처분청은 청구인이 1984.6.29. 구외자도입법(1983.12.31. 법률 제3691호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전 외자도입법”이라 한다) 제6조제1항의 규정에 의한 외국인투자인가(투자금액 740억원, 이하 “1차 인가”라 한다)를 받고, 1988.5.17. 구외자도입법(1989.6.16. 법률 제4128호로 개정되기 전의 것, 이하 “구외자도입법”이라 한다) 제7조제5항의 규정에 의한 외국인 투자(증액) 인가(투자금액 1,700억원, 이하 “2차 인가”라 한다)를 받은 후 1989.4.20.～1994.2.18. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 5필지 토지 19,776.3㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하였으므로 1999년 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 이건 토지에 대하여 그 과세표준액(57,979,494,500원)에 지방세법 제234조의16제2항의 세율을 적용하여 산출한 1999년도분 종합토지세 781,989,890원, 교육세 156,397,970원, 도시계획세 115,995,650원, 농어촌특별세 116,298,480원, 합계 1,170,681,990원을 1999.10.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 관광호텔업을 영위하기 위하여 1984.6.29. 외국인투자 1차 인가와 1988.5.17. 2차 인가(증액)를 득한 후, 이건 토지를 취득하고 호텔을 준공하여 1998.5.12. 외국인 투자기업의 등록을 하였는 바, 이건 토지에 대한 취득계획은 당초 1차 인가내용에 포함되어 있고, 2차 증액투자 인가는 건물규모 증가에 따른 변경승인으로서 토지면적의 변동이 없으므로 이건 토지는 당초 1차 인가에 따라 취득한 것으로 보아 1차 인가당시의 시행법률인 종전 외자도입법의 규정을 적용하여 종합토지세를 감면하여야 하고, 또한, 종전 외자도입법 제15조제1항과 제2항은 각각 독립된 별개의 감면 규정으로서 청구인이 외국인 투자기업 등록 전에 취득한 이건 토지에 대하여 종전 외자도입법 제15조제2항의 감면규정을 적용받아 종합토지세를 감면(5년간 100% 감면, 3년간 50% 감면) 받았다 하더라도, 청구인이 1998.5.12. 외국인 투자기업 등록을 하였으므로 종전 외자도입법 제15조제1항의 규정을 다시 적용하여 종합토지세를 감면하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 외국인 투자인가를 받은 법인이 외국인 투자기업등록전에 토지를 취득하여 종합토지세를 감면받은 후 외국인투자기업 등록을 한 경우 다시 종합토지세가 감면되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

관계법령의 규정을 보면, 종전 외자도입법(1983.12.31. 법률 제3691호로 개정되기 전의 것) 제6조제1항에서 “이 법에 의하여 외국인이 대한민국의 법인체 기업 ... 의 주식·지분을 인수 또는 소유하고자 할 때에는 경제기획원장관의 인가를 받아야 한다”라고 규정하고, 종전 같은법 제8조제3항에서 “외국투자가는 ... 출자의 목적물을 제6조의 인가를 받은 날로 부터 18월 이내에 납입을 완료하여야 한다. 다만, 경제기획원장관의 허가를 받아 그 기간을 연장할 수 있다”라고 규정하고, 종전 같은법 제9조제1항에서 “외국투자가가 전조의 납입을 완료한 때에는 당해 기업은 지체없이 경제기획원에 등록하여야 한다”라고 규정하고, 종전 같은법 제15조제1항에서 “외국인 투자기업에 대한 소득세·법인세 및 당해 사업 본래의 목적으로 취득한 재산에 대한 취득세·재산세의 과세는 다음 각호의 규정에 따라 감면되며 그 감면은 조세부과 당시의 인가의 내용에 따라 당해 기업의 주식 또는 지분에 대한 외국투자가가 소유하는 주식 또는 지분의 비율에 따른다. 다만, 증자의 경우 조세의 감면은 증자된 분에 한한다”라고 규정한 다음, 그 각호에서 “1. 재산세는 당해 세법의 규정에 의한 최초 과세기산일부터, 취득세는 등록된 날로 부터 5년간 면제한다. 2. 전호의 기간만료일로 부터 3년간은 당해 세법의 규정에 의하여 산출된 세액의 100분의 50을 경감한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제9조의 규정에 의한 등록 이전에 외국투자가가 출자한 기업이 당해 사업 본래의 목적으로 취득한 재산에 대한 취득세·재산세는 면제되며, 그 면제는 제6조의 인가를 받은 외국투자가의 주식 또는 지분의 비율에 따른다”라고 규정하고 있다.

한편, 구외자도입법(1989.6.16. 법률 제4128호로 개정되기 전의 것) 제14조제4항에서 “외국인 투자기업이 인가받은 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하고 있는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 당해 기업이 등록한 후에 취득·보유하는 재산에 한하여 당해 기업의 외국인 투자비율에 따라 등록한 날로 부터 5년간 면제한다. 다만, 외국인 투자의 인가를 받은 외국투자가가 출자한 기업이 등록전에 당해 사업의 본래의 목적으로 취득한 재산이 있는 때에는 당해 재산에 대한 취득세 및 재산세는 당해 기업의 외국인 투자비율에 따라 재산을 취득한 날로부터 5년간 면제한다”라고 규정하고, 구지방세법(1989.6.16. 법률 제4128호로 개정된 것) 부칙 제3조제4항에서 “외자도입법 제14조제1항본문·제4항 및 제17조제3항본문중 『취득세 및 재산세』를 각각 『취득세·재산세 및 종합토지세』로 한다”라고 각각 규정하고 있다.

