가. 원고는 1990. 11. 26. 포항시 남구 B 공장용지 26,056㎡(이하 ‘이 사건 공장용지’라 한다) 및 C 외 12필지 답, 임야 45,476㎡(이하 ‘이 사건 기타용지’라 한다. 이 사건 공장용지와 이 사건 기타용지를 통칭할 때는 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다.

그 후 이 사건 토지상에 공장건물 7개동을 신축하고, 제조업과 부동산임대업을 하다가, 2008. 8. 21. 이 사건 토지 및 그 지상 건물을 51억 원에 양도하였다.

나. 원고는 2008. 10. 29. 피고에게, 이 사건 토지 및 그 지상 건물의 양도가액을 51억 원, 취득가액을 2,574,031,231원(환산가액)으로 하여 2008년 귀속 양도소득세 392,157,640원을 예정 신고납부하였다.

다. 그러나 피고는 2009. 12. 7. 원고에 대하여, 이 사건 토지와 그 지상 건물의 취득가액을 1,125,141,108원(토지는 실지거래가액, 건물은 환산가액)으로, 이 사건 기타용지를 비사업용토지로 보아, 2008년 귀속 양도소득세 796,588,850원을 증액 경정(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다)하였다. 라.

원고는 이 사건 당초처분에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 그 심판청구에서 이 사건 기타용지가 비사업용토지가 아니라는 결정이 있자, 피고는 양도소득세를 617,257,066원으로 감액 경정(이하 이 사건 당초처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장 원고는 한국토지공사로부터 이 사건 공장용지를 483,709,350원에 할부로 취득하여 원고 명의로 소유권이전등기를 하기 전에 사용허가를 얻어 1990. 3. 28.경부터 1990. 11. 25.경까지 토지기반공사 성토작업공사 및...