가. 원고는 2015. 1. 19. 소프트웨어 개발 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고는 2015. 2. 12. 안양시 동안구 관양동 1802에 있는 평촌오비즈타워 2815호(건축물 231.38㎡, 토지 28.04㎡, 이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 분양받아 취득하고, 같은 날 피고에게 이 사건 부동산에 관한 취득세 경감을 신청하였는데, 그 사유는, 원고가 이 사건 부동산을 소프트웨어 개발에 관한 사업시설로 사용하기 위하여 분양받았다는 것이다.

다. 이에 따라 피고는 그 무렵 원고에게 이 사건 부동산에 관한 취득세 중 100분의 50을 경감해주었고, 원고는 2015. 12. 10. 주업을 소프트웨어 개발업에서 접착제, 친환경페인트의 제조업으로 변경하였다. 라.

이 사건 부동산의 구조는 별지 2 도면과 같고, 각 시설별 전유면적(전용면적) 및 공용면적은 아래 표와 같다.

마. 피고는 2016. 6. 13. 원고가 이 사건 부동산을 원고의 본사 사무실로 사용하고, 사업시설용으로 직접 사용하지 않았으므로 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라고 한다) 제58조의2 제2항 제1호에 의한 취득세 경감은 불가하나, 이 사건 부동산 중 60.81㎡(공용면적 포함, 이하 같다)를 원고가 기업부설연구소로 사용하므로 구 지방세특례제한법 제46조 제1항에 의하여 취득세 중 100분의 50에 대한 경감이 이루어져야 된다고 판단한 후 기업부설연구소의 전용면적 30.42㎡에 전체 공용면적 중 기업부설연구소에 관한 면적인 30.39㎡[=전체 공용면적 115.64㎡ × (기업부설연구소 전용면적 30.42㎡ / 전체 전용면적 115.74㎡), 소수점 셋째자리 미만 버림, 이하 같다]를 합한 면적인 60.81㎡(=30.42㎡ 30.39㎡)를 기업부설연구소로 사용하는...

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