이건 제1·2토지에 대한 종합토지세 감면 과정을 살펴보면, 청구인은 1984.6.29. 외국인 투자 1차인가(투자금액 740억원), 1987.11.16. 외국인 투자 2차(증액)인가 신청후인 1988.5.17. 2차(증액)인가(투자금액 1,700억원)를 받아 이건 토지(19,776.3㎡)중 ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 3필지 제1토지(19,630.1㎡)를 1989.4.～7월 사이에 취득하고, 나머지 ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 1필지 제2토지(146.2㎡)를 1994.2.18.에 각각 취득하였으므로 처분청이 외국인 투자인가 당시의 시행법률과 이건 토지를 취득한 날에 따라 1·2차 투자인가 금액비율(1차 인가비율 740억/2,440억, 2차 인가비율 1,700억/2,440억)을 안분하여, 제1토지는 최초 과세기준일부터 5년간(1990년～1995년) 100% 감면, 그 후 3년간(1995년～1997년)은 1차 인가분 투자비율(740억/2,440억)의 50%로 감면 완료하였으며, 제2토지는 최초 과세기준일부터 5년간(1994년～1998년) 100% 감면하였다.

그런데 청구인은 이건 토지가 당초 1차 인가(투자금액 740억원)에 의하여 취득한 토지이므로 1차인가 당시의 시행법률인 종전 외자도입법의 규정을 적용하여 종합토지세를 감면하여야 하고, 종전 외자도입법 제15조제1항과 제2항의 규정이 각각 독립된 별개의 감면규정으로 보아 제2항에 의하여 감면 받았다 하더라도 그 후 외국인 투자기업 등록을 하였으므로 제1항의 규정에 따라 종합토지세를 다시 감면하여야 한다고 주장하고 있다.

먼저, 이건 토지가 1차인가 당시의 시행법률인 종전 외자도입법의 규정만을 적용받는 것이 적법한지 여부를 보면, 외국인 투자 1·2차인가 승인과 관련한 관광호텔 및 부대사업에 대한 종합사업계획에서 1차 및 2차 투자금액별로 구분하여 자금사용계획이 정하여 있지 아니하고, 이건 토지는 2차 인가(1988. 5.17.) 이후인 1989.4.20.～1994.2.18. 취득하였으므로 이건 토지의 구입은 1차 인가 금액(740억)을 포함한 1, 2차 인가 전체 투자금액(2,440억원)중 일부가 이건 토지구입비에 함께 사용되었다고 볼 수 있다 하겠으므로 이건 토지는 1차 인가(투자금액 740억원) 및 2차 인가(투자금액 1,700억원)별 투자금액 비율에 따라 이건 토지를 취득한 것으로 보아 1차 및 2차 인가 당시의 종전 외자도입법과 구외자도입법에 의거 종합토지세 감면대상 여부와 감면율을 적용하는 것이 적법하다 하겠다.

다음으로 종전 외자도입법 제15조제1항과 제2항의 규정을 별개의 감면규정으로 보아 제2항의 규정에 따라 감면받은 후 제1항 규정에 따라 다시 감면을 받을 수 있는지 여부를 보면, “종전 외자도입법 제15조에서 규정하고 있는 외국인투자기업에 대한 조세감면은 경제의 자립과 그 건전한 발전 및 국제수지의 개선에 이바지하는 외자를 효과적으로 유치·보호하고 이를 적절히 활용·관리하기 위하여 마련한 조세지원 제도의 하나로서 제1항은 외국인 투자가가 인가받은 외자도입을 완료하여 외국인 투자기업 등록을 한 이후 취득한 재산에 대하여 일정기간 조세감면의 혜택을 준다는 원칙규정이고, 제2항은 외국투자가가 인가받은 출자목적물의 납입을 완료하여 외국인 투자기업 등록을 하기까지는 상당한 시일이 소요되는 점을 고려하여 외국인투자가가 출자한 기업이 등록 이전에 당해 사업 본래의 목적으로 취득한 재산에 대하여 조세감면의 혜택을 준다는 예외규정이라 할 것인데, 제2항의 규정 취지에 비추어 보면, 제2항에서 『면제되며』라고 한 것은 인가 후 등록전에 취득한 재산에 대하여 그 취득시부터 제1항 소정의 등록 후에 취득한 재산과 같은 내용의 감면혜택을 주는 것이라고 해석함이 상당하다(같은 취지의 대법원판결 1995.7.14, 94누11156, 같은 취지의 행정자치부 심사결정 1999.5.26. 제99-354호)”하겠으므로 제1항과 제2항을 각각 독립된 별개의 규정으로 보아 이건 토지에 대한 종합토지세를 다시 감면하여야 한다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.

또한, 종전 외자도입법 제15조제1항 규정은 외국인 투자기업 등록 후 취득한 재산에 대한 감면규정이라 하겠으나, 이건 토지는 등록 전에 취득한 것으로서 제1항 규정을 적용할 여지가 없다 하겠으므로 청구인이 이건 토지에 대하여 종전 외자도입법 제15조제1항규정에 의거 종합토지세를 다시 감면 하여야 한다는 청구인의 주장은 이유가 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 7. 25.

행 정 자 치 부 장 관