원의 환불금액(일단 환자들이 치료금액으로 각 지점에 지급하였으나 추후 여러 사정으로 환불받아간 금액)을 해당 치과의원의 매출액에서 공제하지 않은 등의 잘못으로 각 지점 치과의원의 매출액 및 그에 따른 청구법인의 상표권등 사용료 수입금액을 과다하게 산정하였는바, 처분청에서 계약서 및 김OOO의 확인서 만을 근거로 매출누락액을 산정한 처분은 부당하다.

(3) 청구법인은 각 지점 치과의원에 대하여 상표사용권 및 컨설팅 용역 뿐 아니라 환자고충처리, 분쟁해결 등 용역을 제공하기로 상표권등 사용계약을 체결한 바, 치과의원에서는 환자들에게 치료하자 등으로 인한 손해배상금을 지급한 후 청구법인의 상표권 등 사용료에서 손해배상비용OOO을 차감한 후 청구법인에게 대가를 지급하였으므로, 처분청이 산정한 매출누락액에서 위 손해배상비용을 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

상표권등사용계약서상 청구법인이 각 지점 치과의원 원장들로부터 매월 일정액OOO의 상표권등 사용료를 수취한 것으로 나타나고, 각 지점 치과의원의 월별 매출액에 변동이 없음에도 청구법인이 특정 월의 상표권등 사용료를 장부에 계상하지 않은 것으로 나타나는바, 처분청에서 상표권등사용계약서 및 각 지점 치과의원의 매출액을 기초로 청구법인이 상표권등 사용료 수입을 일부 또는 전부 신고누락한 것으로 조사한 후 OOO의 상표권등 사용료 수입금액 누락액이 2012년 제1기에 OOO, 2012년 제2기에 OOO임을 OOO의 실질대표자 김OOO으로부터 확인받았으므로, 처분청에서 청구법인이 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보아 이 건 법인세 등을 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점금액을 신고누락한 것으로 보아 법인세 및 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제66조【결정 및 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

제67조【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 동산

가. 서화 및 골동품. 다만, 장식·환경미화 등의 목적으로 사무실·복도 등 여러 사람이 볼 수 있는 공간에 상시 비치하는 것을 제외한다.

나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차·선박 및 항공기. 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차·선박 및 항공기를 제외한다.

다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산

③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각 호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 재화의 시가

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 용역의 시가

5. 폐업하는 경우 : 재고재화의 시가

제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO 상표는 김OOO이 2008.4.21. 상표권 등록을 출원하여 2009.2.26. 등록된 상표권이고, 청구법인은 2009.4.14. 개업하여 서울특별시 OOO에서 의료기기 도소매, 경영컨설팅 및 광고대행 등을 영위하면서 2012년 6월경 김OOO으로부터 OOO 상표의 전용사용권을 취득하여 수도권 일대 25여개 이상의 지점 치과의원으로부터 위 OOO 상표에 대한 상표권등 사용료를 수령하고 있는 법인사업자이다.

(2) 처분청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 2012사업연도에 다음 <표2>와 같이 총 OOO의 상표권등 사용료 수입금액이 발생하였음에도 수입금액을 OOO으로 신고하여 그 차액인 OOO의 매출신고를 누락하고, 2012사업연도에 대표자 사적사용경비로 스포츠카 리스료 OOO을 지출하고도 손금산입한 것으로 조사한 후 다음 <표3>과 같이 법인세 및 부가가치세를 과세하는 한편, OOO을 청구법인의 실질대표자인 김OOO에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하였고, 주요 조사내용은 다음과 같다.

OOO

(가) 청구법인의 대표이사는 김OOO으로 등기되어 있으나, 임플란트 관련 특허기술, OOO 상표권 등을 가지고 청구법인을 실질적으로 운영한 자는 김OOO의 형인 김OOO이다.

(나) 처분청이 제출한 청구법인과 각 지점 치과의원 원장들간 상표권등 사용계약서의 주요내용은 다음 <표4>와 같고, 위 상표권등 사용계약서상 청구법인은 지점 치과의원 원장에게 OOO 상표 등을 사용할 수 있는 비전속적 통상사용권을 부여하고, 치과의원의 경영, 재무, 행정, 인사, 고객관리, 환자고충처리, 분쟁대응 등과 관련한 종합적인 지원 및 컨설팅 용역 등을 제공하며, 치과의원 원장은 청구법인에게 그 대가로 상표권 사용료는 정액OOO으로, 컨설팅용역 등 수수료는 OOO로 각 지급하기로 되어 있는 것으로 나타난다.

OOO

(다) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 각 지점 치과의원의 월별 매출액에 큰 변동이 없음에도 청구법인이 특정 월의 상표권등 사용료를 장부에 계상하지 않은 것으로 나타난다.

(라) 처분청의 김OOO에 대한 조세범칙조사(2014.5.2.)에서 청구법인의 실질대표자인 김OOO은 청구법인과 각 지점 치과의원 원장들간 상표권등사용계약서에 따라 청구법인의 각 지점 치과의원의 매출액에 근거하여 원장들로부터 상표권등 사용료를 받아야 하지만 2012년 「의료법」 개정을 앞두고 적자병원이 다수 발생하여 상표권등 사용료 미수금이 많이 발생하여 이에 따라 일부 신고누락한 금액이 발생한 것으로 보인다고 답변하였고, 김OOO의 확인서(2014.5.16.자)에는 김OOO이 청구법인이 2012사업연도에 치과병원 원장들로부터 수취해야 할 상표권등 사용료가 OOO임에도 OOO으로 신고하여 OOO을 신고누락하였다고 확인한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 청구법인과 치과의원 원장들간 계약서 제6조에 의하면 청구법인이 환자고충처리, 분쟁대응 등을 전담하기로 되어 있는바, 청구법인은 치과의원 원장이 환자와의 분쟁해결비용으로 지출한 OOO을 차감한 후 상표권등 사용료를 수취하였으므로 쟁점금액에서 위 분쟁해결비용을 제외하여야 한다고 주장하며 분쟁해결비용 관련 합의서를 제출하였고, 이에 따르면 OOO지점 치과의원 외 25개 치과의원 원장이 2012사업연도에 환자 이OOO외 31명에게 치료하자 등과 관련하여 위자료 또는 손해배상금으로 합계 OOO을 지출한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 상표권등 사용계약서상 청구법인이 각 지점 치과의원 원장들로부터 매월 정액의 상표권등 사용료를 수취한 것으로 나타나고, 각 지점 치과의원의 월별 매출액에 변동이 없음에도 청구법인이 특정 월의 상표권등 사용료를 장부에 계상하지 않은 것으로 나타나는 점, 청구법인의 실질대표자인 이OOO이 쟁점금액을 매출누락하였다고 확인한 점, 청구법인과 치과의원 원장들간 상표권등 사용계약서상 청구법인은 ‘환자고충처리, 분쟁대응 등과 관련한 종합적인 지원 및 컨설팅 용역’을 제공하기로 되어 있을 뿐 청구법인이 치과의원을 대신하여 분쟁을 해결해 주고 합의금을 지급하도록 되어 있지는 않고, 청구법인이 분쟁해결비용으로 지출하였다고 주장하며 제출한 합의서상 해당 지점 치과의원과 매출누락 거래상대방인 지점 치과의원이 일치하지 않거나 매출누락시점, 매출누락금액이 상이한 점 등에 비추어 처분청에서 청구법인이 쟁점금액을 매출누락하였다고 보아 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.